蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析.pdf

《蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析.pdf》由会员上传分享，免费在线阅读，更多相关内容在行业资料-天天文库。

1、中国油料作物学报2014，36(2)：181—188ChineseJournalofOilCropSciencesdoi：10．7505／j．issn．1007—9084．2014．02．007蓖麻DNA糖基化酶的序列与基因表达分析代梦媛，敖涛，徐伟，刘爱忠(1．中国科学院西双版纳热带植物园热带植物资源开放实验室，云南勐腊，666303；2．中国科学院昆明植物研究所，云南昆明，650201；3．中国科学院大学，北京，100049)摘要：为揭示DNA糖基化酶在调节蓖麻生长发育和影响基因印记过程中的分子机理，本研究基于蓖麻全基因组、利用生物信息

2、学的方法结合转录组数据和RT—PCR半定量表达分析，鉴别蓖麻DNA糖基化酶氨基酸序列的结构特征、系统发生和表达形式。结果显示：三种DNA糖基化酶(DME、ROS和DML)氨基酸均为不稳定氨基酸，具有典型的与DNA结合和碱基切除修复有关的保守结构域；系统进化分析发现三种DNA糖基化酶在植物中同源性强，而且是独立演化的结果；在不同组织的表达上，蓖麻的DME和ROS基因具有相似的表达形式，即在根、茎和叶中不表达，在胚乳中表达最高，而DML在各个组织中都未检测到基因的表达。关键词：蓖麻；DNA糖基化酶；脱甲基化；表观调控中图分类号：$565．603

3、文献标识码：A文章编号：1007—9084(2014)02—0181—08SequenceandexpressionanalysisofDNAglycosylaseincastorbean(RicinuscommunisL．)DAIMeng—yuan一，AOTao，XUWei，LIUAi—zhong(1．KeyLaboratoryofTropicalPlantResourceandSustainableUse，XishuangbannaTropicalBotanicalGarden，ChineseAcademyofSciences，Meng

4、la666303，China；2．KunmingInstituteofBotany，ChineseAcademyofSciences，Kunming650201，China；3．GraduateUniversityoftheChineseAcademyofSciences，Beijing100049，China)Abstract：TorevealthepotentialfunctionofDNAglycosylasesmediatingDNAdemethylationleadingtogeneimprintinginthegrowthand

5、developmentofcastorbean(Ricinuscommunis)，theputativegenesencodingDNAglycosylaseswereidentifiedandcharacterizedbasedoncastorbeangenomereferencedata．3genes(RcDME，RcROSandRcDML)encodingDNAglycosylaseswereidentified．Theirstructures，conserveddomains，andsubcel—lularlocalizationw

6、erecharacterized．Geneexpressionwasinspectedbasedonthehigh—throughputtranscriptionalsequencingdataandRT—PCR．Resultsshowedthattheaminoacidscodedbythe3geneswereunstableones．andthesequencescontainedtypicalDNA—bindingconserveddomainsanddomainsrelatedtobaseexcisionrepair．Phyloge

7、netically，DME，ROSandDMLwerehomologousandevolvedindependentlyinplants．BothRcDMEandRcROSexhibitedasimilarexpressionpatternamongdifferenttissueswiththehighestexpressioninendosperm，whiletheexpressionlevelofRcDMLwasnotdetectedinalltestedtissues．Keywords：Ricinuscommunis；DNAglyco

8、sylase；Demethylation；EpigeneticregulationDNA分子上的5一甲基胞嘧啶(5一meC)经常在于转座子和其它重复序列中[引。DNA从头甲基因发