二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用

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1、中国水稻科学(ChinJRiceSci),2015,29(2):208-214http://www.ricesci.cn208DOI:10.3969/ji.ssn.1001G7216.2015.02.013二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用高阳1,2薛大伟2钱前1高振宇1,∗(1中国水稻研究所水稻生物学国家重点实验室,杭州310006;2杭州师范大学生命与环境科学学院,杭州310036;∗通讯联系人,EGmail:gaozhenyu@caas.cn)ApplicationoftheSecondGenerationSequencingTechnologyinRiceGeno

2、micsandTranscriptomicsGAOYang1,2,XUEDaGwei2,QIANQian1,GAOZhenGyu1,∗(1StateKeyLaboratoryofRiceBiology,ChinaNationalRiceResearchInstitute,Hangzhou310006,China;2CollegeofLifeandEnvironmentalSciences,HangzhouNormalUniversity,Hangzhou310036,China;∗Correspondingauthor,EGmail:gaozhenyu@caasc.n)GAOYang,

3、XUEDawei,QIANQian,etal.Applicationofthesecondgenerationsequencingtechnologyinricegenomicsandtranscriptomics.ChinJRiceSci,2015,29(2):208G214.Abstract:Thesecondgenerationsequencingtechnologymadearevolutionarybreakthroughinthefieldofsequencingtechnologywithadvantages,includinghighthroughput,highpre

4、cisionandlowcost.Itprovidedanewmethodfortheresearchinricegenomics.Here,wereviewedthetheoryanddevelopmentofthesecondgenerationsequencingtechnologyincludingsequencingbysynthesisandsequencingbyligation,andsummarizeditsapplicationsingenomics,involvingstructuralgenomicsandfunctionalgenomics,andtransc

5、riptomicsofrice.Finally,theprospectsofcurrentsequencingtechnologiesandtheirapplicationsinriceresearchwerealsodiscussed.Keywords:thesecondgenerationsequencing;rice;genomics;transcriptomics高阳,薛大伟,钱前,等.二代测序技术在水稻基因组学和转录组学研究中的应用.中国水稻科学,2015,29(2):208G214.摘要:二代测序技术是测序技术的一次革命性突破,它具有高通量、高精度、低成本的优势,为水稻基因

6、组学研究提供了新的研究方法和解决方案.概述了以使用合成法测序和连接法测序为原理的二代测序技术的特点和发展,并总结了其在水稻基因组学,包括结构基因组学和功能基因组学以及转录组学研究中的应用,并就当前测序技术的发展趋势作了展望.关键词:二代测序技术;水稻;基因组学;转录组学中图分类号:Q755;S511?01文献标识码:A文章编号:1001G7216(2015)02G0208G07水稻是人类最主要的粮食作物之一,为全世界技术的快速发展及其在水稻基因组学研究的广泛应近一半人口的食物来源,它的稳步增产是世界粮食用,现代水稻科学研究突飞猛进,水稻遗传学的研究安全的重要保证.随着全球人口的不断增长

7、,适合逐步从个别的基因及其功能扩大到全基因组的修饰水稻生长土地的不断减少,以及复杂多变的气候环和表达调控.境给水稻生产造成了不利.为了满足人类日益增长1二代测序技术原理及其发展的粮食需求,基因改良已成为提高水稻产量的重要途径.2002年,日本和中国科学家分别完成了日本关于测序技术的报道最早可以追溯到20世纪[1,2][3]晴和93G11的全基因组测序,标志着国际水稻基50年代,早在1954年,Whitfeld等就用化学降解因组计划的完成和水稻功

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