刺参生长相关性状qtl分析

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1、蒯参生长相关性状QTL分析剌参生长相关性状0TI_分析摘要利用公共数据库资源，在刺参EST数据库中查找包含微卫星的序列，开发了13个S套国分子标记，最小基因频率从0．103到0。487，期望和观测杂合度值范围分别为0．154到0．769和0．187到0．506。13个位点中只有1个位点由于纯合子过剩而显著偏离哈迪．温伯格平衡，没有发现位点间连锁不平衡。这是第一次在刺参中开发SNP标记，为刺参图谱的构建丰富了标记种类，增加了标记的数量。用23对AFLP标记，利用野生刺参为父本，豳本红刺参为母本杂交产生的Fl代33个个体分别构建了雌雄遗传连锁图谱。除去偏分离标记，利用

2、其它有效标记分别构建了刺参的雌性和雄性连锁图谱。雌性框架图谱有106个标记定位在17个连锁群上，覆盖基因组的长度为623cM；雄性框架图谱有104个标记定位于20个连锁群上，覆盖基因组568cM。刺参雌、雄图谱的覆盖率分别为70．67％和66。47％。该图谱的建立为进一步开展刺参QTL分析以及分子标记辅助育种奠定的基础。采用复合区闻作图法在刺参的连锁群上定位了21个与生长相关性状(体长、体宽、体重、体壁重和出肉率)的QTL(LOD>2．O)，可解释的表型变异从1l。17％到32．68％。在刺参雌性和雄性图谱上，7个和体长相关的QTL位点分别分布在7个不同的连锁群上

3、，可以认为，刺参的体长这一性状由多基因来控制的，与体长相关的QTL中有～个是和刺参的体宽相关的QTL位点连锁(Dkl73)，它们之间的遗传距离为4．0cM。体重和体壁重的QT乙位点完全相同，共检测到3个与之相关的QTL，分别定位到雌性的第LGl3连锁群上和雄性图谱的第LG3、LG4连锁群上。与出肉率相关的4个QTL被定位在4个连锁群(雌性LG3、LG7、LGlO翻雄性LGlO)上，其可变解释率从15。42％到26。90％。关键词：刺参；SNP；AFLP；遗传连锁图谱；Q札刺参生长相关性状QTL分析QTLanaIysiSonthegrowthtraitsinseac

4、ucuaberAbstractThirteensinglenucleotidepolymorphisms(SNPs)weredescribedincommerciallyimportantseacucumber(Apostichopusjaponicus)。Alllocihadtwoallelesandtheminorallelefrequencyrangedfrom0．103to0．487．TheobservedandexpectedheterozygositiesrangedfromO．154to0．769andfrom0．187toO．506，respect

5、ively．Only1of13locideviatedfromequilibriumsignificantlyduetohomozygoteexcessandnolinkagedisequilibriumwasfound。SNPsweredevelopedinseacucumberforthefirsttimewhichmayenrichthetypesofgeneticmarkersusedindelineatingpopulationstructure．Furthermore，thenewlydevelpoedSNPsprovideacomplementtoc

6、urrentlyavailablegeneticmarkers．ThelinkagemapsofA．japonicuswereconstructedwitll37primercombinationsofamplifiedfragmentlengthpolymorphism(AFLP)markers，whichweregenotypedintheparentsand33progenyofthemappingfamily．Twogeneticlinkagemapswereconstructedusingmarkerssegregatinginthefemaleorth

7、emaleparent，excludingthedistortedsegregatingones．Thefemaleframeworkmapwascomposedof106markersin17linkagegroups，covering623cM谢t11anaverageintervalof7．0cM．Themaleframeworkmapcontained104markersin20linkagegroups，spanning568cMwithanaveragemarkerdensityof6．9cM．Theobservedcoveragewas70．67％f

8、orthe