PRM技术-针对无抗体蛋白的验证新技术

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1、ContentsPRM定量产品PRM技术相关产品•产品定义•产品介绍产品特点和应用PRM原理项目分析流程报告和结果展示应用案例产品定义•组学验证产品——用于labelfree,iTRAQ,TMT,SILAC等相对定量蛋白质组学数据的验证（目的等同于WB）•个性化定制——对复杂样本中的目标蛋白质进行靶向定量分析：1）相对定量：目的等同于WB2）绝对定量：目的等同于ELISA产品特点和应用个性化定制——相个性化定制——绝产品组学验证产品对定量对定量采用相对定量方法验证蛋白实现复杂样本中目标蛋白质的验证

2、和定量分析应用范围质组学（如iTRAQ,TMT,labelfree,SILAC）的结果相对定量绝对定量采用通用同位素内标采用同位素形式的目标采用通用同位素内标进行相定量特点进行相对定量的数据蛋白质/肽段绘制标准对定量的数据矫正矫正曲线，进行定量样本需求同蛋白质组学或参考需参考文献或者预备实量和制备同蛋白质组学文献验结果方法与传统SRM/MRM方法比较的优势——升级版MRM•1）高分辨离子监测，质量精度达ppm级，在不损失灵敏度的情况下，最大程度地排除了背景干扰；•2）二级为全扫描，无需事先确定离子

3、对和优化碰撞能量，只需要在数据处理时选择响应最高的一个或几个子离子，即可提取母子离子对的色谱峰进行定量，线性范围可达到5-6个数量级；•3）同时定性与定量分析，二级全扫描谱图用于定性分析，选择其中最佳的子离子提取离子对即可完成定量分析。PRM技术原理平行反应监测Parallelreactionmonitoring(PRM)PRM是相对于传统的SRM建立起来的高分辨离子监测技术。PRM基于Q-Orbitrap为代表的四级杆-高分辨质谱平台，与SRM每次扫描一个Transition不同，PRM每次对

4、一个母离子产生的所有Transition进行全扫描，即平行监测了一个母离子对应的所有离子对。组学验证产品——项目分析流程来源于APT的蛋白质组学数据其他来源数据客户提供•质谱鉴定和定量蛋白质列表；蛋白质列表•质谱鉴定肽段信息（肽段得分，二级图谱）项目初判候选肽段筛查样本制备ShotgunPRM预备实验肽段酶解（建议混合样本）（Target）（3repeats）样本制备正式实验肽段酶解PRM定量（所有样本）通用同位素内标肽（相对定量矫正）组学验证产品——报告和结果展示•主要仪器、试剂和实验方法•PR

5、M目标离子信息：肽段序列和定量子离子•方法学重复性评价：三次技术重复的色谱峰面积相对标准偏差（RSD）(预备实验结果)•结果展示：二级图谱，XIC图谱，原始峰面积强度值，矫正后的相对表达量值，两组样本间的相对比值，ttestp值个性化定制——相对定量Step1Step2Step3可行性评估PRM方法建立相对定量ShotgunOnesampleAllSamples(Target)项Peptides目digestion评Peptide估PeptidescandidatesIsotopelabeledd

6、igestionpeptides（通用）文献调研PRMShotgun(4h)PRM(3repeats)个性化定制——绝对定量Step1Step2Step3Step4可行性评估PRM方法建立方法学评价绝对定量IsotopelabeledpeptidesusedShotgunOnesampleAllSamples(Target)项目Peptides评LODdigestion估PeptideLOQPeptidescandidatesLinearitydigestion文StandardCurveIsot

7、ope献(3repeats)labeled调peptides研PRMShotgun(4h)PRM(3repeats)个性化定制——报告和结果展示•主要仪器、试剂和实验方法•PRM目标离子信息：肽段序列和定量子离子•方法学评价：1）相对定量的重复性评价：测试样本的三次技术重复的色谱峰面积相对标准偏差（RSD）(预备实验结果)2）绝对定量的方法学评价：标准品XIC图谱，LOD，LOQ，线性范围，6个稀释梯度得到的标准曲线及线性公式（每个稀释梯度有三次技术重复）•结果展示：1）相对定量——二级图谱，XI

8、C图谱，原始峰面积强度值，矫正后的相对表达量值，两组样本间的相对比值，ttestp值2）绝对定量——二级图谱，XIC图谱，原始峰面积强度值，根据标准曲线计算得到的蛋白质浓度值，两组样本间的相对比值，ttestp值应用案例iTRAQ+PRMLabelfree+PRMSILAC+PRMThanks