泥蚶微卫星分子标记的开发与应用及生长相关基因hdac1的克隆

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1、学校代码：10264研究生学号：M100101011上海海洋大学硕士学位论文泥蚶微卫星分子标记的开发与应用及生题目：长相关基因HDAC1的克隆DevelopmentandapplicationofSSRand英文题目：cloningofgrowth-relatedgeneHDAC1inTegillarcagranosa专业：水产养殖研究方向：分子遗传学姓名：周小龙指导教师：林志华研究员二O一三年五月三十日上海海洋大学学位论文原创性声明本人郑重声明：我恪守学术道德，崇尚严谨学风。所呈交的学位论文，是本人在导师的指导下，独立进行研究工作所取

2、得的成果。除文中已经明确注明和引用的内容外，本论文不包含任何其他个人或集体已经发表或撰写过的作品及成果的内容。论文为本人亲自撰写，我对所写的内容负责，并完全意识到本声明的法律结果由本人承担。学位论文作者签名：日期：年月日上海海洋大学学位论文版权使用授权书学位论文作者完全了解学校有关保留、使用学位论文的规定，同意学校保留并向国家有关部门或机构送交论文的复印件和电子版，允许论文被查阅或借阅。本人授权上海海洋大学可以将本学位论文的全部或部分内容编入有关数据库进行检索，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存和汇编本学位论文。保密□，在年解密后适

3、用本版权书。本学位论文属于不保密□学位论文作者签名：指导教师签名：日期：年月日日期：年月上海海洋大学硕士学位论文答辩委员会成员名单姓名工作单位职称备注宁波市海洋与渔业尤仲杰研究员主席研究院王国良宁波大学教授委员包永波浙江万里学院副研究员委员毛芝娟浙江万里学院副教授委员委员委员委员胡松浙江万里学院助理研究员秘书答辩地点浙江万里学院答辩日期2013.5上海海洋大学硕士学位论文泥蚶微卫星分子标记的开发与应用及生长相关基因HDAC1的克隆摘要利用泥蚶(Tegillarcagranosa)磁珠富集文库及454转录组文库中的序列，分别开发了17个基

4、因组微卫星位点和29个EST微卫星位点，并使用部分多态性微卫星位点对泥蚶两个地理群体的双列杂交四个子代群体进行了遗传结构分析，以期评估杂交子代的杂种优势，为泥蚶杂交育种、种质改良提供基础资料；利用RACE和RT-PCR技术，克隆了泥蚶生长相关基因HDAC1，并检测了其在不同组织的差异性表达情况，以作为泥蚶优质苗种选育的候补基因。1、泥蚶基因组SSR和EST-SSR的开发及比较研究：采用SSRHunter软件在泥蚶磁珠富集文库和454转录组文库中搜索核心序列长度12bp以上的2-6核苷酸重复序列，根据富集文库所得基因组SSR侧翼序列设计4

5、7对引物，可成功扩增17对且均为多态性引物，多态率100%，平均等位基因数(Na)、观测杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、多态性信息含量(PIC)分别为6.8、0.468、0.785、0.733。11344条EST序列中得到1683个SSR位点，检出率14.83%，平均每3.85kb出现1个位点。根据部分EST序列设计120对引物，62对可扩增出目的片段，其中29个位点具有多态性，多态率为46.77%，平均Na、Ho、He、PIC分别为4.2、0.372、0.554、0.500，均低于基因组SSR。双变量相关性分析的结果表明，46个多

6、态性SSR位点的核心序列长度与其Na、Ho、He、PIC极显著正相关，Spearman相关系数分别为0.632、0.387、0.657、0.664。2、微卫星对泥蚶两个地理群体双列杂交后代的遗传结构分析：泥蚶的人工养殖近年来遇到了诸如遗传多样性降低、生长性状衰退等问题，为了评估使用杂交育种技术改良种质资源的可能性，我们培育了泥蚶两个地理群体I上海海洋大学硕士学位论文的双列杂交后代作为实验材料，使用14对SSR引物对四个后代群体的遗传结构进行了检测。结果显示，两个自交群体的平均期望杂合度和PIC值均高于杂交群体，但杂交群体的平均观测杂合度

7、要高于自交群体。两个杂交群体之间的遗传分化系数(Fst)最高，达到了0.067，同时两个自交群体之间的Fst值最小，为0.020。Nei氏无偏遗传距离值与遗传分化系数相一致，杂交群体之间遗传距离最大，而自交群体之间遗传距离最小。本研究表明了泥蚶杂交群体拥有相对较高的杂合度和遗传变异，这为进一步的育种工作提供了基础。3、HDAC1基因的克隆和表达差异性分析HDAC1可通过使组蛋白去乙酰化进而调节基因表达，在细胞分化和胚胎早期发育中其重要作用。利用RACE技术对从泥蚶454转录组文库中检索到的HDAC1基因cDNA片段进行扩增，经过对测序结

8、果的拼接得到了长为2275bp的HDAC1基因cDNA全长序列，ORF分析表明HDAC1包括26bp的5’非编码区(5’-UTR)，1587bp的开放阅读框(ORF)，662bp的3’非编码区(3’-UTR