基于系统发育重建和时空动态的hiv-1 crf01_ae毒株的分子流行病学研究

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1、万方数据塞里查堂堕圭堂垡笙文基于系统发育重建和时空动态的HIV一1CRF01_AE毒株的分子流行病学研究後旦大学博士研究生学位论文MolecularEpidemiologyofHIV·1CRF01一AE：PhylogeneficReconstructionandSpatiotemporalDynamics基于系统发育重建和时空动态的HIV．1CRF01AE毒株的分子流行病学研究博士研究生：指导小组成员：YassirFadlAbubakarHassan徐建青研究员张晓燕研究员孟哲蜂助理研究员二零一三年

2、十月复旦大学公共卫生临床中心2万方数据复旦大学博士学位论文基于系统发育重建和时空动态的HIV-ICI盯OI_AE毒株的分子流行病学研究CONTENTS：ACRONVMSANDABBREVIATl0NS：⋯⋯⋯⋯⋯．ABSTRACT⋯⋯。⋯⋯⋯⋯⋯⋯。⋯⋯。摘要⋯●⋯●●⋯●●●⋯●■■●⋯CHAPTERoNE．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．。。⋯⋯⋯．。．．．⋯⋯⋯⋯⋯．!；⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯●⋯⋯⋯⋯⋯●●●⋯⋯⋯⋯⋯-⋯●●⋯●⋯⋯I⋯⋯⋯●●●24⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．6PHYLoGENETICRECoNST

3、RUCTloN⋯⋯⋯⋯⋯⋯一⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯⋯⋯⋯．61．1THECONCEPTOFPHYLOGENETICRECONSTRUCTION：⋯⋯。⋯⋯．．．．．．．．。．．．。．⋯⋯⋯⋯～．⋯。．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．61．2METHODSOFn{YI．OGENETICANALYSIS：⋯⋯⋯⋯．．．⋯⋯⋯⋯⋯。⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。⋯⋯⋯。61．31．4THECONCEl叮OFEVOLUnONARYTREES：．．⋯．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯

4、⋯⋯⋯⋯⋯～⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．7PHYLoGElqETlCRECONSlRUCTl0NUSINGMARKOVCHAINMONTECARLOMETHOD：⋯⋯⋯⋯⋯⋯。81．5THEAPPLICATIONOFEVOLUTIONARYMETHODSTOSTUDYHIV：⋯⋯～⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯81．5．1BenefitsoftheapplicationofphylogeneticsinHIVresearch：⋯。⋯⋯．⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯⋯⋯⋯⋯．．．。91．5．2Phylogeog

5、raphyAnalysis：．．．．．．．．．。．．．．。．。。．。．．。⋯⋯⋯⋯⋯．。．．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯．。⋯⋯⋯⋯．．．．．。．．。．．⋯⋯⋯．。。．．。．⋯⋯．．101．5．3TimescaleInference：⋯⋯⋯～⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。。⋯⋯⋯⋯⋯。。⋯⋯，。⋯⋯⋯。。⋯⋯⋯。⋯⋯。⋯⋯⋯⋯。⋯。⋯⋯⋯⋯⋯。。111．5．4DemographicDynamics：⋯⋯⋯。．．．．．．．．．．．．．。．．．．。．。．．．．⋯⋯⋯⋯．．⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．⋯．⋯．。．。．．．．．．．

6、。⋯⋯⋯．．．．12CHAPTERTWO⋯⋯⋯⋯⋯2MoLECULAREPIDEMIoLoGYoFHⅣ：⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯2．1ORIoiNOFHIV：2．2J：IIVCLASSIFICATION：⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯。⋯⋯⋯．2．3THEEVOLUTIONTIMELINEOFHⅣSUBTYPES：⋯⋯⋯⋯。2．4MOLECULAREPIDEMIOLOGYOFHIV．1：⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯2．4．1HⅣ．1Genome：⋯⋯⋯⋯。2．4．22．4．3HⅣ-ltransmissi

7、oninAsia：⋯⋯⋯⋯⋯⋯HⅣ．1transmissioninChina：⋯⋯⋯⋯⋯．2．5HIV-1CKF01_AE2．5．1HIV-1CRF01_AEGenome：2．5．2MolecularEpidemiologyofCRF01』E：13⋯⋯。．13⋯14⋯15⋯1921⋯．22⋯。23⋯。242．5．3MolecularepidemiologyofCRFOIAEinChina：⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯．．2．5．42．5．5CirculatingV撕antSofCRFOI—AEinChin

8、aHⅣ·ICRF01AERecombinants：．．．⋯⋯⋯。CHAPTERTHREE。。⋯。⋯3RATIoNALEFoRTHESTUDY：⋯⋯CHAPTERFoUR4OBJECTIVES：-⋯⋯⋯Ion⋯¨⋯⋯i⋯⋯-i-⋯iii⋯-●⋯¨●●⋯⋯⋯⋯i-i●●●●●●⋯-●4．1GENERALOBJECTIVE：⋯⋯．4．2SPECIFIC0BJECTIVES：⋯⋯．．．．．．．⋯⋯⋯．⋯．．⋯．．．⋯．．．CHAPTERFIVE⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯25⋯⋯⋯。26