arraycgh数据的常规流程分析_上海丰核信息科技有限公司

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1、arrayCGH数据的常规流程分析一介绍异常的DNA拷贝数变化（CNV）是许多人类疾病（如癌症、遗传性疾病、心血管疾病）的一种重要分子机制。作为疾病的一项生物标志，染色体水平的缺失、扩增等变化已成为许多疾病研究的热点，然而传统的方法（比如G显带，FISH，CGH等）存在操作繁琐，分辨率低等问题，难以提供变异区段的具体信息。基于芯片技术的比较基因组杂交（aCGH：array-basedComparativeGenomicHybridization）平台解决了上述问题。通过在一张芯片上用标记不同荧光素的样品（病例样品

2、和对照样品）进行共杂交可检测样本基因组相对于对照基因组的DNA拷贝数变化（CNV），常用于肿瘤或遗传性疾病全基因组CNV检测，直观地表现出肿瘤及遗传性疾病基因组DNA在整个染色体组的缺失或扩增。对肿瘤而言缺失片段可能包含抑癌基因，而扩增片段则可能存在致癌基因。二分析流程________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887三应用

3、1：挖掘疾病样本中DNA层面上的拷贝数变异，比如在癌症中发现特定的DNA变异，并深入挖掘DNA变异区域是否为基因功能区域。________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887四参考文献1:MarkA.vandeWiel,FranckPicard,Preprocessinganddownstreamanalysisofmicro

4、arrayDNAcopynumberprofiles.BRIEFINGSINBIOINFORMATICS.20102:Venkatraman,E.S.andOlshen,A.B.(2007).Afastercircularbinarysegmentationalgorithmfortheanalysisofarraycghdata.Bioinformatics3:NigelPCarteretal,MethodsandstrategiesforanalyzingcopynumbervariationusingDNA

5、microarrays.NatGenet.2007July4:NancyR.Zhang,JointEstimationofDNACopyNumberfromMultiplePlatforms.BIOINFORMATICS.20055:KentaroNakaoetal.,High-resolutionanalysisofDNAcopynumber________________________________________________________________________上海丰核www.micros

6、ci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887alterationsincolorectalcancerbyarray-basedcomparativegenomichybridization.Carcinogenesisvol.25no.8pp.1345--1357,2004________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外

7、包4000-331-887