[农业]论文栉孔扇贝bac克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究

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1、论文：栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究【中文摘要】栉孔扇贝(Chlamysfarreri)是我国北部沿海一个非常重要的养殖种类。物理图谱是基因组测序、基因绘图、遗传改良和选育的关键工具。本课题组在BAC文库基础上构建了栉孔扇贝物理图谱,我们采用ABI3130xl测序仪对两个BAC库总共81,408个BAC克隆进行了指纹分析。经过数据处理,我们最后得到了3,072条contig片段,每个contig平均包含41.2个克隆,平均大小521Kb,所有contig加起来总长度接近1.6Gb,覆盖1.3倍基因组。为了验证物理图谱contig组装的正确性,

2、我们利用BAC-FISH技术将包含栉孔扇贝核苷二磷酸激酶基因(NDPK)的两个BAC克隆定位到染色体同一位置上;而在物理图谱上,这两个BAC克隆也是位于同一条contig上。BAC克隆的共定位结果从一个角度直观地证明了图谱组装的正确性。同时,核苷二磷酸激酶是一类存在广泛、高度保守,在细胞能量和信息传递中具有重要作用的酶,NDPK基因的染色体定位将对深入研究该基因的结构、功能以及应用于生产实践提供理论支撑。物理图谱的构建及低拷贝基因定位工作,将对栉孔扇贝基因组和染色体的深入研究以及图谱整合、染色体鉴别、图位克隆等工作...【英文摘要】Zhikongscallop(Chlam

3、ysfarreri)isoneofmosteconomiclyimportantaquaculturespeciesinChina.Physicalmapisacrucialtoolforgenomesequencing,genemapping,geneticimprovementandselectivebreeding.Wehavedevelopedagenome-wide,BAC-basedphysicalmapforthespeciesrecently.Atotalof81,408clonesfromtwoscallopBAClibrarieswerefingerp

4、rintedusingABI3130xlGeneticAnalyzer.AfterDataprocessing,Atotalof3,072contigswereassembled.Eachcontigcontainsanaverageof41.2clone...【关键词】【英文关键词】【目录】栉孔扇贝BAC克隆的共定位及物理图谱相关contig验证研究摘要5-6Abstract6第一章文献综述7-22第一节栉孔扇贝7-91.1栉孔扇贝简介71.2栉孔扇贝的基因组学研究7-9第二节细胞遗传图谱的研究进展9-10第三节荧光原位杂交技术10-223.1FISH原理103.2BA

5、C-FISH技术10-133.3FISH技术的应用133.4FISH技术的应用13-22第二章栉孔扇贝高密度物理图谱的构建22-301材料与方法22-242结果（详见本课题组研究论文Zhangetal.,2011）24-283讨论28-30第三章利用FISH技术研究栉孔扇贝BAC克隆的共定位30-44第一节栉孔扇贝185核糖体RNA基因的染色体定位30-351.1材料与方法30-331.2结果33-341.2.1探针合成331.2.218SrDNA的FISH定位33-341.3讨论34-35第二节栉孔扇贝NDPK基因的BAC-FISH定位35-412.1材料与方法35-3

6、72.2结果37-392.3讨论39-41第三节栉孔扇贝BAC克隆的共定位41-443.1材料与方法41-423.2结果42-433.3讨论43-44参考文献44-50硕士期间发表的文章及参加的课题50-511发表论文503参加课题50-51致谢51