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时间:2020-03-09
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1、万方数据生堡拴坠医堂塞盍!Q盟生!旦筮2Q鲞筮!翅g!垫』!坐丛鲤:地!!瑾!Q盟,!生!Q,盟垒!粪便DNA抽提方法的比较研究吴仲文韩樱鲁海峰李兰娟盛吉芳左健·67·.基础实验诊断研究.【摘要】目的比较国际主要微生态实验室4种常用的核酸抽提方法获得的粪便DNA的质量。方法采用针对目的细菌(总细菌、类杆菌一普氏杆菌属组、双歧杆菌、肠杆菌科细菌及肠球菌)168rDNA的特异性引物及实时定量PCR方法,分析QIA蛐po粪便DNA试剂盒法(QIA法)、F鹊tDNAo硒t试剂盒法(Fast法)、酚-氯仿.玻璃珠击打法(酚·氯
2、仿一玻珠法)及QIA锄poDNA粪便试剂盒+玻璃珠击打法(QIA+玻珠法)4种方法抽提获得的10份人粪便DNA的质与量。结果通用引物特异性扩增粪便总DNA,发现4/10份由酚-氯仿一玻珠法获得的粪便DNA中存在PCR抑制剂,过柱纯化后PCR抑制现象消失。实时定量PcR检测粪便总细菌量,以QIA法与QIA+玻珠法获得的量最高(分别为12.16±o.18,12.05±o.48),而F鹊t法与酚一氯仿一玻珠法获得的粪便细菌量(分别为11.26±O.40,11.21±0.16)与QIA法相比显著低下(均P<0.05)。采用Q
3、IA法(11.63±O.23,8.68±0.51)及QIA+玻珠法(11.67±O.56,8.77±O.56)抽提获得的粪便类杆菌-普氏杆菌及肠杆菌科细菌的DNA量显著高于F髂t法(10.67±0.47,7.39士0.51)及酚一氯仿-玻珠法(10.65±O.33,7.40±0.18)(均P4、同的目的细菌群对象可以选择不同的方法。【关键词】粪便;DNA;聚合酶链反应A咖pa—s蚰of蠡眦rmemo凼for既h翟c娃onofh硼眦鼬咖DNAby璐i雌real恤鼬PCR聊Z砌,5、g-雠n,删Ⅳ-Mr6、g,£U舭f扣,lg,Ⅱ眈n和∞,S月EfvG皿细皤,Z∞胁m脚口咖wm旷切‰t如淞蜘船,研鼬旷倒%眦幻淞胍e口螂,胁n括砂旷P如‰月7、e口姚,tk砌龇锄{玩把d觑即讹Z,zk洳增踟觇黯渺,砌,舻bM3J伽雪,吼i船cD唧,油增口埘_110r:廿‰√妇n,肋l口以:弘@巧讥t.g伽.饥【Abst隋ct】objec8、廿veTocomparetllerelative栅cacy明dqIlaHtyofe姐狮ti伽ofhum蚰‰alDNAu8ingfourmethods.MenIodsReal.timePCRwereutilizedfor蚰aly8isbotllqIl柚曲cation肌dqual畸ofthefecal协rgetedbacteria(includinggutalleub们te矗um,丑∞抛砌d∞一舟撇z地gmup,曰班如6口c耙^“m点印西妇rD6们f硎口ce口e舳dEn抛愀c淞置Pp)byusing16srRNAge腿-9、targetedgenusorgroup·speci6cprimer8ets.Resu№Thenegativerat0fPCRproductf汹method3(phen01.chlomfb珊plu8bead.beating)w硝about40%(4/10)byu8inguniversal鲥me鹅,tllePCRinhibitiondi8印pemd幽erfec8lDNApu娟edwitllcoIumn.Thetotalfecal16srRNAg∞ec叩ynuIhbe璐(per蚪n0fwetwei曲toffece8)聃w10、ell嬲tllenumbersof眈c研£Dd晒·JPrelID纠k弘mp舶mmethod1(QIA舭lpoDNAst001lIIinikit)蛐d4(QIA舭lp@DNAstoollIlinikitcombi耻d访thbead-be出ng)w鹪hi曲er8i即ific舳dytIl明tll砒fmmmethod2(F鹊tDNAo陆,Biol01)强d3(P<0.05,respectively).ReductionginfecBl丑弧dD6nc把如bymethod3weresigrI“ic明tcomparedwitllt11、IlatbyotIlertllreemetIlod8(P<0.05).Thec哪tsof上r,蹴rD6口c抛—口ceaebymethod82舳d3wereloweredmarkedlycomparedmatbymemod8land4(P
4、同的目的细菌群对象可以选择不同的方法。【关键词】粪便;DNA;聚合酶链反应A咖pa—s蚰of蠡眦rmemo凼for既h翟c娃onofh硼眦鼬咖DNAby璐i雌real恤鼬PCR聊Z砌,
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6、g,£U舭f扣,lg,Ⅱ眈n和∞,S月EfvG皿细皤,Z∞胁m脚口咖wm旷切‰t如淞蜘船,研鼬旷倒%眦幻淞胍e口螂,胁n括砂旷P如‰月
7、e口姚,tk砌龇锄{玩把d觑即讹Z,zk洳增踟觇黯渺,砌,舻bM3J伽雪,吼i船cD唧,油增口埘_110r:廿‰√妇n,肋l口以:弘@巧讥t.g伽.饥【Abst隋ct】objec
8、廿veTocomparetllerelative栅cacy明dqIlaHtyofe姐狮ti伽ofhum蚰‰alDNAu8ingfourmethods.MenIodsReal.timePCRwereutilizedfor蚰aly8isbotllqIl柚曲cation肌dqual畸ofthefecal协rgetedbacteria(includinggutalleub们te矗um,丑∞抛砌d∞一舟撇z地gmup,曰班如6口c耙^“m点印西妇rD6们f硎口ce口e舳dEn抛愀c淞置Pp)byusing16srRNAge腿-
9、targetedgenusorgroup·speci6cprimer8ets.Resu№Thenegativerat0fPCRproductf汹method3(phen01.chlomfb珊plu8bead.beating)w硝about40%(4/10)byu8inguniversal鲥me鹅,tllePCRinhibitiondi8印pemd幽erfec8lDNApu娟edwitllcoIumn.Thetotalfecal16srRNAg∞ec叩ynuIhbe璐(per蚪n0fwetwei曲toffece8)聃w
10、ell嬲tllenumbersof眈c研£Dd晒·JPrelID纠k弘mp舶mmethod1(QIA舭lpoDNAst001lIIinikit)蛐d4(QIA舭lp@DNAstoollIlinikitcombi耻d访thbead-be出ng)w鹪hi曲er8i即ific舳dytIl明tll砒fmmmethod2(F鹊tDNAo陆,Biol01)强d3(P<0.05,respectively).ReductionginfecBl丑弧dD6nc把如bymethod3weresigrI“ic明tcomparedwitllt
11、IlatbyotIlertllreemetIlod8(P<0.05).Thec哪tsof上r,蹴rD6口c抛—口ceaebymethod82舳d3wereloweredmarkedlycomparedmatbymemod8land4(P
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