chip-seq数据分析流程_上海丰核信息科技有限公司

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1、ChIP-seq技术及数据分析宣传画册一、ChIP-seq技术概览ChIP-seq技术是一种以研究蛋白质与染色体DNA的相互作用为主要目的的高通量数据分析手段，其实验部分主要包含染色质免疫共沉淀（ChIP）样本制备和深度测序（DeepSequencing）两个部分。1、ChIP实验基本步骤（1）甲醛交联整个细胞系（组织），即将目标蛋白与染色质连结起来；（2）分离基因组DNA，并用超声波将其打断成一定长度的小片段；（3）添加特异性识别目标蛋白质的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结合复合体；（4）去交联，纯化DNA即得到染色质免疫沉淀的DNA样本，准备测序。_

2、_______________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-8872、深度测序当我们准备好片段化的DNA样本后，需要通过专业的高通量reads测序仪进行碱基读取的步骤。之后把这些reads回贴到参考染色体序列上从而间接确定蛋白因子在染色体上的位置分布以及每个结合位点上蛋白因子的结合强度。二、ChIP-seq数据的生物信息学分析流程展示ChIP-seq数据的生物信息学分析步骤包括：测序饱和度估

3、计、测序后reads的质控和筛选、cleanreads比对、蛋白因子结合位点检测、结合位点周围候选靶基因注释、样本组间数据比较和差异结合位点的确定、特定基因的功能富集分析、个性化下游分析。________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887三、应用领域_______________________________________________________________

4、_________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887四、ChIP-seq数据分析在医学研究中的应用通过对ChIP-seq数据进行系统化的生物信息学分析，我们能够获得如下结果：1、通过检测疾病相关转录调控原件确定该转录调控原件的下游靶基因集合或观察病灶部位内部的表观遗传状态异常；2________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包400

5、0-331-887、比较疾病样本和正常样本中转录调控原件在染色体上结合位置的差异，选取疾病特异性的转录调控原件结合位点，观察这些位点周围的基因，缩小候选研究基因范围；3、结合基因表达谱数据和GSEA分析技术判断转录调控原件对下游靶基因的调控方向（激活基因表达为正调控，抑制基因表达为负调控）；4、通过检测转录调控原件结合位点周围的基序特征（Motif），预测与该转录调控原件发生共定位的潜在转录因子，通过数据挖掘尝试找出其他与疾病发生相关的调控基因；___________________________________________________________

6、_____________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-8875、基于GeneOntology和基因功能分类知识库，帮助我们了解候选研究基因和共调控因子的具体功能，从而了解目标转录调控原件在疾病发生过程中所起的生物学作用，帮助我们认识疾病发生过程的分子机制。四、参考文献1、FureyTetal.ChIP–seqandbeyond:newandimprovedmethodologiestodetectandcharacterizeprotein–DNAinteractions.Nature(2012)v

7、ol.13(12)pp.840-8522、YuJetal.AnIntegratedNetworkofAndrogenReceptor,Polycomb,andTMPRSS2-ERGGeneFusionsinProstateCancerProgression.CellCancerCell(2010)vol.17(5)pp.443-4543、WelborenWetal.ChIP-SeqofERαandRNApolymeraseIIdefinesgenesdifferentiallyrespondingtoligands.EMBOJournal(2009)vol.28

8、(10)pp.1418-