基于线粒体基因组全序列的鱚属鱼类系统发育研究

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1、＂义？ｆｗ料雜ｏｃｅａｎｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙｏｆｃｈｉｎａ硕±学位论文ＩＭＡＳＴＥＲＤＳＥＲＴＡＴＩＯＮ巧基于线粒体基因组全序列的链属鱼类系统论文涵目：发育研究ＴｈｅＣｏｍｌｅｔｅＭｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａｌＧｅｎｏｍｅｓａｎｄｐｓｌｉｌｓｉｓｏｆ义／／幻ｏＳｅｃｉｅ英文趣目！ＰｈｙｏｇｅｎｅｔｃＡｎａｙｇｐ作者：肖家光指导教师：巧天翔教授学位类别：全曰制学术学位专业名称：渔业资源

2、研究方向：渔业生物学扔＊互三２０１５６＾１ａ谨レ乂此论文献给我的导师、家人和我的朋友们！肖家光基于线粒体基因组全序列的嬉属鱼类系统发育研究？如皮－Ｉ学位论义答辩口期：ｆ指穿教师签字：答辩委Ｗ会成员签字；义考麥户。和叫則独创声明本人声明所呈交的学位论文是本人在导师指导下进行的研巧工作及取得的研巧成果。据我所知，除了文中特别加Ｗ标注和致谢的地方外，论文中不包含其（：他人已经发表或撰写过的研巧成果，也不包含未获得

3、注如没有其他需要特别声明的，本栏可空）或其他教育机构的学位或证书使用过的一材料。与我同工作的同志对本研巧所做的任何贡献均己在论文中作了明确的说明并表示谢意。：学位论文作者签名：餐化签字曰期年占月ｆ曰自学位论文版奴使用授权书、本学位论文作者完全了解学校有关保留使用学位论文的规定，并同意Ｗ下事项：１、学校有权保留并向国家有关部口或机构送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅。２、学校可Ｗ将学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可＂采用影印、缩印或扫描等

4、复制手段保存、汇编学位论文。同时授权淸华大学中＂用于出版和编入国学术期刊（光盘版）电子杂志社ＣＮＫＩ《中国知识资源总库》，授权中国科学技术信息研究所将本学位论文收录到《中国学位论文全文数据库》。（保密的学位论文在解密后适用本授权书）学位论文作者签名：导师签字；签字曰期：年曰签字曰期年曰Ｗ＾月午＾月争基于线粒体基因组全序列的毎属鱼类系统发育研究巧要７／〇＞）ｅｒｃｆｏｒｍｅｓ）轄属鱼类（＆隶属于妒形目（Ｐ、ｅｏ）护ｉ护亚目（Ｐｒｃｉｄｅｉ、轄ｉａａｅ，科（Ｓｌｌｇｉｎ

5、Ｗ）广泛分布于红海、印度洋和西太平洋沿岸，中国近海均有分一布。轄属鱼类形态和体色上非常相近，使得该属鱼类的分类直存在诸多问题，近年来随着分子方法的成熟，越来越多的館属新种及隐存种被发掘。本研究Ｗ館’亚洲饋属鱼类中６种常见鱼种斑館（况仏巧０ａｅｏ／ｗ）、（筑化巧〇ｏｓｆａ化〇）、中国鶴（ＳｉＵａｏｓｉｎｉｃｏ）、少錢鶴（Ｓａｏｎｉｃａ）、多驗館（ＳＷａｏｓｉｈａｍａ）ｇｉＶａｇｏｊｐｇ巧巧度館（＆仏巧ｏ加成ＣＯ）为研究对象，在线粒体全基因组水平上拴释了６种饒属鱼类间的遗

6、传差异－并对其种间遗传分化程度进行了深入探讨，进而揭示６种館属鱼类么间的系统发育关系，为館属鱼类的分类及进化提供分子水平的证据。主要结果如下：１．六种館属鱼类线巧体基因组特征分析￣本研巧扩增得６种僖属鱼类线粒体基因组全长介于］６４９３ｂｙ】７Ｕ９ｂ之间。ｆｐ＾＾ＷＵ＂少巧摇线粒体基因组长度最长，其ｔＲＮＡ与ＮＤ１基因间、ｔＲＮＡ与ＭｄｔＲＮＡ基因间分别包含有ｌ〇３ｂｐ和２３５ｂｐ的非编码区；亚洲館线粒体基因组长一度最短。除少巧摇之外，其他５种館鱼蛋白质编码基因的长度均致，少錢

7、健线粒体基因组ＮＤ２基因长９ｂｐ，ＡＴＰ６基因长６ｂｐ。６种館属鱼类控制区长度变异，ｂ，较大，中国館线粒体控制区长度最短为８２６ｐ；多巧緒线粒体控制区长度最长为１２７４ｂｐ，其线粒体控制区内存在串联重复序列。本实验测定的多麟傍控制区重复单元为％ｂ，共重复８次。六者线粒体基因组均包含１３个蛋白质编码基因ｐ、２个ｒＲＮＡ基因、２２个ｔＲＮＡ基因和２个主要的非编码区（控制区和〇１＿），除中一国健外，其他５种德鱼的线粒体基因狙排列顺序与大多数脊椎动物致。中国館Ａｉａ＾＂ｔＡ，ＲＮＡ，

8、线粒体基因组存在着基因重排现象，其中与ｔＲＮ发生滑移由正ＡｉａＡｓｎＣｓＴ邮ｙ＾－－－ＮＡｔｔ－ｔＷＮＡＣＹ常的ＷＡＮＣＹ基因簇（ＲＮＡＲＮＡＲＮＡｔＲＮＡ）变ｔＲ为基因簇，所测得６种館属鱼类线粒体基因组的Ｃ的含量均最高，。在碱基组成上Ｇ的含量最低：从碱基偏倚性上，６种健属鱼类线粒体基因组ＧＣ含量在两条链间具明显的偏向性，Ｗ，且不同片段中这种偏向性的程度不同蛋白质编码基因密，而ＡＴ含量在两条链中无偏向性，１２码子第