电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术

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1、回顾FunctionalanalysisState1State22DEPMFMS/MSLC-MS/MSDatabasesearchDifferentialanalysis?1第四章电泳图谱的图像分析及蛋白质消化技术2蛋白质表达谱使用2D凝胶的比较蛋白质组学比较蛋白质组学最常用的方法是用两个样品进行2D-SDS-PAGE，比较蛋白质点的图型。研究人员已进行了大量工作来开发分析2D凝胶蛋白质点图型分析软件工具。此外，也开发出保存这些信息的大批数据库。3双向电泳分析软件ImageMaster2DElite（MelanieTM）PDQuest60英国公司NonlinearnDyan

2、amicsLtd的Progenesis德国DecodonGmbH的Delta2D等4图像分析的基础：使用文件扫描仪，但最好使用CCD获得图型。程序首先评估凝胶的“特征”，他是指与凝胶本底相比显现的重要不同。“特征”相当于凝胶上的蛋白质点。可以通过光密度（OD）、大小和体积（整个蛋白质点面积上的OD）来鉴定特征。这些鉴定参数是一块凝胶中或多块凝胶之间特征比较的基础。5第一节电泳图谱的图像分析掌握：蛋白电泳图像分析系统熟悉：使用PDQuest软件进行蛋白质点的自动检测，匹配和分析了解：二维电泳蛋白谱数据库6电泳图谱的图像分析简介whatcanwegetfromimageanal

3、ysis?双向凝胶电泳技术是目前蛋白质组研究的主要技术之一,双向电泳根据等电点和分子量可一次性分离数千种蛋白质，经染色后蛋白质再PAGE上可形成密度不同、分布不均的复杂点图谱。如何有效的对双向凝胶电泳图像分析，如何对图谱上的蛋白质点进行检测、定量、比较、分析和归类，挖掘有价值的蛋白质点的信息是双向电泳分析软件所要解决的问题。7凝胶的图像处理分析及细胞蛋白谱的建立典型流程凝胶图像的扫描：图像加工：斑点检测和定量：凝胶配比：数据分析：数据呈递（report）2-DE数据库的建立：8PDQuest软件简介PDQuest软件是显示（imaging）、分析（analyzing）双向电

4、泳图谱＆数据库查询的一个软件包硬件：一定的电脑配置,Pentirm166处理器，64M内存，3G硬盘，1024*768分辨率，256色，SCI接口，windows操作系统软件：PDQuest双向凝胶图像分析软件，Bio-RadLaboratory,Hercules,CA9PDQuest软件的使用以PDQUEST2-D分析软件为例将双向电泳分析的基本实验过程做一简单介绍。10PDQuest软件PDQUEST2-D分析软件系统和其他2-D分析软件系统一样，包括：一图象采集与加工：二斑点检测三斑点匹配四数据分析及输出11PDQuest软件的使用http://www.kaiyuan

5、bio.com.cn/download/pdquest/Lessons/interface.htm12一、图象采集与加工(editingimages)131、扫描：凝胶染色后用扫描仪扫描，透射模式，全彩RGB,分辨率为400dpi-800dpi，尽量排除气泡，文件以tiff格式保存。2、图片加工：在PDQUEST2-D分析软件中打开以tiff格式保存的文件可以。（单击“打开文件”图标和“File”菜单并选择“Open”命令，选择保存2-D图象文件的磁盘、路径和文件名，双击文件名或单击“Open”以打开2-D图象文件，此时tiff格式保存的文件会自动另外创建一个为PDQUES

6、T2-D分析软件自定义的文件格式2DScan。）单击工具栏上的controltheimagedisplay图标，会出现一个对话框，通过改变此对话框的High和Low的值以改变明亮度。1415用工具栏的crop可以切割掉凝胶边缘没有蛋白质点的部分，以减少分析的复杂性，但要注意对你要分析的多块凝胶图像最好是切割成同样大小。（在操作时先选择其中的一个凝胶图象并选定要切割的区域，然后在image>advancecrop>savecropsettings下保存crop的设定条件并输入保存的名称，其他的图象切割时在image>advancecrop>loadcropsettings中选

7、定先前保存的名称即可）16图象采集与加工后就要进行斑点检测，PDQUEST2-D分析软件通过一个称之为“蛋白质斑点检测向导（spotidentificationwizard）”的程序来实现的。二、斑点检测(spotsdetection)17单击“spot”菜单，选择“spotidentificationwizard”程序。该程序首先需人工设定检测参数如最小斑点、最弱斑点、最大斑点和背景值,然后程序进行自动检测并可调节检测的灵敏度，若检测效果不理想，该步骤可反复进行。程序允许人工调节脱尾（streaks）、背景、斑点