核酸适配体筛选的那些事

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1、核酸适配体筛选的那些事——罗昭锋老师与群友的第一次交流记录背景介绍：核酸适配体技术自发明以来，受到广泛的关注。适配体相比于抗体来说，具有稳定、易制备、无需使用动物、分子量小、储存运输简单、靶标广泛、可体外扩增、筛选快速等多种优势。看过上面的文字，你一定会为适配体的美好前景所吸引，但令所有从事适配体筛选工作者汗颜的是，适配体经过了二十多年的发展，至今并没有得到广泛的应用。原因何在？答案很简单：筛选困难。这是我经过多年摸索以及与国内外众多学者交流得出的结论。如果你不相信，去用aptamer+thrombin检索一下，看看有多少文章？所有与a

2、ptamer相关的文章中，只有不到5%是做筛选的，95%都是做应用的，而应用的文献中，815篇都与thrombin有关，有六七种aptamer在超过一半以上的应用文献中使用。为什么这些作者都用这几种aptamer呢？因为好用的aptamer太少了。这也从另一个侧面反应：aptamer筛选并不像看起来那么简单。国内很多早期做筛选的团队逐渐放弃了筛选，而很多从未接触过aptamer的团队以无为的气概开始了aptamer的筛选征程。如果全靠自己摸索，除非你有很高的实验天赋和悟性，否则三年两载筛不出来，是太正常不过的事了。在网上组织在线交流，就

3、是希望大家能少走一些弯路。如果你发现我的解答不正确或者有更好的答案，希望能反馈给我，因为这会使更多人受益。罗昭锋简介：中科大生命科学实验中心老师，兼从事核酸适配体筛选技术研究，并主讲《文献管理与信息分析》。致力于推广科研相关工具，帮助科研工作者提高效率。倡导交流、分享与协作（science2.0），推动我国核酸适配体研究快速发展。由于较少上QQ，所以除非约定的时间外，其它时间很少能回复QQ上的问题。如有需要，可以通过邮箱联系我：smilesun【at】ustc.edu以下由群友整理：交流地点：QQ群群名称：适配体aptamer/sele

4、x交流群号：134854978交流时间：2012年9月23日晚8点下次在线交流时间：2012年10月21日晚8点2012年9月23日晚8点，罗昭锋老师在适配体群中与大家进行交流，解答了大家在适配体筛选中遇到的许多问题，现将问题简单整理，可能整理的会有些错误请大家多多指教~~~~问1：在做适体的PCR时候，循环数怎么确定呢？15个循环的量会不会不够呢？罗老师答:关于PCR循环数的问题，有多篇文献讨论过。2006年加拿大的，2010年中国的一篇文献。文献如下，但这两篇文章的结果都是基于非变性CE电泳得出的结论，我本人认为并不可靠。建议利用Q

5、-PCR来摸索扩增循环数，到达平台期再扩4-5个循环。但是这个问题还没有人能说清楚究竟多少循环合适。罗老师给出上面提到的两篇文献相关信息，同时提出自己对文章结论的一些怀疑。文章指出以不能出现非特异条带为准。文中所说的非特异条带，罗老师花了很长时间研究，其实就是不完全退火造成的，也就是说，如果用变性胶跑电泳的话，这些都是特异的产物。1Musheev,M.U.&Krylov,S.N.Selectionofaptamersbysystematicevolutionofligandsbyexponentialenrichment:Address

6、ingthepolymerasechainreactionissue.AnalyticaChimicaActa564,(2006)91-96.2Ji,Y.,Wang,Q.Q.,Fu,J.,Gao,X.&Song,H.F.OptimizationofPolymeraseChainsReactionAmplificationforssDeoxyribonucleicAcidLibraryUsingCapillaryElectrophoresiswithLaser-inducedFluorescenceDetection.ChineseJou

7、rnalofAnalyticalChemistry38,(2010)622-626.问2：前几轮荧光定量PCR扩增后看扩增曲线到达平台后容易下探头，这是为什么呢？罗老师答：往下走是正常的。我们用Q-PCR的曲线来检测筛选进程。筛选到后来，当你发现Q-PCR的曲线不再往下探头的时候，说明库容已经减小了。（在2011年11月中科大举办的核酸适配体筛选技术培训班上做过专门介绍）。问3：做到后来克隆时候，做菌落PCR出来的是一条目的条带吗?变性胶是否为银染？罗老师答：不是，我用gelred(2011年6月1日,买过2支gelred,41003G

8、elRedTMNucleicAcidGelStain,10,000Xinwater0.5mL¥679Biotium)染色。效果很好的。上海开放生物有卖。我现在都是用高通量测序，不过比较贵。克隆的方法有些慢。