smallrna-seq数据分析流程_上海丰核信息科技有限公司

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1、sRNA-seq技术及数据分析宣传画册一、sRNA-seq技术概览小RNA测序技术（SmallRNA-seq，sRNA-seq）是针对短链非编码RNA（non-codingRNA，ncRNA）的实验结合高通量测序技术，用于检测样本内部小RNA的表达水平。其实验部分主要包含小RNA的样本制备和深度测序（DeepSequencing）两个部分。1、小RNA提取的基本实验步骤（1）小RNA条带的获得和cDNA制备；（2）扩增后准备测序2、深度测序部分_____________________________________

2、___________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887当我们准备好片段化的DNA样本后，需要通过专业的高通量reads测序仪进行碱基读取的步骤。之后把这些reads回贴到到已知的sRNA序列或参考染色体序列上从检测sRNA的表达水平以及对潜在的未知sRNA转录位置进行预测。二、sRNA-seq数据的生物信息学分析流程展示sRNA-seq数据的生物信息学分析步骤包括：测序饱和度估计、测序后reads的质控和

3、筛选、cleanreads比对、基因表达水平计算、样本组间差异表达基因的检测、癌症样本RNA-seq数据的研究分析、个性化下游分析。________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887测序质控和比对sRNA表达水平计算预测潜在新sRNA样本间sRNA差异分析miRNA部分分析展开个性化下游分析___________________

4、_____________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887模式生物研究疾病模型研究临床样本研究三、应用领域四、sRNA-seq数据分析在医学研究中的应用通过对sRNA-seq数据进行系统化的生物信息学分析，我们能够获得如下结果：1、观察疾病发生过程中病灶部位内部sRNA的表达异常，确定与疾病发生有关的sRNA；________________________________

5、________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-8872、基于未比对到已知小RNA和DNA重复序列的reads数据，预测病灶部位组织特异性的新小RNA并结合其他来源的公共数据进行验证，并研究该类小RNA在疾病部位的表达是否异常；3、提取差异小RNA中的miRNA，对所有差异表达miRNA进行靶基因检索和靶基因功能富集分析，建立异常miRNA与疾病发生的联系；___________________

6、_____________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-8874、结合转录组数据，确定病灶部位内部miRNA与靶基因对之间精确调控关系，缩小重点研究miRNA-mRNA对范围，分析这些作用在疾病发生过程中的影响。五、参考文献1、Pasquinelli,Aetal.MicroRNAsandtheirtargetsrecognition,regulationandanemergin

7、greciprocalrelationship.NatureReviewsGenetics(2012)Vol.13(4)pp.271-2822、Boehm,Jetal.Towardssystematicfunctionalcharacterizationofcancergenomes.NatureReviewsGenetics(2011)Vol.12(7)pp.487-4983、Persson,Hetal.IdentificationofnewmicroRNAsinpairednormalandtumorbreast

8、tissuesuggestsadualrolefortheERBB2Her2.CancerResearch(2011)Vol.71(1)pp.78-864、Ugras,Setal.SmallRNASequencingandFunctionalCharacterizationRevealsMicroRNA-143TumorSuppressorAc