dxs8378基因座等位基因分型标准物的制备及其遗传多态性

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1、DXS8378基因座等位基因分型标准物的制备及其遗传多态性【关键词】分型标准物短串联重复序列重组质粒遗传多态性DXS8378　　ABSTRACT:ObjectiveToinvestigatethegeicpolymorphismofDXS8378STRlocusofchromosomeXinChineseLisu,PumiandDeangpopulationsinYunnanandconstructrelativestandardallelicladders.MethodsAfterbeinga

2、mplifiedbyPCR,differentSTRallelicfragmentsthePAGelectrophoresis.TheSTRallelicfragmentsplifiedbyPCRtoobtainpurifiedallelicfragments.Next,thepurifiedallelicfragmentsidvectors,andthesizeandstructureoftheinsertsedbytheanalysisoftheirDNAsequences.ThenidsDN

3、Aplateforreamplificationtogeneratethestandardladders.ResultsThestandardallelicladderforDXS8378locusorphismsofDXS8378locusinthreeChinesepopulationsinYunnanadebythismethodisexcellent,andDXS8378isporepeat;rebinedplasmid;geicpolymorphism;DXS8378　　人类X染色体由于

4、其独特的遗传方式[1]，在X染色体连锁遗传病的基因定位、遗传病的基因诊断和法医学的性别鉴定等多方面具有重要的价值。两个多态信息含量(polymorphisminformationcontent,PIC)相当的STR位点作比较时，X染色体上的STR位点的平均排除率(meanexclusionchance,MEC)比常染色体上的位点要高的多。因此，在姐妹认定和女性的父权鉴定等法医学领域中，X染色体特异性的STR有重要的应用价值[24]。　　用PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳技术分析STR基因座时，分型

5、是依据谱带的位置，而采用分子克隆技术制备大量优质的等位基因分型标准物，既可以提高分型的准确性，又可以增加实验结果间的可比性。目前，分型标准物主要依靠国外几家试剂大公司提供，其价格昂贵，对于新发现的STR位点，其分型标准物在市场上也无法购得。同时，一些在中国群体中识别机率和非父排除概率高的STR位点的分型标准物不能提供[56]。为此，我们应用分子克隆技术，在国内外首先制备出DXS8378位点的STR分型标准物。应用自制的分型标准物，首次调查了中国云南地区傈僳、普米[7]、德昂族群体中的DXS837

6、8基因型分布频率，对其在法医学中的应用价值进行评价，对实现以此技术为基础的STR分型标准物的标准化、国产化进行了探索[8]。　　1材料与方法　　1.1样本与引物遵循知情同意原则,随机抽取中国云南地区93名普米族(其中女性37名)、95名傈僳族(其中女性38名)和83名德昂族(其中女性38名)群体中无亲缘关系个体的静脉血,EDTA抗凝，-20℃保存。引物序列查自GenBank，分别为F：CACAGGAGGTTTGACCTGTT；R：AACTGAGATGGTGCCACTGA，由奥科公司合成。　　1.2

7、试剂与仪器2×Taqpolymerasemix和DH5α感受态细胞(天为时代公司)；pGEMTEasyVectorSystemⅠ(美国Promega公司)；聚丙烯酰胺凝胶DNA回收试剂盒(Biospin公司)；EDTA等其余试剂均为国产分析纯。台式高速离心机(德国Hermle公司)；微量可调加样器(10、20、50、100、200、1000μL)(法国Gilson公司)；三相恒压电泳仪(美国BiaRad公司)；干热器(美国Bellco公司)；旋涡混匀器(日本Tomykogyo公司)；超净工作

8、台(中国扬州医疗设备厂)；低温冰箱(-30℃，-70℃)(日本Sanyo公司)；ABI3730自动测序仪(美国ABI公司)。　　1.3制备标准分型物模板DNA通过Chelex法提取云南普米族、傈僳族和德昂族群体样本DNA，PCR扩增，反应体系：总体积13μL，2×Taqpolymerasemix6μL，引物1μL(5nmol/L)，DNA2μL，H2O2μL。反应条件为：变性94℃30S，退火61℃45S，延伸72℃60S，共30个循环。　　用60g/L变性聚丙烯酰胺凝胶(交联度5