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时间:2019-03-06
《外显子拼接法克隆紫杉烷2_羟基化酶基因与生物信息学分析》由会员上传分享,免费在线阅读,更多相关内容在教育资源-天天文库。
1、生物技术通报·研究报告·BIOTECHNOLOGYBULLETIN2011年第4期外显子拼接法克隆紫杉烷2α-羟基化酶基因与生物信息学分析1,2121,21,21,2黄仕杰陈平陈晓阳辛燕花郭丽琼林俊芳12(华南农业大学食品学院,广州510640;华南农业大学生物质能研究所,广州510640)摘要:紫杉烷2α-羟基化酶是形成紫杉醇核心骨架的羟基化反应关键酶之一,以taxusin作为底物进行氧化生成2α,7β-dihydroxytaxusin。利用蔓地亚红豆杉的总DNA为模板,采用PCR技术克隆出紫杉烷2α-羟基化
2、酶的DNA序列,利用在线比对和生物学软件分析其内含子,采用外显子拼接法克隆出紫杉烷2α-羟基化酶基因的cDNA序列。测序结果表明该基因含有1个1488bp的开放阅读框,编码495个氨基酸的多肽;同源性比较分析结果表明,其碱基序列及氨基酸序列与已经报道的加拿大红豆杉的紫杉烷2α-羟基化酶基因的一致性为分别为98%和89%。利用SWISS-PROT、DNAMAN等生物信息学工具对其列进行了序列分析,为利用代谢工程的方法生产紫杉醇或其前体物质提供了分子基础。关键词:蔓地亚红豆杉紫杉醇紫杉烷2α-羟基化酶基因克隆生物信
3、息学MolecularCloningofTaxoid2-alpha-hydroxylaseGenefromTaxusxmediabyExonSpicingandSequenceAnalysis1,21,221,21,21,2HuangShijieChenPingChenXiaoyangXinYanhuaGuoLiqiongLinJunfang1(CollegeofFoodScience,SouthChinaAgricultureUniversity,Guangzhoug510640;2InstituteofBi
4、omassEnergy,SouthChinaAgricultureUniversity,Guangzhou510640)Abstract:Taxoid2-alpha-hydroxylaseisoneofthekeyenzymesthatcatalyzesthehydroxylationreactionofcoreskeletonoftaxol;itcanuse(taxusin)asasubstrateandcatalyzethe7β-hydrotaxusintoform2α,7β-dihydroxytaxusi
5、n.Inthisstudy,thegenomicDNAoftaxoid2-alpha-hydroxylasefromTaxusxmediawasisolatedbyPCR.TheDNAsequencewasanalyzedbysoftwaretofigureoutthein-tronsandexons.Basedonthisanalysisresult,specificprimersweredesignedtoamplifytheexonsequenceswhichwerethensplicedbyPCRrea
6、ction.TheresultofsequencingshowedthatthelengthoftheDNAsequenceandcDNAsequenceis1659bpand1488bp,re-spectively.Thegenecontainedanopeningreadingframeof1488bp,whichcodedfor495aminoacidresidues.TheresultofalignmentshowedthatitscDNAsequencehas97%similaritytothetax
7、oid2-alpha-hydroxylasegeneofTaxuswallichianavar.chinensiswhichhasbeenreportedinNCBI,anditsproteinsequencehas95%similaritytotaxoid2-alpha-hydroxylaseofTaxuswallichianavar.chinensis.Bioinformaticssoftwareswereusedtoanalysistheproteinsequence.Thisresearchcouldp
8、rovidethemolecularbaseforproducingTaxolanditsprematurematerialsbymetabolicengineering.Keywords:TaxusxmediaTaxolTaxoid2-alpha-hydroxylaseGenecloneBioinformatics紫杉醇(Taxol)是20世纪70年代发现的一种紫杉醇(C47H51N
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