基于形态、线粒体及核基因对东海28种虾虎鱼类的系统进化分析

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1、学校代码：10264研究生学号：M150107144上海海洋大学硕士学位论文题目：基于形态、线粒体及核基因对东海28种虾虎鱼类的系统进化分析英文题目：Phylogeneticanalysisof28speciesofgobiesintheEastChinaSeabasedonmorphology,barcodeandnucleargenes.专业：动物遗传育种与繁殖研究方向：系统进化姓名：曲丽艳指导教师：马春艳副研究员二O一八年五月十九日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论

2、文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印

3、或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月日上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注赵金良上海海洋大学教授主席马凌波水科院东海所研究员委员蒋科技水科院东海所副研究员委员赵明水科院东海所秘书水科院东海所6号楼三楼会答辩答辩地点2018.5.19议室日期上海海洋大学硕士学位论文基于形态、线粒体及核基因对东海28种虾虎鱼类的系统进化分析摘要虾虎鱼亚目是鲈形目中种类最多的类群，其中所有鱼类都称为虾虎鱼类，广泛

4、分布于热带亚热带及温带地形复杂的浅海区域中。本文利用虾虎鱼的形态特征，线粒体COI基因以及核基因Ptr和plagl2对采自东海的28种虾虎鱼类的系统进化进行研究，并从NCBI下载5亚科45属75种虾虎鱼条形码序列，几乎涵盖了中国所有的虾虎鱼科中属的种类，进行COI条形码对中国虾虎鱼科鱼类的适用性研究，以期为虾虎鱼的分类研究及物种鉴定工作提供理论依据。1.28种虾虎鱼类形态特征及分析测量虾虎鱼28个物种的长度、鳞片、鳍条等数量特征以及对虾虎鱼的形态进行简单描述，从中找出26个主要的分级特征，特征的有无用1和0来表示，形成形态矩

5、阵，运用贝叶斯的方法构建形态系统发育树。近盲虾虎鱼亚科除孔虾虎鱼和小头栉孔虾虎鱼以外的三种鱼亲缘关系比较近，因为这三种虾虎鱼均为全身裸露。纹缟和双带缟虾虎鱼形态十分相似，但是此两种鱼跟髭缟虾虎鱼在形态上差异较明显，最主要的差异为髭缟虾虎鱼下颌及吻边都有小须，在之前鱼类志中，髭缟虾虎鱼被分在髭缟虾虎鱼属（Triaenopogon）中，但是形态聚类分I上海海洋大学硕士学位论文析中三种虾虎鱼为平行关系，本结果较倾向于支持将三种虾虎鱼归并在同一属中的分类结果。矛尾虾虎鱼以及六丝钝尾虾虎鱼聚为一支，之前的分类学中这两种鱼都归并在矛尾虾

6、虎鱼属中，通过形态及形态树来推测，这两种鱼的亲缘关系比较近。缰虾虎鱼属的三种虾虎鱼跟细棘虾虎鱼属的青斑细棘虾虎形态上相似，曾被归并为一个属，但是根据本研究形态树，二者并未聚到一支，因此二者可能只是形态相似，并不足以归为一属。本研究中的其他小虾虎鱼亚科鱼类背鳍鳍棘均为VI，鳍条都在10左右，但是睛尾蝌蚪虾虎鱼背鳍鳍棘数目却为VII，鳍条16~18，远大于10，并且臀鳍鳍条也远大于其他几种小虾虎鱼亚科鱼类，推测其可能不属于小虾虎鱼亚科。爪哇拟虾虎鱼和子陵吻虾虎鱼本应归类在虾虎鱼亚科种，但是其臀鳍背鳍的鳍条却少于其他的本亚科鱼类，

7、且其横纵列鳞及背鳍前鳞都明显偏少，尤其是爪哇拟虾虎鱼，跟小虾虎鱼亚科比较接近。由以上可知，形态研究的小虾虎鱼亚科跟虾虎鱼亚科的分界并不是很明显，可能需要更多的形态特征来做更深入的研究。2.虾虎鱼COI条形码及其在中国虾虎鱼系统发育的适用性研究通过PCR扩增了28种虾虎鱼类的COI基因部分序列，并网站中下载5亚科45属75种虾虎鱼科鱼类COI基因序列，与本研究4亚科20属28种54个个体的序列一起分析。结果显示，所有194个个体的COI序列有效长度为540bp，平均碱基含量A+T（51.4%）明显高于G+C(48.6%)，第2

8、个密码子位点的G+C含量（56%）明显高于第1和第3密码子位点（40.2%II上海海洋大学硕士学位论文和42.3%），密码子碱基变异中第3密码子位点变异位点最多（168个）。103种虾虎鱼科鱼类种内遗传距离平均值为0.0059，种间遗传距离平均值为0.1828，种间遗传距离是种内的30.9