从零学测序癌症基因组重测序分析第六讲之circos图的绘制

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1、【测序中国-从零学测序】癌症基因组重测序分析第六讲之circos图的绘制卜德超微信/QQ:530242830邮箱:budechao@ict.ac.cn中国科学院计算技术研究所2015-01-07Circos是一个Perl语言开发的自由可视化软件，使用GPL协议分发，以绘制输出圈图(原型Circos是由加拿大的一位生物信息科学家MartinKrzywinski所开发，他同时是一位专业摄影师，最初他主要从事Linux系统管理等工作风格的图)为最大特色Circos介绍Circos案例基因组数据的可视化Li

2、nux内核发展的可视化影视作品人物关系的可视化Circos绘图流程Perl安装Circos安装LinksHighlightHeatmapHistogramCircos.confPatterns.confColors.confImage.confFonts.confHousekeeping.conf安装配置文件配置文件导入图形类型。。。ScatterplotCircos产生静态图片。这些图片的产生过程是通过一个配置文件来实现的。这个配置文件通常会导入其他配置文件，形成一个个分级结构。设置好这个配置文件

3、，基本上就掌握了circos。。。。Windows上安装Circos安装安装StrawberryPerl或者ActiveStatePerl（不低于5.8）DOS命令行下perl–v检测perl是否安装成功及查看版本下载Circos包，解压DOS命令行下即可运行Circos，例如在circos/example下执行perl..bincircos–confetccircos.conf如果运行失败，用perl自带的安装包管理程序(PPM)继续安装完成即可Unix上安装Circos安装Unix系统一般

4、都安装有perl，perl版本不应低于5.8下载Circos包，解压，根据circos包自带的README安装circos如果运行失败，继续将为安装的perl模块安装完成即可在circos/example下执行perl/path/to/circos/bin/circos–confetccircos.conf配置语法：变量名=变量值配置块：配置文件thickness=30p…fill_color=white…fill_color=g

5、rey……<>形成一个配置块，一些重要的配置块单独写在一个配置文件中，便于其他配置文件的导入。例如ideogram.conf只有ideogram一个配置块。可以具有多个实例，如此有了全局变量和局部变量，左边fill_color=white对中所有实例都有效，除非实例内部自己用局部变量进行定义，如左边的fill_color=grey。如果实例比较多，全局变

6、量变得格外的事半功倍。在circos/etc目录下有些现成的设置会经常用到，从不或很少改变，学会运用这些配置文件对学习circos有很大帮助，也省去了很多麻烦，如colors.conf、fonts.conf等。写配置文件的时候可以直接导入使用。配置文件colors.conffonts.confpatterns.confHousekeeping.conf颜色配置文件，导入了colors.brewer.conf、colors.hsv.conf和colors.ucsc.conf。在circos中，颜色除了

7、绝对路径，还有很多表达方式，如hs1，red，reds-9-seq-1等，是因为这些字符在colors配置文件中已经赋予了特定的绝对路径。字体配置文件，其中，代表字体的标签与circos/fonts文件夹下的otf或ttf文件一一对应。模式配置文件，其中，标签与circos/tites文件夹下的png文件一一对应，然后根据patterns.svg.conf生成相应的svg文件。基本框架配置，circos必不可少的配置文件，一般直接导入即可。还有一些设置是也是经常用到，但会根据个人喜好或绘图要求不同而

8、有细微差别，如ideogram.conf、ticks.conf等。除此之外，也可以把经常用到的设置写成配置文件，便于其它配置文件反复导入，提高效率。配置文件ideogram.confticks.confimage.conf染色体展示的配置文件，包括是否展示bands，染色体展示位置、染色体间距离、染色体标签位置等。染色体数据在哪？画哪一些？后面实例中有说明，这里是简单介绍配置文件的作用。刻度标签配置文件，可以导入到ideogram.conf中，也可以直接导入到主配置文