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1、924第19卷第9期2009年9月基于线粒体Cytb基因的黄海、东海小黄鱼＊(Larimichthyspolyactis)群体遗传结构1,211＊＊121吴仁协柳淑芳庄志猛金显仕苏永全唐启升1.中国水产科学研究院黄海水产研究所,山东省渔业资源与生态环境重点实验室,青岛266071;2.厦门大学海洋系,厦门361005摘要采用线粒体DNA细胞色素b基因全序列分析技术研究了黄海、东海小黄鱼(Larimich-thyspolyactis)的群体遗传结构.在所分析的9个取样点177个个体中,共检测到13
2、7个单倍型.9个群体呈现出高的单倍型多样性(h=0.956-1.00)和低的核苷酸多样性(π=0.0037-0.0058).单倍型邻接关系树的拓扑结构比较简单,没有明显的地理谱系结构.分子方差分析和FST显示小黄鱼的遗传变异均来自群体内个体间,而群体间无显著遗传分化.Exact检验表明单倍型在两两群体间分布频率的差异是不显著的.中性检验和核苷酸不配对分析均表明黄海、东海的小黄鱼经历了群体扩张,扩张时间约为78—138ka前.研究结果表明,黄海、东海小黄鱼群体间具有高度的基因交流,是一个随机交配的
3、群体.较强的扩散能力,黄海、东海的海洋环流以及近期的群体扩张可能是造成黄海、东海小黄鱼群体间遗传同质性较高的原因.关键词小黄鱼细胞色素b基因群体遗传结构小黄鱼(Larimichthyspolyactis)属石首鱼科(Sci-供遗传学信息,同时也可以探讨产生和维持这些多[7]aenide)、黄鱼属(Larimichthys),为暖温性底层鱼类,态的机制.随着溯祖理论的发展和统计方法的改广泛分布于渤海、黄海和东海,是我国最重要的海洋进,基于DNA序列的群体遗传结构分析可阐明种[1]渔业经济种类之一.
4、由于过度捕捞,小黄鱼资源曾群的系统地理谱系结构和解释与种群历史相关的地[8,9]严重枯竭,近年来虽有所恢复,但种群结构仍较为脆理进化过程.线粒体DNA(mtDNA)因其结构弱[2].有关小黄鱼的研究大多集中在渔业生物学和渔简单、母系遗传、不重组、进化速率快等特点,已业生态学方面[2,3];在群体遗传学方面,蒙子宁等[4]和成为分析群体遗传结构、系统地理格局和推测群体[8][5]历史动态等方面的有力工具.本项研究采用mtD-许广平等分别采用RAPD和ISSR技术研究了黄海、NA细胞色素b(Cytb
5、)基因全序列分析技术,分析黄东海小黄鱼的遗传多样性.迄今,鲜见涉及小黄鱼的海、东海小黄鱼群体遗传结构并探讨其群体历史动分子系统地理学及其种群历史动态分析方面的报道.态,以期为小黄鱼的资源管理和保护提供参考.物种的分布格局受环境因素的时空作用,历史上的气候波动、地貌变迁等古气候和古地质事件对1材料与方法物种的分布扩散和系统进化都会产生深刻影响,这[6]些影响往往体现在动物的遗传变异中.DNA序1.1实验材料列中多态的数量和分布模式可以为推测群体历史提小黄鱼样品为2006—2008年黄海水产研究所2
6、009-02-19收稿,2009-05-25收修改稿＊国家自然科学基金(批准号:40776097)、国家高技术研究发展计划(批准号:2009AA09Z401)青岛市科技计划(批准号:08-1-3-25-jch)和中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(批准号:2007-gy-06)资助项目＊＊通信作者,E-mail:zhuangzm@ysfri.ac.cn第19卷第9期2009年9月925“北斗”号调查船在执行黄海、东海渔业资源调查GAAAAACCACCGTTG-3′)和H15915(5′-CT
7、C-[11]时采集于9个采样地点共177个个体(表1,图1).CGATCTCCGGATTACAAGAC-3′)扩增小黄鱼采集后取小黄鱼肌肉组织于95%乙醇中保存备用.mtDNACytb基因全序列,引物分别位于tRNA-Glu和tRNA-Thr上.PCR反应的总体积为50μL,表1小黄鱼的取样信息和群体遗传多样指数包括1.25U的TaqDNA聚合酶(TaKaRa),样品样品单倍型采样时间单倍型多样性核苷酸多样性名称数量数目200nmol/L的正反向引物,200μmol/L的每种A192007-09
8、-03180.994±0.0190.0047±0.0027dNTP,10mmol/LTrispH8.3,50mmol/LKCl和B182007-03-22160.987±0.0230.0046±0.00261.5mmol/LMgCl2,基因组DNA约为50ng.每组C102007-04-07101.000±0.0450.0050±0.0030PCR均设阴性对照用来检测是否存在污染.PCR扩D242007-08-29220.993±0.0140.0053±0.0029增在Veriti96Well热
