基于二代测序技术的甜橙基因组杂合度与起源研究

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1、分类号密级华中农业大学硕士学位论文基于二代测序技术的甜橙基因组杂合度与起源研究Genomeheterozygosityandoriginstudyofsweetorangebasedonsecondgenerationsequencingtechnology研究生：焦文标学号：2010304110182指导教师：陈玲玲教授张红雨教授指导小组：谢为博副教授马彬广副教授孔德信副教授彭城讲师专业：生物化学与分子生物学研究方向：生物信息学获得学位名称：理学硕士获得学位时间：2013年6月日华中农业大学生命科学技术学院二O一三年六月华中农业

2、大学学位论文独创性声明及使用授权书学位论文是否保密否如需保密，解密时间年月目独创性声明lJYllllJll2llllll3lJJlll9JlJJl4llllll5llJJlU7llJJl2lllll本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方钵。论文中不包舍其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得华中农业大学或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。指导教师对此进行了审定。与我一同工作的同志对本研究所傲的任何贡献均已在论文中傲了明确的说明，并表示了谢意。

3、研姓签名：酶．7矧、时闻：讪7沁6月，7日学位论文使用授权书本人完全了解华中农业大学关于保存、使用学位论文的规定，即学生必须按照学校要求提交学位论文的印刷本和电子版本学校有权保存提交论文的印刷版和电子版，并提供目录检索和阅览服务，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。本人同意华中农业大学可以用不商方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容，为存在馆际合作关系的兄弟高校用户提供文献传递和交换服务，同时本人保留在其他媒体发表论文的权力。注：保密学位论文(即涉及技术秘密、商韭秘密或申请专利等潜在需要提交保密的论文

4、)在解密后遁用于本授权书。学位论文作者签名：瞧婶、导师签名：劾蝴签名日期：≯l≥年5月_晶签名日期：沙1；年石月f7习注：请将本表直接装订在学位论文的扉页和目录之间基于二代测序技术甜橙基因组杂合度与起源研究目录目录⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．I摘要⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．iAbstract⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．ii缩略词表⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．iii1前言⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．11．1二代测序技术简述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．

5、．11．2全基因组重测序研究综述⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．41．3甜橙基因组研究进展⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯81．4本研究的目的和内容⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯92材料与方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．92．1实验数据和生物信息学工具⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯92．2实验方法⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯1l2．2．1短序列比对⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．112．2．2SNP，h1Del，SV预测⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯112．2．3SNP，InDel，SV注释与表达分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．

6、．122．2．4等位表达差异分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．122．2．5非参考基因组序列组装和基因注释⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯132．2．6甜橙杂合二倍体亲本测序数据K．mer分析与基因组组装⋯⋯⋯132．2．7甜橙起源分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．133结果和分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯143．1甜橙基因组杂合度分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯143．1．1SNP，InDel，SV预测和注释⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯143．1．2杂合位点对基因表达的影响⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯183．1．3非甜橙参考基因组序列组装和

7、基因注释⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．223．2甜橙起源分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．234讨论⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯25参考文献⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．27附录I亲本基因组染色体SNP密度分布图⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯36附录II硕士期间发表的论文⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯37致谢⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯38华中农业大学2013届硕士研究生学位(毕业)论文基于二代测序技术的甜橙基因组杂合度和起源研究摘要二代测序技术的快速发展推动了基因组学等组学的高通量定量研究。基于二代测序

8、技术的全基因组重测序研究有助于研究物种遗传多样性，种群结构，物种起源与进化，以及全基因组关联分析。柑橘作为世界第一大水果，同时也是果树类物种的遗传、育种、基因组学研究的重要参考物种之一。甜橙被认为起源于野生宽皮橘和野生柚的杂交后代，通过珠心胚无性繁