全基因组选择在栉孔扇贝（chlamys farreri）育种中的应用

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1、簿寸財和々ＯＣｔＡＮｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｃｈｉｎａ博±学位论文ＤＯＣＴＯ民ＤＩＳＳＥＲＴＡＴＩＯＮ全基因组选择在巧孔扇贝（ＣＡ／ａ巧化々ｗＷ）论文巧目：巧种中的应用ｓｅｌｅｃｔｉｏｎｉｎｂｒｉｎｏｆＡｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｏｆｅｎｏｍｅｅｅｄｇｇ：Ｚｈｌａｍｓａｒｒｅｒｉ巧文巧目ｉｋｏｎｇ＾ｃｄ＼＼〇ｖ｛Ｃｈｙｆ）作者：＿＿巧导教师：包振民学位类别：学术学位夸业名称：海洋生物学Ｉ研巧方向：海洋生物遗传学Ｉ—打ｊｆｒ

2、：３Ｉ—＊全巧ｔ７ａ／ｗｓｕｍｎ）ｌＡｊ組选巧巧巧孔扇０！〇／ｙ／巧种中的应Ｗ谨心又此文献给我敬爱的导师、亲爱的父母和支持我的爱人！张靖２０１５年５月山东青岛全基因细近巧在巧孔扇＾育种中的应用＇全基因组选择在巧孔扇贝（ＣＡ／ｏ知Ｔｒｍ）育种中的应用：学位论文答辩日期指导教师签字：答辩委员会成员签字；ｙｗ４ｐ４＞全基因巧途择在巧化扇Ｗ（ＣＷａ＞７〇ａ／ａ；ｒｇｎ）育种中的应用独创声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研巧工作

3、及取得的研究成果，除了文中特别加标注和致谢的地方外，论文中不包含其。据我所知他人己经发表或撰写过的研巧成果，也不包含未获得（注＝如没有其他需要特别声明的，本栏可空）或其他教育机构的学位或证书使用过的材料一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均己在论文中作了明。与我确的说明并表示谢意。＂＾＾＾＊＾＾＾＾＾＾学位论文作者签名：＾签字日期：＾＾年巧＾曰学位论文版权使用授权书、本学位论文作者完全了解学校有关保留使用学位论文的规定，并同意Ｗ下事项：１、学校有权保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印

4、件和磁盘，化许论文被査阅和借阅。２、学校可Ｗ将学位论文的全部或部分內容编入有关数据库进行检索，可Ｗ＂采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同时授权巧华大学中＂国学术期刊（光盘版）电子杂志社用于出版和编入ＣＮＫＩ《中国知识资源总库》，授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。（保密的学位论文在解密后适用本授权书）：学位论文作者签名：导师签字ｕ曰签字曰期；兴？月＼＾日签字曰期年ｉ：月／ｙ年ｒ！‘全基凶组选择在巧孔扇贝（ＣＷｆｌ／ｎ＞ｙ＾／７ｙｎ）育种中

5、的应用全基因组选择在巧孔扇贝（ＣＡ／ａｗｙｓ於ＡｒｅｒＯ育种中的应用箱要＇巧孔扇贝（ＣＷｆｌ／ｗｓｒｍ）是我国重要的海洋水产贝类，具有较高的营养＿ｙ＞价值和经济价值，借助二代测序平台，。本研巧构建了巧孔扇贝连续Ｈ代选择群体－ＲＡＤ技术获得了大量ＳＮＰ位点采用２ｂ，对王个世代进行了系统的群体遗传学研巧。同时采用全基因组选择和全基因组关联分析技术针对巧孔扇贝进行全基因组育种值估计．ＱＴＬ精细定位等。本研巧将为水产养殖尤其是贝类育种方面提供宝贵的经验。１巧孔扇贝连续选择群体的构建一本

6、章节着重介绍了构建巧孔扇贝Ｈ个世代连续选择群体。在个容量为２０００只扇贝的群体中采用截头法Ｗ壳髙为目的性状上选前５％进行选择，两年性一成熟后继续Ｗ壳高为候选性状采用截头法进行选择，待第Ｈ世代长成年后，測，量其体尺性状，挑取巧丝Ｌ；＾＆ＤＮＡ提取。在选择的过程中子代在２４月龄的体尺性化遗传増量不明蟲。２巧孔扇贝Ｈ个连续选择世代群体遗传学分析采用２ｂ＞ＲＡＤ技术构建了巧孔扇贝Ｈ个世代群体共计巧９个扇贝的測序文１ＮＰ标记。对Ｈ个世代进行群体遗传学库，测序数据通过分型可拿到８４５０个Ｓ－．３４％、研

7、究发现，群体巧温伯格平巧的标记比例为Ｗ，随着世代的递进离哈迪．０、０．０９２１±０．０３８８、０．０７３３±０．０３０８，１２．６４％、２３．１１％数为０．０９９９±０４０４，香农多样性指近交系数为化０２５６、化０３２３、化０４６８，通过构建分子亲缘关系矩阵发現无明显块状聚集，Ｆｓｔ检验无明显群体分化，全基因组范围内的连锁不平巧检拥发现随着＂＂世代的选择，ＬＤ出现了衰巧现象？这说明连续选择对巧孔扇贝蓬莱红品种养殖群体的群体遗传结构产生了巧巧，但是群体巧传多样性仍维持在较巧水平，可Ｗ继续进行群体选育。

8、３全基因组选择与全基因组关联分析在巧孔扇贝中的应用采用ＧＢＬＵＰ，Ｂａｙｅｓｌａｓｓｏ，ＢａｙｅｓＡ，ＢａｙｅｓＢ四种全基因组选择的方法对全基凹沮选擇巧巧孔扇巧ｔｒＷｗｗｖｓ／ａｒｒｅＷ）巧种中的应用．５３９只扇贝分别进行了个体全基因组育种值估计及各标