西门塔尔牛肉质性状低密度芯片的基因组选择

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1、密级：论文编号:中囯农业科学院学位论文西门塔尔牛肉质性状低密度芯片的基因组选择•ApplicationofLowDensityPanelsinGenomicSelectiononMeatQualityTraitsinSimmentalCattle硕士研宄生.•齐欣指导教师：李俊雅研宄员申请学位类别：农学硕士专业：动物a传靜陶m研究方向：分菌榉培养单位：北京畜牧兽医研宄所研宄生院2015年5月.独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研宄工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表

2、或撰写过的研宄成果，也不包含为获得中国农业科学院或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研宄所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研宄生签名：hfk时间：y/f年f月：^曰关于论文使用授权的声明本人完全了解中国农业科学院有关保留、使用学位论文的规定，即：中国农业科学院有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意中国农业科学院可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。研宄生签名:时间：年j月日导师签名:时间：>6^年厂月

3、0日中国农业科学院硕士学位论文评阅人、答辩委员会签名表论文题目西门塔尔牛肉质性状低密度芯片的基因组选择动物遗传育分子数量遗论文作者齐欣专业研究方向种与繁殖传学指导教师李俊雅研宄员培养单位（研宄所）北京畜牧兽医研宄所硕博师姓名轉、导评阅人答辩主席■硕博导导□□py长勤硕导口动物遗传育张胜利教授中国农业大学博导□种与繁殖硕导口动物遗传育王楚端教授中国农业大学博导口种与繁殖答硕导口动物遗传育孙东晓教授中国农业大学博导口种与繁殖丄、丄辩硕导口中国农业科学院北京动物遗传育杜立新研宂员博导口畜牧兽医研宂所种与繁殖委硕导口中国农业科学院北京动物遗传育王立贤研

4、究员博导口畜牧兽医研宄所种与繁殖员硕导口中国农业科学院北京动物遗传育赵桂苹研究员博导口畜牧兽医研究所种与繁殖硕导口博导口会议记录（秘书）陈燕助理研究员（中国农业科学院北京畜牧兽医研宂所）论文答辩时间地点2015年5月27日下午于中国农业科学院北京畜牧兽医研究所Secrecy:No.ChineseAcademyofAgriculturalSciencesDissertationApplicationofLowDensityPanelsinGenomicSelectiononMeatQualityTraitsinSimmentalCattleM.S

5、.Candidate：QiXinSupervisor：LiJunyaMajor：AnimalgeneticsandbreedingSpecialty:MolecularquantitativegeneticsandcattlebreedingMay2015摘要全基因组关联分析和基因组选择是近年来畜禽育种的研究热点。本研究利用BovineHD芯片，对西门塔尔牛的部分胴体性状和肉质性状进行全基因组关联分析，初步探索低密度芯片对脂肪酸含量性状的基因组预测准确性。1.使用混合压缩线性模型（CMLM）和线性模型（LM）对霖肉、后腱子和骨重三个胴体性状进行

6、全基因组关联分析，共检验出186个显著关联的位点（P<10-5），其中有55个位点在两种模型中均显著，多数标记落于6号和14号染色体的LAP3、LCORL、FAM184B、PLAG1等基因上，显著SNP重叠于相关胴体重和骨重的数量性状基因座位（QTL）。2.使用CMLM和LM对大理石花纹、脂肪颜色、总脂肪酸含量（TFA）、饱和脂肪酸含量（SFA）、单不饱和脂肪酸含量（MUFA）和多不饱和脂肪酸含量（PUFA）六个肉质性状的分析，检测出91个显著位点（P<10-5），其中44个位点在两模型中均显著，与三个脂肪酸含量性状均显著相关的标记落在14号染

7、色体的MYC基因附近，多数显著位点落在相关于大理石花纹、第十二肋的背膘厚和脂肪酸含量的QTL上。3.本研究构建不同标记数目的低密度芯片，包括均匀分布低密度芯片，基于BayesA、BayesB估计标记效应的绝对值及显著性的筛选标记低密度芯片，使用低密度芯片对四个脂肪酸含量性状进行基因组预测，通过五倍交叉验证衡量准确性。均匀分布低密度芯片整合BovineHD和已有低密度芯片位点，其标记数目分别为3K,7K,9K,20K和40K，准确性在9K时较高，低于筛选标记低密度芯片，与其他模拟数据中低密度芯片基因组预测的结果一致。依据标记效应及显著性的筛选标记

8、低密度芯片，其标记数目分别为0.3K,0.5K,0.7K,1K,3K,5K,7K,9K,11K,13K,15K和30K，在标记数目达到7K时准确性基本