佛手种质资源遗传多样性的随机扩增多态性dna分析论文

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1、佛手种质资源遗传多样性的随机扩增多态性DNA分析论文【摘要】目的研究佛手种质资源多样性和遗传关系。方法采用随机扩增多态性随机扩增多态性DNA（RAPD）技术分析了佛手13份种质材料的亲缘关系。结果从110条引物中筛选出16条多态性高的引物，共扩增出185条DNA带，其中多态性带有168条，多态率为90.8%。通过聚类分析，在相似系数0.67的水平上将13份材料分为3类。结论佛手种质间存在较丰富的遗传多样性，聚类结果与以产地为依据对佛手进行品种类群划分较为一致。【关键词】佛手随机扩增多态度性DNA分析遗传多样性佛手CitrusmedicaL.var.sarcodactylis(Noot.

2、)SedicaL.var.sarcodactylis(Noot.)San-15CSR冷冻高速离心机；PCR仪(AppliedBiosystems2720Thermalcycler)；UVPGDS7600型凝胶成像仪；ECANSpectraFLUORplus多功能酶标仪。大连宝生物DR001AMPCR扩增试剂盒；上海生工随机引物；上海生工进口分装琼脂糖；上海申能博彩3s柱离心式植物基因组DNA试剂盒；天为时代DNAMarker(200bpDNALadderplus)；其他试剂均为国产分析纯试剂。表1样品来源（略）1.3方法1.3.1佛手总DNA的提取和检测采用上海申能博彩公司的3s柱离心

3、式植物基因组DNA试剂盒提取。将提取到的DNA用纯水稀释10倍后，用酶标仪分别测定其在260，280nm处的吸收值，计算出OD260与OD280的比值及DNA浓度，并以1.5%琼脂糖凝胶电泳观察提取结果的优劣。1.3.2佛手RAPD反应体系和扩增程序在对佛手PCR扩增体系优化后，确定反应的总体积为25μl，包括：MgCl22μl(25mmol/L)，引物1.5μl(10μmol/L)，dNTPs2μl（2mmol/L），10×buffer缓冲液3μl，0.3μlTaq酶（5U/μl），60ngDNA样品。PCR扩增程序为：94℃预变性4min，94℃变性1min,35℃退火lmin,7

4、2℃延伸1.5min，40次循环，最后72℃延伸10min，－20℃保存。1.3.3引物筛选选取德庆、青衣童子两种地理位置差异较大的DNA样品做模板，用110个引物(S1～S100,.freeler引物对供试的13份材料进行PCR扩增，统计结果见表2。16个引物共扩增出185条带，其中多态性带有168条，占90.8%；平均每个引物可扩增出11.6条带，平均每份材料可扩增出14.2条带，扩增的谱带分子量大小在300～2200bp；各个引物间扩增的位点数相差较大，不同引物的扩增带数变幅从6～15条不等，其中扩增带数最多的引物为S23，具15条扩增带，最少的为引物S6，仅具6条扩增带，说明不

5、同引物与供试材料总基因组DNA部分区域的同源性具有较大的差异。部分引物的扩增结果见图1。表216个引物的扩增结果（略）2.3聚类分析13份供试材料的Nei遗传相似系数矩阵如表3所示，经聚类分析构建亲缘关系树状图（图2）。相似系数分布在0.58～0.89之间，说明佛手种质的遗传多样性较为丰富。供试材料在相似系数为0.67处分为3个类群，第1类群包括Sn1，Sn2，Sn3和Sn4，第2类群包括Sn5，Sn6，Sn7和Sn8，第3类群包括Sn9，Sn10，Sn11，Sn12和Sn13。表313份佛手种质资源的相似系数矩阵（略）图中对应的各个泳道的品种顺序相同，从左到右依次为Sn1～Sn8，D

6、NAMarker(200bpDNALadderplus)，Sn9～Sn13，阴性对照图1引物S24，S31，S80，S220的RAPD扩增图谱（略）3讨论本研究应用RAPD技术对佛手种间亲缘关系进行了阐明，来源不同的13份种质的遗传多样性高达90.8%，表明佛手现有的种质遗传变异较大，从而构成了较为丰富的种质资源基因库，说明佛手遗传基础广，具有较大的育种潜力和较强的进化能力，这与佛手栽培历史悠久和种植范围较广有关。图2基于RAPD分析产生的佛手种质资源聚类图（略）供试材料在相似系数为0.67处分为3个类群，这与按照产地的不同将佛手分为广佛手、浙佛手和川佛手的划分一致。第1类群和第3类群

7、中各种质之间的亲缘较近，这与它们在植物学形态上差异不大的情况相吻合。第2类群中4个栽培品种虽然在植物学形态上差异较大，但由于生长环境相同，在相似系数0.75处聚为一类，亲缘关系也较近，可能是遗传基因和环境相互作用的结果；其中，Sn8为Sn5的芽变选育品种，两者在形态上有较大的差异，但分子水平上证明其遗传关系较近；Sn6和Sn7两者在叶片、花、果等植物学形态上差异较大，但其相似系数为0.78，表明其亲缘关系较近，形态上的差异并未在分子水平上反映。