唇形科植物脚基脚基焦磷酸合酶编码基因及其氨基酸序列的生物信息学分析

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1、唇形科植物脚6基脚6基焦磷酸合酶编码基因及其氨基酸序列的生物信息学分析关键字：唇形科植物脚6基脚6基焦磷酸合酶编码基因及其氨基酸序列的生物信息学分析本文为Word文档，感谢你的关注！　　[摘要]�脚６�基�脚６�基焦磷酸合酶（geranylgeranylpyrophosphatesynthase，GGPS）是二萜类物质合成途径中的一个关键酶。该文采用生物信息学方法对9种唇形科植物的�脚６�基�脚６�基焦磷酸合酶的核苷酸及其编码的氨基酸序列的结构、理化性质、信号肽、导肽、跨膜结构域、疏水性/亲水性和亚细胞定位特征、二级结构、蛋白质功能域、三级结构和进化关系进行了初步预测和分析，并构

2、建了�脚６�基�脚６�基焦磷酸合酶蛋白家族的系统进化树。结果表明，9种唇形科植物的GGPS氨基酸序列理化性质基本一致，主要表现为亲水性蛋白，有叶绿体转运肽，不存在信号肽，没有跨膜结构域；大多数定位于叶绿体，少数定位于线粒体。蛋白质二级结构中最主要的结构元件是α-螺旋和无规则卷曲，含有多聚异戊二烯基合成酶的活性结构域、2个天冬氨酸富集区结构域、活性位点残基盖结构域和镁离子结合位点结构域。研究结果将为GGPS的酶学特性及二萜类生物合成的分子机制研究提供理论参考。　　[关键词]唇形科；GGPS合酶；二萜生物合成；生物信息学　　[Abstract]Geranylgeranylpyroph

3、osphatesynthaseenzymeisoneofthekeyenzymesinthesynthesispathwayofditerpenoid.NineLamiaceaegenusGGPSsynthaseinGenebankwasanalyzedinthisarticle.GGPSsynthasethenucleicacidsequencesandaminoacidsequences，physicochemicalproperties，thesignalpeptide，leaderpeptides，transmembranetopologicalstructure，hyd

4、rophobic，hydrophilic，subcellularlocalization，secondarystructure，functiondomain，tertiarystructureandevolutionalrelationshipwerepredictedbyusingbioinformaticsmethods.Phylogenetictreewasconstructedforthegeranylgeranylpyrophosphatesynthaseenzymeproteinfamily.TheresultsshowedthatGGPSaminoacidseque

5、nceofthephysicalandchemicalpropertieswerebasicallyidentical，mainlyhydrophilicprotein，thereexistedchloroplasttransitpeptide，andnosignalpeptideandmembranestructuredomain，whichmainlylocatedinthechloroplast，theminorpartlocatedinmitochondria.Themainsecondarystructuresoftheproteinsarealphahelixandr

6、andomcoil.Alltheseproteinshavecatalyticresidues，aspartate-richregion，activesitelidresidues，substrate-Mg2+bindingsite.TheresultsprovidetheoreticalreferenceforstudyonboththeenzymaticcharacteristicsofGGPSandthebiosynthesispathwayofditerpenoid.　　[Keywords]Lamiaceae；geranylgeranylpyrophosphatesynt

7、hase（GGPS）；diterpenebiosynthesis；bioinformatics　　二萜类化合物是由4个异戊二烯结构单元�M成的C20类萜类化合物，是以二萜类化合物的共同前体�脚６�基�脚６�基焦磷酸（geranylgeranylpyrophosphate，GGPP）为底物，在不同的二萜合酶的催化下形成的，广泛地分布于自然界，在植物、动物和海洋生物中均有二萜类化合物的存在。目前研究发现，二萜类化合物共有119种骨架，1万多种化合物。主要的骨架类有克罗烷（cleord