人乳头瘤病毒16型E7蛋白的生物信息学分析

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1、人乳头瘤病毒16型E7蛋白的生物信息学分析丛盛日林晓瑞任雪文王雪莲中国医科大学临床三系中国医科大学基础医学院病原生物学教研室摘要：目的应用生物信息学预测分析人乳头瘤16型病毒（humanpapillomavirustype16,HPV⑹E7蛋白的结构特征与抗原表位。方法自NCBIGENEBANK获取HPV16E7蛋白的基因信息，应用ProtParam分析其编码的E7蛋白理化性质和一级结构;利用SOPMA分析E7蛋白的二级结构;应用SWISSMODEL的Automatedmode预测E7蛋白的三维空间结构;使

2、用NetNGlyc1.0Server>NetPhos3.lServer>MotifyScan>SignalP及TMHMM预测蛋白质的翻译后修饰位点、信号肽切割位点和跨膜区；利用CLUSTALX将HPV16E7蛋白同其他高危型HPVE7蛋白进行同源性对比;应用ABCpred、BepiPred、IEDB、SYFPETTHT和NetMIlCIIpan3.IServer预测E7蛋白的优势抗原表位。结果生物信息学预测E7蛋口无规卷曲占52.04%,结构较松散，为不稳定性蛋口。该蛋口存在多个磷酸化位点。利用序列匹配度为

3、46%的HPV45E7蛋白为模板得到同型二聚体三级预测结构。E7蛋白高度保守，冃.具有潜在的B细胞抗原表位1-8.15-22.33-46,CD8+T细胞抗原表位82-90.11-19.7_11、85-9313-21和CD4+T细胞抗原表位9-23、73-87、10-24、7-2K21-35。结论HPV16E7蛋白为不稳定蛋白。该蛋白高度保守，且具有潜在的B、T细胞抗原表位。关键词：人乳头瘤病毒;E7蛋白;抗原表位;生物信息学;作者简介：王雪莲，E-mail:wxlcmu@hotniai1.com作者简介：从

4、盛口（1996-）,女，山东烟台人，七年制本科在读，临床医学专业（英语班）oE-mail:1579528953@qq.com收稿日期：2017-05-11基金:国家自然科学基金项目（No.81472439,81101989）BioinformaticanalysisoftheE7proteinofhumanpapillomavirustype16CONGSheng-riLINXiao-ruiRENXue-wenWANGXueTianThirdDepartmentofClinicalMedicine100K,

5、ChirmMedicalUniversity;DepartmentofMicrobiologyandParasitology,CollegeofBasicMedicalSciences,ChirmMedicalUniversity;Abstract：ObjectiveTousebioinformaticstoprcdictthestrueturalfeaturesandepitopesoftheE7proteinofhumanpapillomavirus(HPV)type16.MethodsGenetici

6、nformationontheE7proteinwasobtainedfromtheNCBIGenBankdatabase.Thehydrophily,isoelectricpoint,andprimarystruetureoftheE7proleinwereanalyzedwithProtParam.ThesecondarystructureoftheE7proteinwasdnalyzedwithSOPMAanditsthree-dimensionalstructurewasanalyzedwithSW

7、ISSMODELinAutomatedmode.NetNGlyc1.OScrver,NetPhos3.1Server,MotifyScan,SignalP,andTMHMMwereusedtopredicttheexistenceofpost-translationalmodificationsites,signalpeptidecleavagesites,andtransmembraneregionsoftheE7protein.CLUSTALXwasusedtocomparethehomologyoft

8、heE7proteinfromI1PV16andotherhigh-riskHPVs.ABCprcd,BepiPrcd,IEDB,SYFPEITHIandNetMHCIIpan3.1ServerwereusedtopredictdominantepitopesoftheE7protein.ResultsBioinformaticanalysisrevealedthatrandomcoilsaccountedfor