栉孔扇贝(chlamys+farreri)csnp开发及其在单倍型的构建中应用

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1、栉孑L扇(Chlamysfa脚ri)cSNP的开发及其在单倍型构建中的应用摘要1．栉孑L扇贝SNP的筛选本研究随机选取了500条栉孔扇贝454测序的cDNA序列，针对其中的候选位点设计引物和探针，共有259对引物成功扩增，引物可用率为68．5％，产物的大小在7卜900bps之间，与预期一致的有187对引物。取PCR产物大小在7卜150bps之间的引物对作为可用的引物，共187对，占引物设计总设计数目的49．5％。用6个个体对这187对引物进行探针验证，可用于分型的有101个位点，探针的可用率为54％。实验采用HRM方法分型

2、，用5个野生群体的48个个体进行筛选，共得到44个多态的SNP位点，包括34个转换和10个颠换。这44个多态位点来源的cDNA序列总长约为27646bps，占总候选位点数目的17．4％，开发位点的密度相当于约630bps／SNP。用青岛群体的48个个体对这44个位点进行遗传评价。位点的主要遗传参数显示：44个位点在这5个群体中均具有多态性，期望杂合度在0．100到0．505之间，观测杂合度在0．104到O．875之间，其中有40个位点符合哈温平衡。以上结果表明栉孑L扇贝基因组的转录区域变异度较高。2．单倍型的构建从数据库中

3、选取采用48个青岛群体分型的SNP位点，将所在序列进行聚类得N8个Block，长度在376_-2359bps之间，平均长度为972bps，每个Block包含3或4个SNP。PAGE检测显示C34869CHF、C5273CHF长度与预期大小基本一致。采用PHASE2．1程序进行单倍型的构建及单倍型频率的计算8个Block的单倍型及频率，单倍型的数量在8至U16之间，位点的平均等位形式数目为12。C16019CHF和C5471CHF分别有三种和两种主要的等位形式，其分布频率分布在0．000206--0．069202之间，单倍型

4、频率差异显著，单倍型可确定的个体数为分别为28和29。C34869CHF的16种单倍型频率差异不显著，单倍型可确定的个体数仅为1。其他5个区域的单倍型频率分布情况与C16019CHF和C5471CHF相似。两点间LD分析的结果显示，当P<0．05时，青岛群体的这8个Block不存在连锁不平衡关系。关键词：栉孔扇贝，分子标记，单核苷酸多态性，转录组，高分辨率熔解曲线，单倍型，PHASE2．1，连锁不平衡ThedevelopmentofcSNPsinZhikongscallop(Chlamysfa鹏rf)transcripto

5、meandconstructionofhaplotypeAbstract1．SNPsidentificationforZhikongseaIIopInthisresearch，fivehundredcontigsbasedon454sequencingofthetranscriptomeofZhikongscallop(ChlamysfarreriJonesetPreston)areselectedrandomly．thenprimersandprobesaredesignedforcandidatesites．Twohu

6、ndredandfifty-ninepairsofprimersaleampliedsuccessfully,whichtakeaccountfor65．8％ofallthedesigned．Thesizesofproductsbetween70bpsand900bps，andthenprimersofproductsbetween70bpsand150bpsarepicked．Sixindividualsaleusedfortestingvalidationofprobes，getting101sitesforgenot

7、ypinglater．Consequently,44cSNPs(excludeindel)areidentifiedfollowinghighresolutionmelting(HRM)bytaking48representativeunrelatedindividuals，whichorignatefrom5populations．Forty-eightindividualsfromQingdaopopulationaleutilizedforcharactering．Overall,Herangefrom0．100to

8、0．505局distributefromO．1042toO．875．Fourofanalysesexhibitednon—MendeliansegregationratiosbeforeBonferronicorrection，with0．8％significantaftercorrection．dem