凡纳滨对虾rab5b、rab6a和rab7基因的克隆及序列分析

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1、广西大学硕士学位论文凡纳滨对是Rab5B、Rab6A和Rab7基因的克隆及序列分析姓名：崔亮申请学位级别：硕士专业：水产养殖指导教师：陈晓汉20120623凡纳滨对虾Rab5B、Rab6A和R_ab7基因的克隆及序列分析摘要凡纳滨对虾在我国海水养殖中占有非常重要的地位，也是我国甲壳动物养殖业的最主要品种。近些年，其养殖的面积和产量稳步上升，带动了当地经济的发展，但也存在着不少问题，尤其是对虾病毒性疾病的影响，给养殖户造成了巨大的经济损失，严重威胁养虾业的可持续发展，到目前为止仍无有效的防治药物和措施。对虾缺乏特异性免疫系统，主要由体内众多免疫因子参与抵御病

2、害，本论文通过克隆凡纳滨对虾免疫相关的基因并初步进行分析，以期对凡纳滨对虾的病害防治有所帮助，同时为提高对虾自身的抗病能力提供新的思路。本研究利用SMART技术构建了凡纳滨对虾肝胰腺组织全长cDNA文库，其滴度为1．2×106pfu／mL，重组率为97％，LD—PCR扩增片段大小在0．2kb一3．5kb，且在1．0kb处存在一条较亮的带，所构文库总体质量较好，随即挑取阳性克隆进行测序，将获得的cDNA序列在GenBank数据库进行序列同源性比较，发现该全长文库中有Rab基因家族成员Rab5B。本研究克隆获得了凡纳滨对虾Rab5B和Rab6A基因的cDNA序

3、列，两者的开放阅读框长度分别为378bp和442bp，编码126和147个氨基酸，经BLAST蛋白比对发现，两者都具有NTP酶超家族结构域，与其他Rab家族成员的结构相似，进一步对无特定病原凡纳滨对虾进行体外攻毒试验，结合半定量PCR，显示两者的表达没有明显的组织特异性，只在对虾免疫组织肝¨胰腺中表达量略高，但对比发现两者在感染IHHNV病毒的对虾组织中的表达量要明显高于在正常对虾组织中的表达量。通过3’RACE和5’RACE获得凡纳滨对虾Rab7基因的全长cDNA序列，长度为767bp，其开放阅读框为618bp，编码205个氨基酸，推算分子量约23．33

4、kDa，理论等电点为5．85。5’端和3’端分别存在88bp和61bp的非翻译区，在线分析显示Rab7前体蛋白的主要结构域与已知的Rab蛋白家族基本一致，主要功能域在物种间的保守性较强，只是前体蛋白末端的氨基酸序列存在种间差异性。半定量PCR显示凡纳滨对虾Rab7基因在正常对虾组织中都表达且没有明显差异，而在感染IHHNV病毒的对虾中上调表达，且在抗病毒对虾中的表达量最高。关键词：凡纳滨对虾；Rab基因家族；cDNA文库；基因克隆；IHHNVTHERAB5B、RAB6AANDRAB7GENECLONINGANDSEQUENCEANALYSISoF乙册!只邑

5、：?1阴E嬲VANNAMEIABSTRACTLitopenaeusvannameioccupiesveryimportantpositioninMarineaquacultureofChina,andisthemostimportantvarietyofthecrustaceansbreedingindustryinChina．Inrecentyears，thetotalareaandoutputofbreedingrisesteadily,drivingthelocaleconomicdevelopment．Buttherearestillalotofp

6、roblems，especiallytheeffectoftheshrimpvirusdiseases．Itcausedahugeeconomiclossestothefarmersandaseriousthreattothesus妇albledevelopmentofshrirnpindustry,butitwasstillnoeffectivepreventiondrugsandmeansso缸Asweknown，shrimplacksspecificimmunesystem，anditdependsonavarietyofimmunefactorst

7、oresistdiseases．Thisthesisaimistocloneimmunerelatedgenesoflitopenaeusvannameiandtocarryontheanalysisinitiallyinordertohelpthepreventionoflitopenaeusvannameidiscaseandprovidethenewthoughtoftheshrimpowndisease．resistantability．ThisresearchusesSMARTtechnologyconstructsthefull。lengthe

8、DNAlibraryofthehepatopancreasofli