西门塔尔牛部分生长性状全基因组低密度芯片筛选

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1、分类号：S823单位代码：10193密级：公开学号：2012580硕士学位论文西门塔尔牛部分生长性状全基因组低密度芯片筛选DesignofaGenome-WideLow-DensityPanelonImportantGrowthTraitsinSimmentalCattle作者姓名：张静静学位类别：农学硕士专业名称：动物遗传育种与繁殖研究方向：分子数量遗传学指导教师：李俊雅研究员所在学院：动物科技学院2015年5月独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文是本人在导师指导下，独立进行研究所取得的成果。尽我所知，除文中特别加以标

2、注和致谢所列内容外，论文中不包含其他个人或集体已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得吉林农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。本学位论文所有内容若有不实之处，本人愿意承担一切相关法律责任和后果。学位论文作者签名：签字日期：年月日关于学位论文使用授权的声明1、本人完全了解吉林农业大学有关保留和使用学位论文的规定，即：研究生在校攻读学位期间所完成的论文及相关成果的知识产权属吉林农业大学所有，并同意将本论文的版权授权给吉林农业大学，学校

3、有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。2、本人（同意/不同意，务必打印后填写）吉林农业大学将本论文版权授权给不同媒体进行电子出版、多媒体出版、网络出版以及其他形式出版（涉密学位论文解密后应遵守此协议）。3、本人声明毕业后若发表在攻读研究生学位期间完成的论文及相关的学术成果，必须以吉林农业大学作为第一署名单位。学位论文作者签名：签字日期：年月日指导教师签名：签字日期：年月日2摘要基因组选择作为动物遗传育种领域的研究热点，在动物育种工作中得到了广泛的应用，并对

4、肉牛育种工作产生了巨大的推动作用。但考虑到成本问题，利用高密度SNP芯片进行基因组选择在实际育种中并不适用。因此，研究者提出采用低密度芯片进行基因组选择，以降低育种成本。本研究以1,059头出生于2008至2012年的西门塔尔牛为研究群体，利用Illumina770kSNP芯片，针对宰前活重（Bodyweight,BW）、胴体重（Carcassweight,CW）和育肥期日增重（Averagedailygain,ADG）三个性状，开展了低密度芯片基因组选择的研究。研究中利用均匀抽取、基于BayesB所得效应值大小和基于GWA

5、S所得P值大小三种不同筛选方式，分别筛选出三种不同类别的低密度芯片（均匀抽取的ELD芯片、根据效应值大小筛选的SLD芯片和根据P值大小筛选的PLD芯片），进行低密度芯片的基因组预测研究，并采用交叉验证方法评价预测准确性。结果表明，随着标记数目的增多，三种类别的低密度芯片基因组预测准确性均呈现逐渐增加趋势。且基于BayesB估计效应值大小值筛选的SLD低密度芯片效果要好于另两种芯片。当SNP标记数目达到10,000时，在BayesB方法下，SLD低密度芯片三个性状的基因组预测准确性分别达到了宰前活重0.22±0.01，胴体重0

6、.21±0.02和平均日增重0.15±0.01。在不同性状中，三种低密度芯片所表现出的预测能力不同，宰前活重和育肥期平均日增重两个性状中，SLD芯片的预测准确性，除GBLUP方法下较低外，其他均高于另两种芯片。这就说明，不同类型低密度芯片基因组预测能力与目标性状的遗传结构有关，因此针对不同应用情况仍需进行详细的育种学分析。本研究以西门塔尔牛为群体，针对宰前活重、胴体重和育肥期增重三个性状，设计了不同类型低密度芯片，并对不同低密度标记基因组选择进行了系统的研究，探讨了相关问题，为制作准确度高、使用方便的低密度芯片和肉牛低密度芯

7、片基因组选择的实施提供了依据。关键词：西门塔尔牛，低密度标记，基因组预测，交叉验证3AbstractAsaverycurrenttopicinlivestockproduction,genomic-enabledpredictionhasbeenwidelyusedinanimalbreedinganditimprovestheproductiondramatically.However,thehighcostandhugeburdenofcalculationrestrictitsdevelopment.Therefore

8、,asanalternative,lowdensitypanelswithSNPsthatshowstrongassociationswithphenotypecouldbeused.Thereferencepopulationconsistof1,059Simmentalcattlewh