免培养法研究三疣梭子蟹养殖塘细菌群落演替【开题报告+文献综述+毕业设计】

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1、本科毕业论文系列开题报告海洋生物资源与环境免培养法研究三疣梭子蟹养殖塘细菌群落演替一、选题的背景与意义我国的海水养殖业发达，随着市场需求的扩大和海水养殖技术水平的提高，海水养殖业的养殖模式已趋向集约化、高密度、高产出，但是越来越多的养殖环境遭到了严重破环，极大的制约了养殖业的健康发展。在海水养殖生态系统里，微生物对其生态环境的平衡以及水质的调节起着重要的作用，它们参与物质的循环和能量的流动。因此，了解海水养殖环境中微生物的群落演替，有助于我们更为深入地掌握微生物的分布特征及其在整个生态系统中的功能与作用，对发展健康养殖业具

2、有重要的意义。长久以来，人们都是利用传统的微生物学培养方法对微生物进行研究。近年来，人们认识到传统的培养方法存在局限性，而分子生物学技术的不断成熟和广泛应用，为微生物生态学的发展提供了新的研究方法，人们可以从基因水平上深入了解复杂环境样品中的微生物功能、遗传和群落结构的演替，极大地丰富了人们对未培养微生物的认识，为更好地开发利用环境中丰富的微生物资源提供了新的机遇。其中构建16SrDNA克隆文库最早被Giovannoni（1990）等人用于研究藻海（SargassoSea）中浮游细菌的多样性，随后，很多学者都采用该方法对微

3、生物多样性展开了类似的研究（Fuhrmanetal，1993）。克隆文库法可以获得较多的微生物群落多样性的信息，但其对分析的克隆数目有要求，为了使结果更具有代表性，通常可以采用物种丰富度的覆盖率评估来估算不同样品所要选取的克隆数目。本课题通过免培养法研究三疣梭子蟹养殖池塘环境中微生物群落的演替，采用不依赖于培养的分子手段构建细菌16SrDNA克隆文库，并进行系统发育学分析。研究不同养殖时期，水体中免培养细菌的群落结构及变化，能够全面客观的反应三疣梭子蟹养殖池塘生态系统中免培养微生物区系的组成及演替情况。调查三疣梭子蟹养殖塘

4、水体的细菌群落组成,分析物种多样性,初步探讨三疣梭子蟹养殖塘水体细菌群落在生态系统中的作用,对三疣梭子蟹养殖具有一定的指导意义。二、研究的基本内容与拟解决的主要问题：研究的基本内容：通过免培养法研究三疣梭子蟹养殖池塘环境中微生物群落的演替，采用不依赖于培养的分子手段构建细菌16SrDNA克隆文库，并进行系统发育学分析。拟解决的主要问题：（1）PCR—DGGE技术的掌握；（2）掌握E.coil感受态细胞的制备；（3）进行系统发育学分析时掌握基础生物信息学，如NCBI、EBI、MEGA4.0等。三、研究的方法与技术路线：研究方

5、法：样品采集后，提取养殖塘中细菌的总DNA，然后PCR扩增16SrDNA全序列，经DGGE筛选出不同带型的，构建16SrDNA克隆文库并测序，最后进行系统发育学分析。技术路线：水样总DNA的提取分析不同养殖时期，养殖塘水样中微生物群落结构及变化情况系统发育学分析DGGE筛选出不同发育型构建16SrDNA克隆文库测序（不同时期）水样四、研究的总体安排与进度：2008.7－2008.10采样，查询与论文有关的资料、撰写试验计划；2008.11－2009.3样品的分离与纯化，样品DNA的提取；2009.4－2010.3PCR-D

6、GGE，构建16SrDNA克隆文库，测序；2010.4－2010.9运用生物信息学软件进行数据处理及分析，确定分类地位，构建系统发育树等，获得初步结果；2010.10－2010.11实验数据的整理分析以及对整个试验的补充、完善阶段；2010.12－2011.4分析数据，撰写论文，结题、答辩。主要参考文献：[1]SolbrigOT．Fromgenestoecosystems：aresearchagendaforbiodiversity．ReportofaIUBS—SCOPE—UNESCOworkshop．TheInterna

7、tionalUnionofBiologicalSciences，BoulevardoleMontmorennyParisFrance．1991．[2]WatveMG，GangalRM．Problemsinmeasuringbacterialdiversityandapossiblesolution[J]．AppliedandEnvironmentalMicrobiology，1996，62（11）：4299～4301．[3]IstockCA,BellJA,FergusonN,etal.Bacteriadiversityan

8、devolution:Theoreticalandpracticalperspectives[J].J.Ind.Microbiol.,1996,17(3~4):137-150.[4]刘晶晶，陈全震，曾江宁等．海水养殖区微生物生态研究．浙江海洋学院学报（自然科学版），2006，25（1）：72～77．[5