水稻农艺和品质若干性状的全基因组初步关联分析

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1、水稻农艺和品质若干性状的全基因组初步关联分析指导教师签名：丝豸鳓’论文评阅人1：廑查云熬援虫国盔播班宜压评阅人2．．选圣基置』塾援逝江太堂评阅人3：筮瀣明副塾援．逝江态堂答辩委员会主席：苴童要麴拯虫国丞播硒宜压委员1：鱼劲松熬援浙江太堂委员2：缸型：面量4塾援逝江态堂委员3：韭星笾量4塾握逝、江丕堂越直堂医浙江大学研究生学位论文独创性声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不

2、包含为获得逝选太堂或其他教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示谢意。学位论文作者签名：瘩富旖签字日期：∞防3月琴日学位论文版权使用授权书本学位论文作者完全了解逝江太堂有权保留并向国家有关部门或机构送交本论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。本人授权逝江太堂可以将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索和传播，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。i保密的学位论文在解密后适用本授权书)学位论文作者签名：

3、彦富旖签字日期捌移年3月2夕日导师签名：包劾析’签字日期：纠步?月彳日致谢本论文是在导师包劲松教授悉心指导下完成的，从论文的选题、设计、构思到论文的修改定稿，无不倾注了导师大量的智慧和心血。他渊博的知识、开阔的视野和敏锐严谨的治学态度都使我深受激励和鼓舞，也必将使我终生受益匪浅。此外，包老师生活方面给予我很大的体谅和帮助。值论文完成之际，谨向包老师致以最崇高的敬意和衷心的感谢!两年又半载的研究生生涯悠悠而过，非常感谢在这段时间里陪伴我走过这段征程的人们。感谢我们教研组舒庆尧、吴殿星、沈圣泉、崔海

4、瑞、舒小丽、孔祥礼、赵海军等老师对我求学期间的热心关照和帮助，同时也感谢所领导的关怀以及其他老师的不吝赐教。感谢我身边的各位同学，感谢他们在我生活、实验、论文写作过程中给予的帮助及宝贵建议，他们是金亮、卢燕、张敢、邵雅芳、李小白、李文旭、张华丽、任三娟、王寅、徐非非、孙潇、孙出、朱平、童杰鹏、沈佳君、王伟博、许鑫、卢海平、刘训悦、王云光、张慧等，在此一并表示真诚的谢意!特别要感谢我的父母、以及我以前单位的领导，是他们的鼓励、支持使我坚持着走过了一段美好的研究生时光。短暂的浙大生活是我人生中浓墨重

5、彩的一笔，由最初走进浙大的激动与兴奋到现在即将进入社会的自信与豪情，相信这段经历将是我以后工作中的巨大财富。最后，向参加本论文评阅、答辩和对本论文提出宝贵意见和建议的所有专家、同行致以最诚挚的谢意。唐富福二。一三年一月于浙大华家池浙江大学硕士学位论文摘要摘要水稻的许多农艺和品质性状如粒形、千粒重、营养品质和淀粉品质等，是基因和环境相互作用所控制的数量性状，其遗传研究较困难。与此同时，深入挖掘、利用水稻重要性状遗传变异对改良水稻品种至关重要。近年来，随着挖掘覆盖全基因组的单核苷酸多态性(singl

6、enucleotidepolymorphisms，SNP)标记技术的不断改进，基于连锁不平衡(1inkagedisequilibrium，LD)的全基因组关联分析为研究复杂数量性状提供了新途径。本研究利用覆盖全基因组1288个SNP标记对20份水稻材料两年间的14个农艺性状、5个营养性状和8个淀粉品质性状进行了全基因组关联分析初步研究，为后续研究提供借鉴。其主要结果如下：1、群体结构分析发现20份水稻材料分为籼稻和粳稻两个亚群，主成分分析能看到明显的亚群分布，前四个主成分解释54．1％的基因型变

7、异。通过比较6个模型Anova、K、P、P+K、Q、Q+l逝择最适模型进行全基因组关联分析。2、对两年间14个农艺性状全基因组关联分析共检测到17个SNP，分布于除第6、8外所有染色体上。稻谷粒长和糙米粒长检测到的标记位点与已克隆的基因GS3相近，且在两个环境中都检测到。3、对糙米营养性状相关性结果表明，多酚含量、类黄酮含量、原花青素含量和抗氧化活性彼此显著相关。全基因组关联分析结果发现控制营养性状的标记位点位于第l、4、8染色体上相同位置，其中定位在第4染色体上共有的标记位点可能就是尺口基因。

8、4、对淀粉RVA谱和表观直链淀粉含量的关联分析表明与8个淀粉品质性状显著关联的标记位点累计达到13个SNP，有4个位点与AAC显著关联且不同环境中都能检测到。位于第6染色体Wx基因区域富集若干控制淀粉性状基因，表观直链淀粉含量、成糊温度、崩解值和冷胶粘度都能在该区域定位到标记位点。关键词：水稻；全基因组关联分析；农艺性状；营养性状；淀粉品质性状II浙江大学硕士学位论文AbstractAgronomicandqualitytraitssuchasgrainshape，1000grainweight