gaussian基础课件

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1、Gaussian输入文件Gaussian输入文件Gaussian输入文件Gaussian输入文件本章提纲：–Gaussian计算相关的文件概述–Gaussian输入文件概述–Link0命令段–Route部分–标题–分子说明–额外输入–多步任务Gaussian输入文件Gaussian计算相关文件文件扩展名作用输入文件.gjf,.com告诉程序计算中使用的系统资源、运行计算的类型和使用的方法、分子说明等信息输出文件.out.log各种需要的计算结果，如优化的结构、布居分析结果、分子轨道能量、模拟的各种光谱信息等；检查

2、点文件.chk.fchk中间结构、分子轨道系数、力常数、耦合簇方法的振幅项等信息读写文件.rwf所有的信息包括其他文件不存储的电子积分和微分信息等其它临时文件.inp.de2.int.scr临时存储的一些信息Cube文件.cub.cube使用GaussView显示分子轨道、静电势等的表面图形的数据文件Gaussian输入文件Gaussian输入文件概述Gaussian09的输入文件使用ASCII码形式的文本文件，主要由五个部分组成：1.Link0命令段：2.Route部分：3.Title部分4.分子说明部分；5.

3、额外的输入信息Gaussian输入文件Gaussian输入文件概述高斯输入文件举例：%mem=2GB−−−−−−−−−Link0命令段%chk=mychk#phf/6-31g(d)pop=(reg,nboread)−−−−−−−−−Route部分−−−−−−−−−空行Waterenergyevaluation−−−−−−−−−Title部分−−−−−−−−−空行01O0.00000.0000-0.1108H0.0000-0.78400.4432−−−−−−−−−分子说明部分H-0.00000.78400.4432

4、−−−−−−−−−空行$nbobndidx$end−−−−−−−−−额外输入部分−−−−−−−−−两个以上空行Gaussian输入文件Link0命令段•Gaussian09的计算资源控制是通过Link0命令段来实现的。其中包括对计算临时文件的位置，名称及容量的控制和对程序使用CPU、内存、硬盘总量控制两个方面，下面分别予以介绍。Gaussian输入文件Link0命令段临时文件.chk和.rwf一般说来，Gaussian09需要指定的临时文件主要有两种:一种叫检查点文件[.chk]，指定方式：%chk=filen

5、ame.chk另一种叫读写文件[.rwf]，指定方式：%rwf=filename.rwfGaussian输入文件Link0命令段•由于读写文件有时非常大，需要将分配给不同位置/分区的空间一起利用起来，可以将读写文件分割：%rwf=loc1,size1,loc2,size2…其中，loc代表准备存放读写文件的绝对路径，size代表分割在此处读写文件的最大尺寸。如果不指定文件尺寸则表示不限制大小。Gaussian输入文件Link0命令段计算资源控制信息Gaussian09可以控制程序对系统资源的使用，一般主要指定使

6、用系统内存大小和使用CPU个数，在使用Linda跨节点并行是还要指定使用哪几个节点。1.内存控制：可以通过%mem控制程序最大占用内存数量，如%mem=100MW2.CPU控制：系统默认使用1个CPU计算，可以通过%nprocsheared控制程序使用CPU的个数，如%nprocsheared=4Gaussian输入文件Link0命令段3.Linda并行系统默认不使用linda并行运算，可以通过%lindaworker指定需要使用的节点，如%lindaworker=node1,node2:2,…。其中node1、

7、node2是/etc/hosts文件中定义的节点名。Gaussian输入文件Route部分以#符号开始，指定计算中用到的关键词及其可选项，可以写入计算使用的方法、基组、要分析的性质、计算的算法等；关键词的输入不分先后但不能重复，对一些常用的关键词组合（如Opt和Freq），程序会自动先执行需要在前面运行的计算。关键词可以写在连续的数行中，Route部分以一个空行结束。每个关键词需要用到的选项要成组的写入紧跟在关键词后的圆括号中。Gaussian输入文件Route部分Route部分的通用写法如下：#Meth

8、od/BasisKeyword1=(Option1,Option2)Keyword2=(Option1,Option2,…)…关键词及其选项的书写语法采用下面四种的任意一种都可以：1.keyword=option2.keyword(option)3.keyword=(option1,option2,…)4.keyword(option1,option2,…)Gaussi