马铃薯s病毒内蒙古分离株全基因组克隆及序列分析

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1、万方数据GenomecloneandnucleotidesequenceanalysisofPotatovirus-InnerMongolia，¨‘●o1hesissubmittcdtodaoAgriculturalUniversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeof—MasterofAgronomy1一一Author：CongcongWang(CollegeofAgronomyandPlantProtection)Supervisor：Prof．JianfengZh

2、angQingdao．ChmaJune，2013万方数据独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得青岛农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：加侈年6月[舶关于论文使用授权的说明本人完全了解青岛农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件和磁盘，

3、允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意青岛农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。侑}：密的学位论文在解密后应遵守此协议)研究生签名：时间：泐年易月厂路铷娩柏I、啤帆∑侈砒儡万方数据马铃薯S病毒内蒙古分离株全基因组克隆及序列分析摘要马铃薯S病毒(Potatovirus&PVS)是马铃薯上的重要病害之一，也是马铃薯脱毒较困难的病毒，是马铃薯脱毒种薯必检植物病毒。PVS属香石竹潜隐病毒属，大多时候在植物上的症状不明显，属于隐症状态，但其易与其他马铃薯病毒

4、如PVX、PVY、PVM等协生，对马铃薯的产量和品质都会产量很大的影响。该病毒相关报道比较少，国外只有美国、德国、捷克斯洛伐克等少数国家有全序列的报道，在我国，仅有少数关于CP蛋白的研究，局限在PVS的PVSo和PVSA两个株系的初步鉴别和区分，而没有复制酶、TGB基因以及全基因组序列的相关报道。本研究以PVS内蒙分离株(PotatovirusS．InnerMongolia，PVS．IM)为材料，克隆了其全基因组序列，并对其进行了序列分析，主要结果如下：1．完成了PVS．IM全基因组的克隆，依次克隆得到了5’UTR(62

5、bp)、3’UTR(121bp，其中PloyA为19bp)的末端序列，以及6个开放阅读框，分别为编码复制酶蛋白，存在IHRp活性位点、解旋酶活性位点以及多个保守氨基酸残基等特定保守序列ORFl(5928bp)；三个基因共同编码TGB运动蛋白ORF2(732bp)；ORF3(327bp)；ORF4(201bp)；ORF5(885bp)编码CP蛋白；ORF6(258bp)，最终获得PVS—IM全长序列共8485bp的完整序列。2．验证了PVS．IM5’UTR最末端为一个G，符合帽子结构的特点。3．改良了5’RACETDT反应

6、体系，并采用简化的PCR步骤代替传统巢式PCR，快速高效的获得5’末端序列，替代了试剂盒的使用，大大节省了实验成本。4．通过全基因组的序列分析，确定了PVS—IM属于PVSo株系。因此推断该分离株不能通过蚜虫传播。发现通过比对37端核酸和氨基酸序列，以及外壳蛋白N端氨基酸区域都能来区别两个株系，进一步证明，亚基因组增强子区域也可以作为区分两株系的依据。本文首次在我国报道了PVS．IM全基因组序列并进行相关结构分析，为该病毒下一步基因组功能的研究及其与寄主马铃薯和其他马铃薯病毒的互作研究奠定了基础，也为该病毒的防治提供了依

7、据，对马铃薯种薯生产具有重要的指导意义。II万方数据关键词：马铃薯S病毒；RdRp；TGB；非编码区；衣壳蛋白III万方数据GenomecloneandnucleotidesequenceanalysisofPotatovirusS·-InnerMongoliaAbstractPotatovwusS(PVS)isoneoftheimportantdiseasesofPotato．ItisalsooneofthemostdifficultviruseswhichcallbedetoxifiedfromPotatos．Itm

8、ustbecheckedbeforeweputthepotatoseedsonproduction。PVS，whichcouldnotmakeobvioussymptomatflfst,belongstoCarlavirus，itiseasytoinfectplantswithotherpotatoviruses，s