栉孔扇贝(chlamys+farreri)单核苷酸多态性(snp)标记开发及应用

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1、栉孑L扇贝(Chlamysfarreri)单核苷酸多态性(SNP)标记的开发及应用摘要单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolyrnorphism，SNP)是由单碱基颠换、转换引起的DNA序列变异，而其中最少一种等位基因在群体中的频率不小于1％。SNP以其位点丰富、有代表性、遗传稳定、易于实现自动化分析等诸多优点，成为继限制性片段长度多态性(RestrictionFragmentLengthPolymorphism，RFLP)和简单重复序列(SimpleSequenceRepeat，SSR)后的第三代分子标记，在遗传学分析中得到广泛应用。现有的SNP开发技术

2、有很多，本研究中主要采用高分辨率熔解曲线(H蹦)和高通量测序技术开发基因区SNP标记并且进行群体多样性和遗传连锁图谱构建研究。1．栉孔扇贝基因区SNP标记的开发以及群体遗传学研究本实验室已对栉孔扇贝(Chlamysfarreri)转录组进行454高通量测序，得到转录组数据库，生物信息学分析得到大量的候选g妲_馘，．．鼻：用高分辨率熔解曲线非标记探针技术对候选SNP位点进行检测和分型，实现栉孔扇贝SNP标记的快速开发。本研究中首先设计了150组引物，其中103组引物成功扩增。利用非标记探针结合熔解曲线，共筛选SNP位点51个，并且对荣成群体48个个体进行群体多样性的初步研究

3、；51个SNP位点中有49个呈现多态性，最小等位基因频率在0．0610-0。5000之闾，．观朔4杂合度租期望杂合度分别在0．0833．0．8889和0．0833．0．5833。除2个位点外其余都符合哈迪．温伯格平衡(P

4、个全同胞家系作为研究对象，在HRM分型的SNP信息的基础上，稠MultiSNP技术，结合SOLID测序得到大量的SNP位点分型信息，从而构建了栉孔扇贝整合遗传连锁图谱。共设计了引物1300组，将300或350组引物等量混合进行实验，经过SOLiD测序，得对S阳不同基因型。构建的栉孔扇贝整合的图谱中，362个标记共被划分为19个连锁群，每个连锁群的SNP标记数目从8．33个不等，连锁群标记数最多的是2号连锁群，共33个SNP标记，连锁群标记数目最少的是19号连锁群，共8个SNP标记数，平均每个连锁群有19个标记；图谱标记的平均间隔为5．0cM，其中10个连锁群的平均间隔小于

5、5．0cM，16号连锁群的平均间隔最小，为3．5cM；连锁群的大小范围为42．8cM．142．1cM，整合图谱长度为1825．1eM，利用第一种估算方式，整合后图谱的预期长度为2015．1cM，利用第二种估算方式，整合后图谱的预期长度为2035．7cM，两种方式的平均值为2025．4cM，图谱覆盖率为90％。在栉孔扇贝转录组454高通量测序的基础上，依据预测的SNP位点设计引物，分别利用高分辨率熔解曲线非标记探针技术和MultiSNP方法验证和分型SNP，同时构建了SNP遗传连锁图谱，为栉孔扇贝QTL定位，分子标记辅助育种奠定了基础。关键词：栉孔扇贝(Chlamysfar

6、reri)；单核苷酸多态性；高分辨率熔解曲线；遗传连锁图谱Developmentandapplicationofsinglenucleotidepolymorphism(SNP)markersinZhikongscallop(Chlamysfa珊厂力Abs仃actSingleNucleotidePolymorphism(SNP)isaDNAsequencevariationcausedbynucleotidessubstitution，deletionorinsertion，andtheminorallelefrequency(MAY)isnolessthan1％inth

7、epopulation．Becauseofhighdensitycoverage，typicalrepresentativeness，stableheredity,easydetectionandautomaticalanalysis，SNPisrecognizedasthet11irdgenerationofmolecularmakorsafterRFLPandSSRandbeenwidelyusedingeneticanalysis．Nowadays，therearemanymethodsofSNPdevelopment．