绵毛优若藜冷胁近均一化全长cDNA文库构建及EST分析.pdf

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1、Constructionofnormalizedfull—lengthcDNAlibraryandAnalysisofExpressedSequenceTaginCold‘stressedCeratoideslanataMingFuhuanA．t．．h．．．．e．．．．s．．．i．—s．submittedinpartialsatisfactionoftheRequirementsforthedegreeofMasterofScience1nBiochemistryandMolecularBiology1nCentralSouthUniversit

2、yofForestryandTechnology498ShaoshanSouthRoad，TianxinDistrictChangshaHunan410004，ER．CHINASupervisorAssociateProfessorZHANGDang—QuanMay,2011中南林业科技大学学位论文原创性声明lIIIIIIIIIIIIUlY1913538本人郑重声明：所呈交的论文是本人在导师的指导下独立进行研究所取得的研究成果。除了文中特别加以标注引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写的成果作品，也不包含为获得中南林业科技大学

3、或其他教育机构的学位或证书所使用过的材料。对本文的研究作出重要贡献的个人和集体，均已在文中以明确方式表明。本人完全意识到本声明的法律后果由本人承担。作者签名：吲钳峡沙f1年岁月听日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件或电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权中南林业科技大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。本学位论文属于：1、保密口，在年解密后适用本授权书。2、不保密彩(请您在以上

4、相应方框打“寸，)作者签名：阏{于犊功f1年5月卵日摘要绵毛优若藜是原产美洲大陆的一种沙漠常绿灌木，是荒漠牧场冬季和春季的重要灌木饲草，近年来已在我国西北成功引种。绵毛优若藜的恶劣环境适应性极强，可在零下30"0、年降雨量为70．500mm、pH值为7．0．9．0的逆境中生长，具有极强的抗冻、抗干旱、耐高温、耐盐碱、耐贫瘠、耐沙埋等优点，拥有宝贵的抗逆性基因资源。因此，本文开展绵毛优若藜冷胁迫的均一化全长cDNA文库构建，进行大规模的随机测序，并对表达基因进行EST分析与生物信息学注释，获取冷胁迫抗逆基因资源信息，有利于解析荒漠常绿灌木的抗冻分子

5、机制，为我国抗寒基因工程和转基因利用提供理论依据和物质基础。获得了以下主要结果：(1)采用CreatorSMART技术与DSN相结合方法，构建了绵毛优若藜冷胁迫均一化全长cDNA文库，文库的库容量为1．4x106克隆，插入片段的大小基本上在0．25．3kb之间，平均长度大于lkb，且文库重组率为100％，全长率为46．3％，完全达到了高质量的全长cDNA文库的建库要求。(2)随机挑取1248个克隆进行测序，成功测序1060条并构成绵毛优若藜冷胁迫的EST库。去除空载体和低质量的ESTs后，获得高质量ESTs为1041条，最短序列为100bp，最长

6、为681bp，平均长度为551bp。(3)对1041条高质量EST库进行组装拼接后，获得1009条Unigenes，其中重叠群Contigs为60个，平均长度为656bp，最短序列为307bp，最长序列为1100bp。1009条Unigenes序列，长度跨度从100bp至1100bp，平均长度为558bp，低丰度基因Singlets(仅含一条EST)为978条，占总数的96．93％，表明均一化效果和文库质量极高。(4)对获得的1009条Unigenes进行ORF预测，得到946条ORF，序列长度最短为102bp，最长为981bp，序列平均长度为3

7、73bp。(5)对1009条Unigenes序列进行进行Blastn-Nt同源性分析，529条序列与已知序列有同源特征，占总数的52．43％，其中为推测功能基因的有312条，占总数的30．92％，未找到序列同源性的Unigenes序列有480条，占总数的47．57％。(6)对1009条Unigenes序列进行进行Blastx-Nr同源性分析，740条序列与已知序列有同源特征，占总数的73．34％，其中543条序列为推测功能基因，占总数的53．16％，未找到同源序列的有269条，占总数的26．66％。(7)对1009条Unigene序列进行Blas

8、t．COG分析，获得注释序列240条，占总数的23．79％。对Blast结果进行功能分类，得到22类：Generalfunctionpr