乙型肝炎病毒x基因区序列的系统发育树分析

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1、乙型肝炎病毒X基因区序列的系统发育树分析张豪，孙桂菊，钱耕荪，屠红〔摘要〕目的:研究利用乙型肝炎病毒X基因区序列构建系统发育树进行基因型分析的可靠性。方法:从美国NCBI基因库中下载HBV全基因序列共249条，其中166条为已知基因型的序列，83条为未知型序列。利用ClustalX1.8软件和TreeVieRNA为中间体进行逆转录复制，复制过程缺乏校对酶的作用容易发生碱基配对错误，导致HBV基因突变十分频繁。虽然HBV的血清型分型已建立多年，但不能深刻反映HBV病毒的变异，其临床上意义也不大。HBV基因型分型方法以HBV全基因序列核苷酸异源性≥8%为不同基因型的分型标准〔1〕，

2、至今已发现A～H8种基因型。HBV的X基因在致肝病过程中起着至关重要的作用，它与肝癌的发生有着密切的联系。目前还没有利用X基因序列对HBV进行基因型分型的相关报道，作者利用NCBI基因库中的资源，对用X基因序列进行HBV基因分型作一研究。　　1材料与方法　　1.1HBV基因序列的来源　　利用互联网络从美国NCBI基因库（http:...ncbi.nlm.nih.gov）中下载HBV全基因序列249条。这些序列均来源于人类HBV感染者，动物源性的HBV及不常见的双基因型杂合HBV不在本研究之列。　　1.2HBVX基因序列的多重比对与系统发育树的构建　　在完整HBV基因序列中选取X

3、基因序列，以Fas-ta格式导入ClustalX1.8软件中，用多重比对模式进行比较，绘制N.J树，生成ph文件，然后导入TreeVieberofthedefinitiveHBVgenotypeinNCBI　　　　2.2HBV的X基因序列系统发育树分析　　在下载的HBV全基因序列中选取已明确基因型的序列，利用ClustalX1.8和TreeView两种软件进行X基因序列的系统发育树分析，如图1所示。结果显示，利用X基因序列的系统发育树分析产生的基因型与其在NCBI基因库中登记的基因型完全吻合。另外结果还显示，在NCBI基因库中用各种方法已确定的属于基因型F的基因序列之间存在着较

4、大的异源性，形成两个分支，可能是同属于基因型F的两个亚型。　　2.3基因库中未分型序列的进化树分析　　以已知基因型序列为标准，将83条未知基因型序列与标准序列一起进行X基因的系统发育树分析。分析得出A、B、C、D和F型的序列条数及其基因库的登记号，见表2，未发现E、G和H型的序列。在这83条序列中选出前S.S区完整的序列构建系统发育树得到的基因型与利用X区序列分析的结果是一致的。　　3讨论　　1988年Okamoto通过对18株不同血清型的HBVDNA全序列比较后发现，血清型不能真正反映HBV基因组的差异，并将全基因序列差异≥8%定为HBV不同的基因型。到目前为止，已经发现了A

5、～H8种不同型别的基因型。HBV基因型的分布具有明显的地域性。A型主要分布于西欧、北欧、北美洲及非洲地区;B型和C型主要分布于亚洲和澳大利亚;D型分布最为广泛，主要分布于中东、北非和南欧及地中海地区;E型主要分布于非洲撒哈拉沙漠地带;F型主要分布于美国;G型在法国和美国被发现;H型已在尼加拉、墨西哥及美国加里弗尼亚地区被发现。在我国HBV基因型主要是B型和C型。HBV基因型的不同，其临床意义也不同。目前认为C型病毒引起的临床后果比B型要严重得多。感染HBVC型的患者，其丙氨酸氨基转移酶（ALT）异常率和e抗原的阳性率明显高于感染HBVB型者，同时也具有慢性肝炎、肝硬化发展为肝细

6、胞癌的趋势〔2〕。　　图1已知基因型X基因序列的系统发育树（略）　　Fig1PhylogeictreeconstructionoftheclearsequencesonXregion　　表2基因库中未知基因型序列的系统发育树分析结果（略）　　Tab2Registerednumberoftheunknoologyinnucleotidesequence:parisonofsurfaceantigensubtypes〔J〕.JGenVirol，1988，69:2575.2583.　　〔2〕DINGX，MIZOKAMIM，YAOG，etal.HepatitisBvirusgeno-t

7、ypedistributionamongchronichepatitisBviruscarriersinShang-hai，China〔J〕.Intervirology，2001，44（1）:43.47.　　〔3〕MIZOKAMIM，NAKANOT，ORITOE，etal.HepatitisBvirusgenotypeassignmentusingrestrictionfragmentlengthpolymorphismpatterns〔J〕.FEBSLett，1999，450（1.2）:6