东北肉羊lpl基因多态性与肉质性状的关联分析

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1、分类号UDC密级编号专业硕士学位论文东北肉羊LPL基因多态性与肉质性状的关联分析AssociationAnalysisofLPLGenePolymorphismandMeatQualityTraitsofNortheastMuttonSheep学位申请人：申正指导教师：赵淑娟教授合作教师：金海国研究员专业领域：养殖学位类别：农业推广硕士2015年06月独创性声明本人声明，所呈交的论文是我个人在导师指导下完成的研究工作及取得的研究成果。据我所知，文中除了特别加以标注和致谢的地方外，不包含其他人已经发表或撰写过的研究成

2、果，也不包含为获得河南科技大学或其它教育机构的其他学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：日期：摘要摘要本试验以脂蛋白脂肪酶(LipoproteinLipase,LPL)作为东北肉羊肉质性状的候选基因，研究其外显子上的单核甘酸多态性(singlenucleotidepolymorphisms,SNPs)位点及其与肉质性状的关联，为改善肉羊肉质及其遗传育种提供分子生物学基础。本试验以48头成年健康的东北肉羊肌肉组织样本为材料，提取总RNA与

3、基因组DNA，采用RT-PCR和TA克隆方法成功克隆了东北肉羊的LPL基因cDNA序列并对其进行生物信息学分析；将LPL基因作为肉质性状的候选基因，应用直接测序和PCR-RFLP相结合的方法对LPL基因部分外显子进行SNPs筛选，并通过一般线性模型分析研究了LPL基因多态性与肉质性状的关联。主要试验结果如下：1.提取了总RNA，通过RT-PCR的方法，克隆了东北肉羊LPL基因的完整编码序列，并对其进行了序列测定。对东北肉羊LPL基因完整编码序列进行生物信息学分析，结果表明，东北肉羊LPL基因ORF（开放阅读框）长1

4、437bp，共编码了478个氨基酸。2.通过直接测序及PCR-RFLP技术，对东北肉羊LPL基因第3、4、5和6外显子进行序列测定与多态性分析，发现LPL基因第3和4外显子上存在SNPs位点，而第5和6外显子则未发现SNPs位点。这些SNPs位点分别是：第3外显子46bp处T/C(T304C)，第3外显子126bp处A/T(A384T)，第4外显子24bp处T/C(T462C)。这3个SNP位点都没有引起氨基酸变异，属于同义突变。3.对东北肉羊第3外显子A384T突变位点进行酶切与基因分型，并统计基因频率、基因型频

5、率、χ2-Hardy-Weinberg平衡状态、基因纯合度(Ho)、基因杂合度(He)、有效等位基因数(Ne)、多态信息含量(PIC)等数据。结果表明，东北肉羊群体在该位点的遗传变异为低度多态(PIC＜0.25)，并处于Hardy-Weinberg平衡状态(P＞0.05)。4.对第3外显子A384T突变位点各基因型与肉质性状进行关联性分析，结果表明该位点TT型滴水损失极显著高于TA型和AA型(P＜0.01)；TT型pH1值显著高于TA型(P＜0.05)，与AA型则差异不显著(P＞0.05)；压榨损失、熟肉率和剪切力

6、性状在各基因型间差异不显著(P＞0.05)。TT型肉豆蔻酸含量显著低于TA型和AA型(P＜0.05)；TT型棕榈酸含量显著低于TA型(P＜0.05)，与AA型则差异不显著(P＞0.05)；其余脂肪酸含量在各基因型间差异不显著(P＞0.05)。TT型甘氨酸含量显著高于TA型(P＜0.05)，与AA型差异不显著(P＞I摘要0.05)；TT型精氨酸含量显著高于TA型和AA型(P＜0.05)；其余氨基酸含量在各基因型间差异不显著(P＞0.05)。关键词：肉羊；脂蛋白脂酶基因；序列分析；SNPs；肉质性状论文类型：研究类选题

7、来源：国家肉羊产业技术体系(CARS-39)IIABSTRACTABSTRACTIntheexperiment,LPLgeneisconsideredtobecandidategeneaffectingmeatqualitytraitsofnortheastmuttonsheep.MainlystudytheSNPsofexonandtheassociationbetweenSNPsandmeatqualitytraits.Theexperimentresultswouldprovidethemolecularbi

8、ologicalbasistomeatimprovementandgeneticbreedingofmuttonsheep.Muscletissuesfrom48healthyoldernortheastmuttonsheepwerecollectedtoextracttotalRNAandgenomicDNA.ThesequenceofLPLgenecDN