大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库的构建

《大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库的构建》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、中国农业科学2010,43(3):462-467ScientiaAgriculturaSinicadoi:10.3864/j.issn.0578-1752.2010.03.003大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库的构建李晨，闫晓红，周新安，沙爱华，单志慧，周蓉，魏文辉（中国农业科学院油料作物研究所基因组学与分子生物学研究室/农业部油料作物生物学重点开放实验室，武汉430062）摘要：【目的】为获得大豆种子发育相关基因，并为大豆基因组资源提供材料。【方法】采用SMART（switchingmechanismat5′endofRNAtranscript)与DSN（duplex-s

2、pecificnulease）均一化相结合的技术，构建了全长均一化cDNA文库，采用涂平板测定和PCR快速鉴定的技术分析文库质量，用3730测序仪对文库克隆进行测序。【结果】构建了大豆种子不同发育时期全长均一化cDNA文库，最大限度地获得了大豆种子不同发育阶段表达的基5因序列，原始文库的库容为6.0×10cfu/mL，重组率接近100%，插入片段大小在0.6—2.0kb之间，平均长度超过1.0kb。经过大规模的质粒提取和测序，共得到了36656条高质量的EST序列，序列的平均读长在600bp以上。【结论】经过EST序列拼接分析，整个文库有着很高的非冗余性。文库的代表性和重组片段的完整

3、性均达到了分离筛选目的基因的建库要求。关键词：大豆；cDNA文库；均一化技术；表达序列标签ConstructionofaNormalizedFull-LengthcDNALibraryofSoybeanSeedatDifferentDevelopmentalStagesLIChen,YANXiao-hong,ZHOUXin-an,SHAAi-hua,SHANZhi-hui,ZHOURong,WEIWen-hui(DepartmentofGenomicsandMolecularBiology,InstituteofOilCrops,ChineseAcademyofAgricultura

4、lSciences/KeyLaboratoryforBiologicalSciencesofOilCrops,MinistryofAgriculture,Wuhan430062)Abstract:【Objective】Theobjectiveofthestudyistoobtainfull-lengthgenesrelatedtoseeddevelopmentandtoprovideresourcesforsoybeangenomics.【Method】AnormalizedcDNAlibraryenrichedinfull-lengthsequenceswasconstructed

5、usingTMDSN(duplex-specificnulease)-normalizationmethodcombinedwithSMART(switchingmechanismat5’endofRNAtranscript)5technique.【Result】ThetiterofunamplifiedcDNAlibrarywasabout6.0×10cfu/mL.TheaveragecDNAinsertswasmorethan1.0kbwitharecombinationrateofnearly100%.Afterlarge-scaleplasmidextractionandse

6、quencing,36656ESTsequencesweregeneratedfromthesoybeanseedcDNAlibraryandtheaveragelengthwasmorethan600bp.AlltheESTsequenceswereassembledand27982unigenesweregotten,whichindicatedthatthecDNAlibrarywasanon-redundantlibrary.【Conclusion】Theseresultsindicatethatthenormalizedfull-lengthcDNAlibraryhasbe

7、enestablishedsuccessfully,whichisconvenientforfurtherstudyingthemolecularmechanismandgenecloningofseeddevelopment.Keywords:soybean;cDNAlibrary;normalization;EST[1]规育种方法，中国已培育出了1000余个大豆品种，0引言在促进大豆生产和保障消费需求方面发挥了重要作【研究意义】大豆起源于中国，是一种重