棉花叶绿体基因组全序列微卫星分布规律研究

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1、棉花学报CottonScience2015袁27渊6冤院570―575棉花叶绿体基因组全序列微卫星分布规律研究*蔡小彦袁刘方袁周忠丽袁王星星袁王春英袁王玉红袁王坤波(棉花生物学国家重点实验室/中国农业科学院棉花研究所袁河南安阳455000)摘要院利用已公布的陆地棉渊冤叶绿体基因组全序列测序结果袁应用生物信息学软件对其叶绿体微卫星的分布规律进行了全面分析遥结果发现袁陆地棉叶绿体基因组上共有72个微卫星袁主要分布于大单拷贝区和小单拷贝区袁且以单碱基微卫星为主袁占总数的76.4%曰二碱基微卫星占总数的20.8%曰三碱基微卫星占总数的2.8%遥在

2、单碱基微卫星中袁又以A/T重复为主袁二者共占单碱基微卫星的92.7%遥单碱基微卫星的重复次数以10～12次为主袁二碱基微卫星的重复次数以5～6次为主遥本研究结果为开发棉属植物叶绿体通用引物提供了理论依据遥关键词院棉花曰叶绿体微卫星曰分布规律中图分类号院S562.035文献标志码院A文章编号院1002-7807渊2015冤06-0570-0610.11963/issn.1002-7807.201506009*CaiXiaoyan,LiuFang,ZhouZhongli,WangXingxing,WangChunying,WangYuhong

3、,WangKunbo(455000)Thedistributionofchloroplastmicrosatellitesinthechloroplastcompletesequenceofwasana-lyzedwithbioinformaticssoftware.Theresultsshowedthatthechloroplastmicrosatellitesofweremainlydistribut-edinthelargesingle-copyregionandthesmallsingle-copyregion,andmostmi

4、crosatelliteswerecompleterepeats.Mononu-cleotiderepeatmotifs,dinucleotiderepeatmotifsandtrinucleotiderepeatmotifsaccountedfor76.4%,20.8%and2.8%oftheto-tal,respectively.RepeatsAandTwerethemainbaseinthemononucleotidemotif,accountingfor92.7%ofthetotal.Themostcommonrepeatnumb

5、erof(A)nand(T)nwas10and11,respectively,andtherepeatnumberofthedinucleotiderepeatmotifwas5or6.TheseresultsareavailableforuseindevelopinggeneralprimersfromchloroplastDNAin.cotton;chloroplastmicrosatellites;distribution微卫星DNA渊MicrosatelliteDNA冤又称为简速发展成为一种新型高效尧操作简单的分子标记单重复序列渊

6、Simplesequencerepeats,SSRs冤袁是技术遥由于其具有微卫星标记的操作简单尧共显指以少数几个核苷酸渊一般为1～6个冤为基本重性尧高多态性袁分布广泛性等优点又兼顾到叶绿复单位的简单串联重复DNA序列遥它广泛分布体基因组分子量小袁结构简单袁进化保守以及单于真核生物的核基因组袁叶绿体基因组以及线粒亲遗传等特点袁可在更高分类水平上鉴定植物亲体基因组遥1995年Powell等首次提出了叶绿体缘关系袁从历史和系统发育的角度解释生物多样[2][3]微卫星(Chloroplastsimplesequencerepeat袁性遥因此袁该技

7、术在群体遗传结构尧遗传多样[4][5][6]cpSSR)的概念袁并在扭叶松渊冤尧樟子性尧物种进化和起源尧基因流动尧胞质遗传特[7-8]松渊冤和黑松渊冤中筛性等研究领域得到广泛应用遥选出了第一批cpSSR引物袁成功地将其应用于松棉花渊Cotton冤是世界上最重要的天然纤维来[1]科植物的种质资源研究遥近年来袁cpSSR技术迅源袁也是最重要的经济作物之一遥现在棉属收稿日期院2014-11-29作者简介院蔡小彦渊1984―冤袁女袁硕士研究生袁cxycri@163.com曰*通信作者,wkbcri@163.com基金项目院国家科技支撑计划(201

8、3BAD01B03)袁功能基因组863渊2013AA102601-01-11冤6期蔡小彦等院棉花叶绿体基因组全序列微卫星分布规律研究571渊冤包括51个种袁其中46个为二倍体棉隔序列冤袁占叶绿