基于高通量测序的黄芩转录组分析

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1、＾分类号Ｑ７５６学号？ｉｍ山巧裘老大聲全曰制硕±学位论文基于高通量测序的黄夸转录组分析％姓名：成綾媛．指导教师：牛颜冰教授学科专业：生物化学与分子生物学培养单位：生命科学学院．中国？山西？太谷二〇＿五年六月ＳｈａｎｘｉＡｒｉｃｕｌｔｕｒａｌＵｎｉｖｅｒｓｉｔｇｙ－ＦｕＵｔｉｍｅＭａｓｔ：ｅｒＤｅｇｒｅｅＤｉｓｓｅｉｉ：ａｔｉｏｎＴ．ｒａｎｓｃｒｉｐｔｏｍｅａｎａｌｙｓｉｓｏｆ獻《化／／紐７｜々＂＇ｃａ／ｃｗ友／ｓ－ｕｔＧｅｏｒｇｉｔｈｒｏｕｈＨｉｈｔｈｒｏｕｈｓｅｕｅｎｃｉｎｇｇｇｐｑ

2、ｇＮａｍｅ：ＹｕａｎｕａｎＣｈｅｎｙｇｅｒｖｒ：ＰｒｏｆａｎｂＳｕｐｉｓｅ．ＹｉｎＮｉｕｇＭａｏｒ：ＢｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｊｙｇｙＣｕｌｔｉｖａｔｉｏｎＵｎｉｔ：ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＬｉｆｅＳｃｉｅｎｃｅＴａｉｕＳｈａｎｘｉＣｈｉｎａｇ化ｎｅ．２０１５学位论文原创性声明本人郑重声明：，是在导师指导下所提交的学位论文，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已注明引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果。对本文研究做出过重要贡献的个人和集体，均已在文

3、中从明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签矣（亲笔）：诗袭後把年＾月么Ｖ曰学位论文版枚使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定。即学位论文的知识产权属山西农业大学；同意学校保留并向国家有关部口或机构送交论文的原件、复印件和电子版；允许论文被查阅和借闊；本人授权山西农业大学可从将学位论文的全部或部分内容编入有’关数据库进行检索、；〔，可＾乂采用影印缩印或拓描等复制手段保存、编学位论文。＾作者签名（亲笔）：巧竣竣Ｗ王年月又日《／日导师签名（亲卷）：年ｔ月Ｖ）目录１摘要１．文献

4、综述２１．１黄岑研究概况２１１丄黄岑简介２１．１．２黄岑形态特征及生长环境２１．１．３黄爾类化合物研究概况３－１．２转录组与ＲＮＡｓｅｑ５１．３测序技术进展７１．３．１传统测序技术８１．３．２第二代测序技术８１．３．３窩通量测序技术的应用１１１．４本实验的研究意义１３１．５总体设计与技术路线１３２１．试验材料和方法４２．１试验材料１４２．１．１植物材料１４２丄２试验仪器与试剂１４２．２试验方法１４２．２．１黄岑ＲＮＡ提取方法１４２．２．２总ＲＮＡ测１４检２．２．３

5、ｃＤＮＡ文库的制备１４２．３转录组数据的组装１５２１５．３．１原始数据过滤２．１．３２数据组装５２．３．３基因功能注释１５２．３．４基因结构分析１７５７２．３．基因表达量分析１３．结果与分析１９３．１ＲＮＡ提取质量检测１９１３．２测序数据及其质量控制９３．２．１测序碱基质量值分布检查１９３．２．２碱基分布检查２０３．２．３测序质量分布检查２１３．３数据组装２２３．３．１数据组装结果２２３．３．２Ｕｎｉｇｅｎｅ的功能注释及ＣＯＧ分类２４３．３．３Ｕｎｉｇｅｎｅ的ＧＯ分类２

6、７３．３．４ｅｎｅ代谢通路分析３０Ｕｎｉｇ３．３．５编码蛋白框（ＣＤＳ）预测％３．３．６ＳＳＲ分析３７３．４基因表达量分析扣３．４．１基因表达丰度扣３．４．２基因表达量分析４０４．讨论与结论４１４．１Ｈ论４１４．２结论４１参考文献４４Ａｂｓｔｒａｃｔ４８附录Ａ主要实验仪器４９附录Ｂ缩略词表５１附录Ｃ软件列表５３附录Ｄ数据库列表巧致谢５５基于高通量测序的黄岑转录狙分析摘要＇－沁知Ｋ黄茶（航Ｍｆｅ航／ｃａ／ｅｎｊｂＧｅｏｒｇｉ）别名山茶根、上金茶根，为唇形科植物。本研

7、究Ｗ规范化种植基地黄茶的根、枝、叶、花四部分组织器官为试验材料，采用第二代測？序方法中的ＩｌｈｉｍｉｎａＨｉＳｅｑ２５００测序技术对黄茶的转录组进行测序，并对测序结果进行生物信怎学分析，为今后黄茶在基因组学和分子生物学等研究领域的发展奠定了坚实的理论基础。通过研究得到Ｗ下主要结论：？（１）黄茶试验材料经过提取ＲＮＡ、制备ｃＤＮＡ文库、Ｉｌｌｕｍｉｎａ出Ｓｅｑ２５００测序、过滤不合格序列和组装数据等步娥后，最终获得巧３５３条黄萃Ｕｎｉｇｅｎｅ，总序