镇江地区博卡病毒分子流行病学及代表毒株比较基因组学研究

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1、分类号———卫丑王—一UDC———互Z曼．—一密级垒五编号—』壁坦乳皿盟幽——一@江．藩大擎硕士学位论文镇江地区博卡病毒分子流行病学及代表毒株比较基因组学研究指导教师邵世独作者姓名殛溢墨申请学位级别亟±学科(专业)痘愿生物主论文提交日期论文答辩日期2Q13生§且§目学位授予单位和日期江苤太堂二。一三年四月评阅人独创性声明本人郑重声明：所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已注明引用的内容以外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品成果，也不包含为获得江苏大学或其他教育机构的学位或证书而

2、使用过的材料。对本文的研究做出重要贡献的个人和集体，均己在文中以明确方式标明。本人完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：科￡满书．》侈年‘月f‘日＼一学位论文版权使用授权书江苏大学、中国科学技术信息研究所、国家图书馆、中国学术期刊(光盘版)电子杂志社有权保留本人所送交学位论文的复印件和电子文档，可以采用影印、缩印或其他复制手段保存论文。本人电子文档的内容和纸质论文的内容相一致，允许论文被查阅和借阅，同时授权中国科学技术信息研究所将本论文编入《中国学位论文全文数据库》并向社会提供查询，授权中国学术期刊(光盘版)电子杂志社

3、将本论文编入《中国优秀博硕士学位论文全文数据库》并向社会提供查询。论文的公布(包括刊登)授权江苏大学研究生处办理。本学位论文属于不保密西。学位论文作者签名：张诮惘≯B年6月f占日指导教师签名：孺御年’月日江苏大学硕士学位论文摘要目的：儿童下呼吸道感染现在已成为儿科发病率最高的一种疾病，而90％以上的感染是由病毒引起。呼吸道病毒涉及7个病毒科的10多类共239个类别的病毒。2005年9月瑞典科学家A1lander等，在呼吸道感染患儿鼻咽分泌物中发现的一种新的细小病毒一人博卡病毒(HumanBocavirus，HBoV)。此后，世界各地的研

4、究证明博卡病毒不仅会引起小儿呼吸道感染，还会引发包括成人的病毒性肠胃炎疾病。目前世界各国对HBoV的研究主要集中于检测方法的建立和HBoV感染的流行病学调查。迄今为止，江苏地区尚未有博卡病毒感染及流行相关报导。本研究通过PCR检测镇江及周边地区呼吸道和胃肠道疾病患儿博卡病毒感染情况，并对获得的HBoV基因序列进行生物信息学分析，以对该地区HBoV分子流行病学做初步研究：在此基础上，本研究选择3株镇江地区HBoV代表毒株，对代表毒株的全基因组序列进行克隆测序，以此研究镇江地区HBoV毒株遗传特征，为该地区临床HBoV感染的诊断和治疗提供理

5、论基础。方法：1．2010年1月至2011年12月，从镇江市第四人民医院检验科采集156份呼吸道疾病患儿鼻咽分泌液样品和310份急性胃肠炎患儿粪便样品，同时收集100份体检健康儿童粪便样品。提取病毒核酸，通过PCR方法检测样品中HBoV基因，对PCR扩增的590bp的阳性特异性条带进行T—A克隆后送上海生工生物公司进行基因测序获得HBoV基因序列片段。检索GenBank中相关HBoV基因序列，与本研究中获得的HBoV基因序列共同构建HBoV基因序列数据集以FASTA格式保存，通过CLUSTALW软件进行序列数据集进行多重序列联配，对生成

6、的生成的木．ALN文件进一步用MEGA4．0软件进行序列同源性及系统发育分析。2．在以上镇江地区HBoV分子流行病学研究基础上，选择该地区3株HBoV代表毒株并提取病毒核酸，GenBank中提交的HboV全基因组序列设计7对引物，对3株代表毒株进行全基因组PCR扩增、克隆测序及全基因组序列拼接，获得镇江地区HBoV代表毒株株全基因组序列；同时检索GenBank中所有具有全基因组序列的HBoV毒株，与本研究中获得的HBoV全基因组序列共同构建HBoV基因序列数据集以FASTA格式保存，通过CLUSTALW软件进行序列数据集进行多重序列镇江

7、地区博卡病毒流行病学及代表毒株全基因组分析联配，对生成的生成的术．ALN文件进一步用MEGA4．0软件进行序列同源性及系统发育分析；用Simplot2．0及RDP3．0等软件进行病毒基因重组可能性进行预测和分析。结果：1．PCR法检测结果表明156份鼻咽分泌物样品中有4份PCR扩增阳性，阳性率为2．56％：310份粪便样品有11份PCR扩增阳性，阳性率为3．55％；粪便样品阳性率大于鼻咽分泌物样品。100份体检健康儿童粪便样品有1份PCR扩增阳性，阳性率为1．0％。测序结果分析表明16个DNA序列均为HBoV基因序列，且均与GenBan

8、k中提交的HBoV-I基因型毒株高度同源，提示镇江地区流行的HBoV均为HBoV一1基因型。系统进化分析结果进一步证实16株毒株均属于HBoV-1，并聚类在3个主要类群中，提示镇江地区有三种不同的HBoV—