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《黑白轮枝菌基因组中微卫星的频率和分布》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。
1、棉花学报CottonScience2013袁25渊2冤院135~141黑白轮枝菌基因组中微卫星的频率和分布*李志芳袁冯自力袁赵丽红袁师勇强袁李彩红袁王玲飞袁刘义杰袁朱荷琴渊棉花生物学国家重点实验室/中国农业科学院棉花研究所袁河南安阳455000冤摘要院为了明确重要植物病原真菌黑白轮枝菌基因组中的微卫星渊SSR冤分布情况袁利用软件SciRoKo从已测序的VaMs102菌株基因组渊32.8Mb冤中袁成功搜索得到4224个SSR遥结果显示袁三碱基重复微卫星的数量最多袁为1481个袁占SSR总数的35.
2、1%曰其次是二碱基尧六碱基尧四碱基和五碱基曰单碱基重复的微卫星数量最少袁为308个袁仅占总数的7.3%遥不同重复单元的微卫星在黑白轮枝菌基因组中的分布是非随机的袁具有明显的偏好性遥单碱基尧二碱基尧四碱基和五碱基偏爱出现于非编码区袁尤其是基因间区遥三碱基和六碱基重复微卫星较为集中分布在外显子区袁并且重复次数变化丰富袁推断黑白轮枝菌编码区的SSR可能会通过调节自身的重复次数来适应新环境遥关键词院黑白轮枝菌曰基因组曰简单重复序列曰非随机分布中图分类号院S435.621文献标志码院A文章编号院1002-
3、7807渊2013冤02-0135-07LIZhi-fang,FENGZi-li,ZHAOLi-hong,SHIYong-qiang,LICai-hong,WANGLing-fei,LIUYi-jie,ZHU*He-qin(455000,)Toidentifythedistributionofsimplesequencerepeats(SSRs)inprimaryplantpathogengenome,thisstudysuccessfullyscanned4224SSRinthe32.8Mbg
4、enomeofsequencedVaMs102isolate.Resultsshowedthatthetri-nucleotiderepeats(tri-nt)wasthemostabundantmicrosatellitetype.Thenumberoftri-ntSSRswas1481comprising35.1%ofthetotalnumberofSSRs,followedbydi-nt,hexa-nt,tetra-ntandpentra-ntSSRsinthatorder.Mono-nt
5、SSRhadthesmallestpopulation,only308,comprising7.3%ofthetotalnumber.Furthermore,theSSRsindifferentrepeatunitsexhibitedadifferentialornon-randomdistributionindifferentgenomiclocations.Mono-nt,di-nt,tetra-ntandpenta-ntSSRspreferredtopresentinthenoncodin
6、gregions,especiallyintergenic.Tri-ntandhexa-ntSSRsconcentrateddistributedintheexonicregions,andthenumberoftriplet-motifrepeatsisvariableacrossthegenome,perhapsindicatingthatitmayhelppromoteadaptationtonewenvironmentthroughmodulatingtherepeattimes.;ge
7、nome;simplesequencerepeats;non-randomdistribution棉花黄萎病渊VerticilliumWilt冤是影响世界各主要致病菌分别是大丽轮枝菌渊大产棉区棉花(L.)优质高产Kleb冤和黑白轮枝菌渊V的首要病害遥据报道袁仅1995年棉花黄萎病在中国ReinkeandBerthold冤袁在我国主要的致病菌2[3]发生面积高达300万hm袁产量损失在10%～是大丽轮枝菌袁但是在新疆海关曾检测到个别[4]35%袁直接经济损失约12亿人民币袁已成为发展进关货物中携带
8、少量的黑白轮枝菌遥黑白轮枝[1-2]棉花生产的主要障碍遥引起棉花黄萎病的两大菌的寄主十分广泛袁除了棉花以外袁还有其他如收稿日期院2012-12-04作者简介院李志芳渊1982-冤袁女袁博士袁副研究员袁lizhifang2009@163.com曰*通讯作者袁heqinanyang@sohu.com基金项目院中央级公益性科研院所基本科研业务费专项2013年度所长基金项目渊SJB1304冤曰国家自然科学基金渊31201466冤136棉花学报25卷苜蓿尧番茄尧马铃薯尧辣椒以及多种观赏花卉等近html遥[
