黄黑籽甘蓝型油菜类黄酮途径基因snp位点检测分析

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1、作物学报ACTAAGRONOMICASINICA2014,40(11):19141924http://zwxb.chinacrops.org/ISSN0496-3490;CODENTSHPA9E-mail:xbzw@chinajournal.net.cnDOI:10.3724/SP.J.1006.2014.01914黄黑籽甘蓝型油菜类黄酮途径基因SNP位点检测分析1,1,1121曲存民卢坤刘水燕卜海东付福友王瑞11,*徐新福李加纳12西南大学重庆市油菜工程技术研究中心,重庆400716;Agricu

2、ltureandAgri-FoodCanada,SaskatoonResearchCentre,107SciencePlace,S7N02X,SaskatoonSaskatchewan,Canada摘要:类黄酮物质在植物花、叶、果实和种子颜色变化的过程中起着至关重要的作用,本研究以不同黄黑籽种皮材料为研究对象,采用基因同源克隆方法,获得17个类黄酮基因全长ORF序列,在核酸和蛋白水平上分别序列差异比较表明,这些基因在不同黄黑籽材料中共存在41个不同拷贝成员。在核苷酸水平上,检测到BnTT3、BnTT18、Bn

3、TTG1和BnTTG2的单核苷酸位点数目介于16~52之间,且BnTTG2在3个不同的位置上还存在多个碱基的连续性缺失现象(119~121bp、183~189bp和325~330bp),但在蛋白水平上仅存在2~16个氨基酸位点差异,说明BnTT3、BnTT18、BnTTG1和BnTTG2在不同甘蓝型黄黑籽材料中存在单核苷酸位点差异,而单核苷酸位点突变不一定导致氨基酸位点的变异。在不同黄黑籽材料中仅BnTT3和BnTT18存在一致性的氨基酸突变位点(252和87),推测BnTT3和BnTT18可能在黄黑籽甘蓝型

4、油菜种皮颜色差异形成过程中发挥至关重要的作用。通过这些位点的等位特异PCR可以区分材料间透明种皮基因,为特异基因芯片的开发及阐明甘蓝型油菜种皮色泽性状的基因及其作用位点奠定基础。关键词:甘蓝型油菜;类黄酮途径;单核苷酸位点多态性;黄黑籽;透明种皮基因SNPDetectionandAnalysisofGenesforFlavonoidPathwayinYellow-andBlack-SeededBrassicanapusL.1,1,11211QUCun-Min,LUKun,LIUShui-Yan,BUH

5、ai-Dong,FUFu-You,WANGRui,XUXin-Fu,andLI1,*Jia-Na12ChongqingRapeseedTechnologyResearchCenterofSouthwestUniversity,Chongqing400716,China;AgricultureandAgri-FoodCanada,SaskatoonResearchCentre,107SciencePlace,S7N02X,SaskatoonSaskatchewan,CanadaAbstract:Flavonoi

6、dsasthesecondarymetabolitesplayacrucialroleincolourchangingprocessofflower,leaf,fruitandseed.Inthisresearch,primersforamplifyingfull-lengthORFsequencesofthegenesinvolvedinthefavonoidbiosynthesispathwaysweredesignedaccordingtoconservednucleotideregionsfromth

7、epublicdatabases.Usingthehomology-basedcloningstrategy,41genecopieswereobtainedfrom13genesusing17pairsofspecificprimersindifferentyellow-andblack-seededseedcoatsofB.napus.Eachoffull-lengthORFsequenceswassequencedandanalyzedinthelevelsofbothnucleicacidandpro

8、tein.TheresultsshowedthattheSNPsinfourflavonoidpathwaygenes(BnTT3,BnTT18,BnTTG1,andBnTTG2),rangedfrom16to52,buttherewereolny2to16aminoacidmutationsdetectedintheproteinlevel,indicatingthatthemutationofS