乙型肝炎病毒x基因区序列的系统发育树分析论文

《乙型肝炎病毒x基因区序列的系统发育树分析论文》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在学术论文-天天文库。

1、乙型肝炎病毒X基因区序列的系统发育树分析论文.freelRNA为中间体进行逆转录复制，复制过程缺乏校对酶的作用容易发生碱基配对错误，导致HBV基因突变十分频繁。虽然HBV的血清型分型已建立多年，但不能深刻反映HBV病毒的变异，其临床上意义也不大。HBV基因型分型方法以HBV全基因序列核苷酸异源性≥8%为不同基因型的分型标准［1］，至今已发现A～H8种基因型。HBV的X基因在致肝病过程中起着至关重要的作用，它与肝癌的发生有着密切的联系。目前还没有利用X基因序列对HBV进行基因型分型的相关报道，作者利用

2、NCBI基因库中的资源，对用X基因序列进行HBV基因分型作一研究。1材料与方法1.1HBV基因序列的来源利用互联网络从美国NCBI基因库（http:...ncbi.nlm.nih.gov）中HBV全基因序列249条。这些序列均来源于人类HBV感染者，动物源性的HBV及不常见的双基因型杂合HBV不在本研究之列。1.2HBVX基因序列的多重比对与系统发育树的构建在完整HBV基因序列中选取X基因序列，以Fas-ta格式导入ClustalX1.8软件中，用多重比对模式进行比较，绘制N.J树，生成ph文件，然

3、后导入TreeVieberofthedefinitiveHBVgenotypeinNCBI2.2HBV的X基因序列系统发育树分析在的HBV全基因序列中选取已明确基因型的序列，利用ClustalX1.8和TreeVieoto通过对18株不同血清型的HBVDNA全序列比较后发现，血清型不能真正反映HBV基因组的差异，并将全基因序列差异≥8%定为HBV不同的基因型。到目前为止，已经发现了A～H8种不同型别的基因型。HBV基因型的分布具有明显的地域性。A型主要分布于西欧、北欧、北美洲及非洲地区;B型和C型主

4、要分布于亚洲和澳大利亚;D型分布最为广泛，主要分布于中东、北非和南欧及地中海地区;E型主要分布于非洲撒哈拉沙漠地带;F型主要分布于美国;G型在法国和美国被发现;H型已在尼加拉、墨西哥及美国加里弗尼亚地区被发现。在我国HBV基因型主要是B型和C型。HBV基因型的不同，其临床意义也不同。目前认为C型病毒引起的临床后果比B型要严重得多。感染HBVC型的患者，其丙氨酸氨基转移酶（ALT）异常率和e抗原的阳性率明显高于感染HBVB型者，同时也具有慢性肝炎、肝硬化发展为肝细胞癌的趋势［2］。图1已知基因型X基因

5、序列的系统发育树（略）Fig1PhylogeictreeconstructionoftheclearsequencesonXregion表2基因库中未知基因型序列的系统发育树分析结果（略）Tab2Registerednumberoftheunknoologyinnucleotidesequence:parisonofsurfaceantigensubtypes［J］.JGenVirol，1988，69:2575.2583.［2］DINGX，MIZOKAMIM，YAOG，etal.HepatitisB

6、virusgeno-typedistributionamongchronichepatitisBviruscarriersinShang-hai，China［J］.Intervirology，2001，44（1）:43.47.［3］MIZOKAMIM，NAKANOT，ORITOE，etal.HepatitisBvirusgenotypeassignmentusingrestrictionfragmentlengthpolymorphismpatterns［J］.FEBSLett，1999，450（1

7、.2）:66.71.［4］NAITOH，HAYASHIS，ABEK.RapidandspecificgenotypingforhepatitisBviruscorrespondingtosixmajorgenotypesbyPCRusingtype.specificprimers［J］.JClinMicrobiol，2001，39:362.364.［5］NORDERH，COUROUCEAM，MAGNIUSLO.pletege-nomes，phylogeicrelatedness，andstructu

8、ralproteinsofsixstrainsofthehepatitisBvirus，fourofolecularbiologicaldifferencesbetotermutantsinHBeAg.negativechronichepatitisB［J］.JGastroenterol，2002，37（4）:283.287.