基于2b-rad技术的梨矮生基因分子标记研究

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1、分类号密级UDC单位代码10435硕士学位论文基于2b-RAD技术的梨矮生基因分子标记研究Developmentofmolecularmarkersforadwarfgeneinpearbasedon2b-RADtechnology研究生姓名肖玉雄指导教师王彩虹教授学科专业果树学研究方向果树生物技术与遗传育种中国•青岛二〇一八年六月Molecularmarkersdevelopmentofdwarfgeneinpearbasedon2b-RADtechnologyThesissubmittedtoQingdaoAgriculturalUn

2、iversityInFulfillmentoftheRequirementfortheDegreeofMasterofPomologyXiaoYuxiong（DepartmentofHorticulture）Supervisor:WangCaihongQingdao.ChinaJune,2018独创性声明本人声明所呈交的论文是我个人在导师指导下进行的研究工作及取得的研究成果。尽我所知，除了文中特别加以标注和致谢的地方外，论文中不包含其他人已经发表或撰写过的研究成果，也不包含为获得青岛农业大学或其它教育机构的学位或证书而使用过的材料。与我一

3、同工作的同志对本研究所做的任何贡献均已在论文中作了明确的说明并表示了谢意。研究生签名：时间：年月日关于论文使用授权的说明本人完全了解青岛农业大学有关保留、使用学位论文的规定，即：学校有权保留送交论文的复印件和磁盘，允许论文被查阅和借阅，可以采用影印、缩印或扫描等复制手段保存、汇编学位论文。同意青岛农业大学可以用不同方式在不同媒体上发表、传播学位论文的全部或部分内容。(保密的学位论文在解密后应遵守此协议)研究生签名：时间：年月日导师签名：时间：年月日青岛农业大学硕士学位论文摘要基于2b-RAD技术的梨矮生基因分子标记研究摘要梨是世界上广泛种

4、植的具有重要经济价值的果树。矮化密植栽培作为当今果树生产的趋势，具有高效、方便管理等优点。目前，实现果树的矮化密植栽培的途径主要是应用矮化砧木或矮生品种，但这两种资源在梨上均十分匮乏，因此，挖掘利用优质基因源，进行优良矮化砧木及矮生品种的选育，对梨生产具有十分重要的意义。‘LeNainVert’是西洋梨（PyruscommunisL.）中发现的矮生变异，具有适合矮化密植栽培的紧凑的矮生型树形。研究发现，该受控于显性基因PcDw，目前，关于该基因的序列信息等还不清楚，开发与其紧密连锁的DNA分子标记，可以为PcDw的精细定位以及最终鉴定该基

5、因提供重要依据。本研究利用IIB型限制性内切酶的RAD（RestrictionassociationsiteDNA，2b-RAD)测序技术开发PcDw的单核苷酸多态性（Singlenucleotidepolymorphism，SNP）标记，并对前期研究获得的SSR标记在新的分离群体上进行分析验证。获得的主要结果如下：1.基于2b-RAD的SNP位点筛查本研究根据分离群体分组分析的原理，以‘矮生梨’（矮生型）ב茌梨’（普通型）和‘2-3’（矮生型）ב绿宝石’（普通型）2个F1杂交分离群体为试材，应用2b-RAD技术分别对来自两个群体的2

6、对矮生型/普通型对比基因池进行基因组测序分析。4个样本（即4个对比基因池）的2b-RAD标签测序文库的测序结果共产生67186260条reads，平均每个样本测序reads数为16796565。将原始reads进行质量过滤后的统计结果表明，每个样本平均获得unique标签数目为86810，平均测序深度为77×，该测序深度能够达到准确分型的标准。SOAP软件定位结果表明，4个测序文库中含有酶切位点的高质量reads占测序原始reads的70%以上，表明测序质量较好。在来自2个不同群体的矮生型基因池与普通型基因池间进行对比分析，初步筛查出SN

7、P位点1317个，其中有8个位于PcDw的定位染色体scaffold00074上。2.SNP标记与PcDw的共分离分析根据筛查到的8个SNP位点，设计适合高分辨熔解曲线(high-resolutionmelt，HRM)分析的PCR引物在分离群体上进一步分析验证，检测结果表明：在‘矮生梨’ב茌梨’群体（215个杂种后代）上有2个SNP标记、在‘2-3’ב绿宝石’群体（168个杂种后代）上有4个SNP标记表现出与PcDw位点共分离的特性，根据其扩增子的熔解曲线形状差异，可有效地区分矮生型和普通型。在测试的两个群体上均未发现有标记与性状的重

8、组类型。I青岛农业大学硕士学位论文摘要3.SSR标记分析结合本研究，降本项目组前期研究得到的5个SSR标记在新建的群体上进行验证，进一步证实这些标记的可靠性。其中CN993875在所有分析的群