hits-clip数据分析流程_上海丰核信息科技有限公司

《hits-clip数据分析流程_上海丰核信息科技有限公司》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在应用文档-天天文库。

1、HITS-CLIP技术及数据分析宣传画册一、HITS-CLIP技术概览HITS-CLIP（HIgh-ThroughputSequencingwithCrossLinking-ImmunPrecipitation）又称为CLIP-seq，即紫外交联免疫沉淀结合高通量测序,是一项蛋白与RNA相互作用的实验技术。其主要原理是基于RNA分子与RNA结合蛋白在紫外照射下发生交联，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白质复合体沉淀之后，回收其中的RNA片段，经添加接头、RT-PCR等步骤，对这些分子进行高通量测序，利用生物信息学的数据处理和分析方

2、法研究RNA结合蛋白与RNA分子的调控作用。其实验部分主要包含蛋白-RNA交联共沉淀样品制备和深度测序两个部分。1、蛋白-RNA交联共沉淀样品制备________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-8872、深度测序当我们准备好片段化的DNA样本后，需要通过专业的高通量reads测序仪进行碱基读取的步骤。之后把这些reads回贴到参考染色体序列上从而间接确定

3、蛋白因子在RNA上的位置分布以及每个结合位点上蛋白因子的结合强度。________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887二、HITS-CLIP数据的生物信息学分析流程展示HITS-CLIP数据的生物信息学分析步骤包括：测序Reads的基本信息统计、CleanReads比对、Reads比对结果的基本信息统计和数据细化加工、RBP结合位点确定、RBP结合位点

4、信息注释、标准分析和个性化下游分析。________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887三、应用领域________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-887四、HITS

5、-CLIP在医学研究中的应用通过对HITS-CLIP数据进行系统化的生物信息学分析，我们能够获得如下结果：1、确定疾病相关RNA结合蛋白的作用靶基因对象，并结合基因功能分类知识库，帮助我们了解候选RNA结合蛋白的具体功能。2、通过AgoHITS-CLIP数据，直接研究病毒在侵染正常细胞的过程中病毒特异性表达miRNA在细胞内的调控目标，并精确确定miRNA-mRNA相互作用对。________________________________________________________________________上海丰核www.mi

6、crosci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包4000-331-8873、结合基序分析，预测与已知疾病相关RNA结合蛋白是否存在共同调控的其他蛋白，通过数据挖掘找出与疾病发生相关的其他转录后调控元件。4、通过NovaHITS-CLIP数据分析，直接研究病灶部位与正常组织之间的可变剪接差异，确定疾病特异性的可变剪接体。________________________________________________________________________上海丰核www.microsci.comSCI论文发表，基金申请，实验外包

7、4000-331-887五、参考文献[1].Zhang,C.andR.B.Darnell,Mappinginvivoprotein-RNAinteractionsatsingle-nucleotideresolutionfromHITS-CLIPdata.NatBiotechnol,2011.29(7):p.607-14.[2].Macias,S.,etal.,DGCR8HITS-CLIPrevealsnovelfunctionsfortheMicroprocessor.NatStructMolBiol,2012.19(8):p.760-

8、6.[3].Zisoulis,D.G.,etal.,ComprehensivediscoveryofendogenousArgonautebindingsitesinCaenorhabditi