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1、gaussian教程节译自ExploringChemistrywithElectronicStructureMethos,SecondEdition,作者JamesB.Foresman,EleenFrisch出版社Gaussian,Inc,USA,1996前言Gaussian可以做很多事情,具体包括分子能量和结构研究过渡态的能量和结构研究化学键以及反应的能量分子轨道偶极矩和多极矩原子电荷和电势振动频率红外和拉曼光谱核磁极化率和超极化率热力学性质反应途径计算可以模拟在气相和溶液中的体系,模拟基态和激发态.Gaussian是研究诸如取代效应,反应机理,势能面和激发态能量的有力工具.
2、全书结构序言运行Gaussian第一部分基本概念和技术第一章计算模型第二章单点能计算第三章几何优化第四章频率分析第二部分计算化学方法第五章基族的影响第六章理论方法的选择第七章高精度计算第三部分应用第八章研究反应和反应性第九章激发态第十章溶液中的反应附录A理论背景附录BGaussian输入方法简介运行GaussianUnix/Linux平台:运行gaussian前要设置好运行参数,比如在CShell中,需要加这两句setenvg94rootdirectory/directory指程序的上级目录名source$g94root/g94/bsd/g94.login然后运行就可以了.比如
3、有输入文件h2o.com,采用CShell时的运行格式是g94h2o.logWindows平台:图形界面就不用多说了输入输出文件介绍在Unix系统中,输入文件是.com为扩展名的,输出文件为.log;在Windows系统中,输入文件是.gjf为扩展名,输出文件为.out.下面是一个输入文件#TRHF/6-31G(d)TestMyfirstGaussianjob:watersinglepointenergy01O-0.4640.1770.0H-0.4641.1370.0H0.441-0.1430.0第一行以#开头,是运行的说明行,#T表示指打印重要的输出部分,#P表示打印更多的信
4、息.后面的RHF表示限制性Hartree-Fock方法,这里要输入计算所选用的理论方法6-31G(d)是计算所采用的基组,就是用什么样的函数组合来描述轨道Test是指不记入Gaussian工作档案,对于单机版没有用处.第三行是对于这个工作的描述,写什么都行,自己看懂就是了.第二行是空行,这个空行以及第四行的空行都是必须的.第五行的两个数字,分别是分子电荷和自旋多重度.第六行以后是对于分子几何构性的描述.这个例子采用的是迪卡尔坐标.分子结构输入完成后要有一个空行.对于Windows版本,程序的图形界面把这几部分分得很清楚.输入的时候就不要再添空行了.输出文件输出文件一般很长,对于
5、上面的输入文件,其输出文件中,首先是版权说明,然后是作者,Pople的名字在最后一个.然后是Gaussian读入输入文件的说明,再将输入的分子坐标转换为标准内坐标,这些东西都不用去管.当然,验证自己的分子构性对不对就要看这个地方.关键的是有SCFDone的一行,后面的能量可是重要的,单位是原子单位,Hartree,1Hartree=4.3597482E-18Joules或=2625.500kJ/mol=27.2116eV再后面是布居分析,有分子轨道情况,各个轨道的本征值(能量),各个原子的电荷,偶极距.然后是整个计算结果的一个总结,各小节之间用分开,所要的东西基本在里面了.然
6、后是一句格言,随机有Gaussian程序从它的格言库里选出的(在l9999.exe中,想看的可以用文本格式打开这个文件,自己去找,学英语的好机会).然后是CPU时间,注意这不是真正的运行时间,是CPU运行的时间,真正的时间要长一些.如果几个工作一起做的话(Window下好像不可能,Unix/Linix下可以同时做多个工作),实际计算时间就长很多了.最后一句话,"NormalterminationofGaussian94"很关键,如果没有这句话,说明工作是失败的,肯定在什么地方出错误了.这是这里应该有出错信息.根据输入文件的设置,输出文件还要多一些内容,上面的是基本的东西.第一章
7、计算模型1.1计算化学的方法主要有分子理论(MolecularMechanics)和电子结构理论(ElectronicStructureTheory).两者的共同点是1.计算分子的能量,分子的性质可以根据能量按照一定的方法得到.2.进行几何优化,在起始结构的附近寻找具有最低的能量的结构.几何优化是根据能量的一阶导数进行的.3.计算分子内运动的频率.计算依据是能量的二阶导数.1.2分子理论分子理论采用经典物理对分子进行处理,可以在MM3,HyperChem,Quanta,Sybyl,Alche
