黄河鲤体型和生长性状的全基因组关联研究.pdf

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1、学校代码：10264研究生学号：M150107152上海海洋大学硕士学位论文黄河鲤体型和生长性状的全基因组题目：关联研究Genome-wideAssociationStudyOn英文题目：BodyShapeandGrowthTraitsofTheYellowRiverCarp姓名邰如玉导师许建专业：动物遗传育种与繁殖研究方向：分子遗传学二O一八年六月一日上海海洋大学硕士学位论文上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表

2、或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日I上海海洋大学硕士学位论文黄河鲤体型和生长性状

3、的全基因组关联研究摘要鲤（Cyprinuscarpio）是世界上最重要的水产养殖物种之一，具有重要的产业价值和科研意义，黄河鲤是其中极具代表性的亚种。黄河鲤的典型特点是金鳞赤尾、体型梭长，肉质细嫩鲜美；然而近年来由于种质退化等原因造成体型性状差异大，极端体型如细长型和纺锤型增多影响了黄河鲤的品质和市场价格，亟需开展黄河鲤体型性状的遗传机制研究。本课题通过对黄河鲤的混合家系的样本进行体型性状测量和基因分型，对黄河鲤的体型和生长性状进行全基因组关联研究，尝试寻找与体型和生长性状相关的基因。形态测量学包含线性测量法和几何形态测量法等多种测量法，不同测量方法的侧重点和具体操作各有不同。本研究在测量

4、样本身体形状和生长相关性状时同时使用了线性测量法和基于地标点的几何形态测量法，整理出一套适用于鱼类体型性状的地标点法分析流程，并对两种方法的优缺点进行比较。本研究使用线性测量法和基于地标点的几何形态测量法收集了饲养在相同环境下、投喂相同饲料的13个黄河鲤全同胞家系的523个黄河鲤样本的体型和生长数据。其中用几何形态测量法收集的是描述样本身体形状的地标点的数据，用线性测量法收集的是样本的体长、体高、体厚、体重、眼间距以及净重的数据。对地标点数据进行分析后得到20个主成分，其中PC1~PC3解释了样本群体50%以上的几何形态差异，PC1~PC6解释了样本群体75%以上的几何形态差异，PC1~P

5、C10解释了样本群体90%以上的几何形态差异。各主成分与BL/BH的相关性系数各有不同，分别为0.06379，0.47485，0.21762，0.46255，0.14542，0.44985，其中PC1与BL/BH的相关性最小。将上述分析所得的数据和线性测量结果作为体型性状，结合利用鲤鱼高通量SNP分型芯片鉴定所得的SNP基因型开展GWAS分析，然后根据GWAS的结果划定阈值，对阈值以上的SNP位点的上下游10k的基因进行了注释，获得1,850个基因，并通过文献调研从中筛选出一批与体型和生长性状相关的候选基因。其中I上海海洋大学硕士学位论文包括多种磷酸酶（phosphatase）、蝶素（Ep

6、hrin）、成纤维细胞生长因子结合蛋白（Fibroblastgrowthfactor-bindingprotein）、生长抑素受体（Somatostatinreceptor）、脂肪酸合成酶（Fattyacidsynthase）、转化生长因子（Transforminggrowthfactor）、胰岛素样生长因子受体（Insulin-likegrowthfactor1receptor）以及骨形态发生蛋白受体（Bonemorphogeneticproteinreceptor）等。除上述与生长发育明显相关的基因，注释出的基因中还包括许多与免疫、神经系统发育、细胞骨架、跨膜转运、离子通道等功能有关的

7、基因。对注释结果进行GO和KEGG分析，富集到胚胎发育（embryodevelopment）、解剖结构形态（anatomicalstructuremorphogenesis）、蝶素受体活性（ephrinreceptoractivity）、胰岛素受体结合（insulinreceptorbinding）、表皮生长因子受体信号通路（ErbBsignalingpathway）、磷酸酶活性（phosphataseactivity）