生物信息学实验.doc

《生物信息学实验.doc》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、实验一生物信息学资源的利用—Genebank核苷酸序列的查找一、实验目的：了解生物信息学的各大门户网站以及其中的主要资源，并以NCBI提供的Genebank为例，学习核苷酸序列的分类学检索方法和使用技巧。二、实验器材：计算机，NCBI、EMBL等生物信息学网络资源。三、实验原理：根据Genebank提供的数据资源，应用分类学方法进行核苷酸序列的查找。四、实验内容：查找下列不同物种的不同基因组的核苷酸序列。表1：不同物种的不同基因组的核苷酸序列表中文名学名基因名称备注松材线虫Bursaphelenchusxylophilus18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S黑腹果蝇Dro

2、sophilamelanogasterCOIICOINADH黄花石斛Dendrobiumdensiflorum18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S古尼虫草Cordycepsgunnii18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S蝉花Cordycepssobolifera18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S蛹虫草Cordycepsmilitaris18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S冬虫夏草Cordycepssinensis18S-ITS1-5.8S-ITS2-28S啤酒酵母SaccharomycescerevisiaeCOII枯草杆菌Bacillussub

3、tilis16S大肠杆菌Escherichiacoli16S23S大豆疫霉菌PhytophthorasojaeCOIICOINADHITS1-5.8S-ITS2辣椒疫霉PhytophthoracapsiciITS1-5.8S-ITS2致病疫霉PhytophthorainfestansITS1-5.8S-ITS2五、实验步骤：1、打开NCBI网站的主页，然后点击Genebank，进入到Genebank的界面，然后点击网页上端Search后面的基本检索输入框选择所要查询的数据库，然后在后面一个方框中输入所查询的核苷酸序列的相关的关键词，点击检索按钮。2、进入对应的核苷酸序列子库界面，

4、点击目标核苷酸序列子库。3、根据子库中提供的各条序列的注释及各自的GenBank收录号，寻找自己查找的目标序列，点击目标序列的GenBank收录号，进入目标核苷酸序列界面。4、点击所需要的目标核苷酸序列的GenBank收录号就可以得到我们想要的核苷酸序列，然后将它们拷贝下来。六、实验要求：每个人必须至少查找3个种，5条核苷酸序列。必须写明查找到的核苷酸序列以及各条核苷酸序列的GenBank收录号-LOCUS，基因注释-DEFINITION，文章的作者AUTHORS20，文章题目-TITLE，文章所发表的期刊-JOURNAL。七、实验结果：查找的核苷酸序列基本情况表序号物种名称基因

5、名称Genbank号序列长度1古尼虫草18S-ITS1-5.8S-ITS2-28SJN054403894bp2冬虫夏草18S-ITS1-5.8S-ITS2-28SHM596011530bp3黄花石斛18S-ITS1-5.8S-ITS2-28SHQ114254711bp4啤酒酵母COIIAJ966733585bp5黑腹果蝇NADHY09069459bp1LOCUSJN054403894bpDNAlinearPLN01-NOV-2011DEFINITIONPhytophthoramelonisstrainNN-118SribosomalRNAgene,partialsequence;

6、internaltranscribedspacer1,5.8SribosomalRNAgene,andinternaltranscribedspacer2,completesequence;and28SribosomalRNAgene,partialsequence.AUTHORSWu,Y.G.,Huang,S.L.,Fu,G.,Hu,C.J.andLu,S.F.TITLEIdentificationofthecausalagentofwaxgourdblightinSouthChinaJOURNALUnpublishedORIGIN1tgggattcccaccctagaactt

7、tccacgtgaaccgtatcaacaagtagttgggggcctgc61tctgtgtggctagctgtcgatgtcaaagtcggcgactggctgctatgtggcgggctctat121catggcgattggtttgggtcctcctcgtggggaactggatcatgagcccaccttttaaac181ccattcttgattactgaatatactgtggggacgaaagtctctgcttttaactagatagca241actttcagcagtg