肿瘤抗原mage

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1、肿瘤抗原MAGE张秀敏，隋延仿，罗二平，李增山，黄亚渝，司少艳【Abstract】AIM：TopredicttheHLAA2restrictedcytotoxicTlymphocyte(CTL)epitopesoftumorantigenMAGEAsubfamilysoastoprovideappropriateCTLepitopefortumorimmunotherapy.METHODS:TheCTLepitopesoftumorantigenMAGEAsubfamilyethodbinedialmethod.TheaminoacidsequenceandthecandidateCTL

2、epitopesofthememberofMAGEAsubfamilyers)derivedfromthetumorantigenMAGEAsubfamilyeepitopesilarorpletelyidentical.CONCLUSION:ThebinationofSYFPEITHIpredictionmethodandpolynomialmethodcanimprovethepredictionefficiencyandaccuracy.AnalyzingthehomologyofCTLepitopesandfindingmonepitopeshelptodevelopsomepr

3、omisingantigenpeptidetumorvaccines..　　【Keys;MAGEAsubfamily;Tlymphocytes,cytotoxic;epitopes;forecasting;sequenceanalysis　　【摘要】目的：预测肿瘤抗原MAGEA亚家族的HLAA2限制性CTL表位,为肿瘤治疗选择合适的CTL表位提供依据.方法：用SYFPEITHI超基序法远程预测系统和量化基序多项式结合的预测方法进行HLAA2限制性CTL表位预测,采用DNAstar软件提供的蛋白质核酸序列编辑、分析工具，对MAGEA亚家族成员进行CTL序列同源性分析.结果：共预测出了50个

4、HLAA2限制性CTL表位，且部分CTL表位高度相似或一致.结论：SYFPEITHI超基序法和量化基序多项式法结合的预测方法是一种高效、准确的表位预测方法，结合CTL表位的同源性分析，可为肿瘤治疗性疫苗的制备中选择合适的CTL表位提供依据.　　【关键词】抗原，肿瘤;MAGEA亚家族;T淋巴细胞，细胞毒性;表位;预测；序列分析　　0引言　　肿瘤抗原是指细胞在癌变过程中出现的特异性抗原物质的总称，是肿瘤治疗的主要靶分子.MAGE作为人类肿瘤特异性抗原，在肿瘤生物治疗及肿瘤疫苗的研制方面发挥着重要作用.近年研究发现在不同肿瘤或同一肿瘤中MAGEA亚家族成员的表达上存在差异［1］，仅诱发针对单一

5、MAGEA亚家族成员的CTL反应并不能杀伤所有肿瘤细胞.我们利用CTL表位预测的最新方法对MAGEA亚家族成员的HLAA2限制性CTL表位进行预测，并用DNAstar软件对预测出的CTL表位进行分析，旨在寻找其共有表位及相似表位，为进一步研制更具广谱性的肿瘤疫苗奠定基础.　　1材料和方法　　11材料　　MAGEA家族序列:MAGE1，MAGE2，MAGE3，MAGE4，MAGE6，MAGE8，MAGE9，MAGE10，MAGE11，MAGE12编码蛋白氨基酸全长序列（由Genbank获得）.　　12方法　　121SYFPEITHI超基序法远程预测CTL表位我们拟预测由9个氨基酸残基组成的

6、CTL表位，具体方法：利用Inte网络进入SYFPEITHI主页（.unituebingen.de/uni/kxi），参照文献［2,3］介绍的方法，对MAGEA亚家族成员HLAA2限制性CTL表位进行远程预测.　　122候选表位限制性抗原肽多项式方案分析当某残基R出现在某肽的第一位时,在不考虑其他肽序列的情况下,该残基对于整个肽与MHCI类分子的结合自由能提供了一个常量Ri,用在第I位为残基R大量多肽的抑制浓度(Inhibitingconcentration,IC)IC50的负log10值的平均值来估计此常量［4］.分别将初步预测的九肽氨基酸残基对应的Ri值相加,选择分值大于选定阈值的抗

7、原肽作为可能的候选肽.本研究选择阈值为-23.　　123利用DNAstar软件对CTL表位进行同源性分析利用EqitSep程序对预测出的MAGEA家族成员的HLAA2限制性CTL表位的氨基酸序列进行编辑建立pro文档，然后利用MegAlign程序提供的Clustal序列对齐法进行HLAA2限制性CTL表位比较分析.　　2结果　　21MAGEA亚家族CTL表位远程预测结果通过Inter网络采用SYFPEITHI法初步得到多条可能结合的