疣猴亚科相关毛色基因分析及川金丝猴snp位点筛选

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1、￣单位代码１０６０２Ｉ学号２０１２０１１０３５分类号Ｑ９５８密级公开＾，？淨Ｑ）中爲Ｖｌ＾ｙＧＵＡＮＧＸＩＮＯＲＭＡＬＵＮＩＶＥＲＳＩＴＹ硕壬学化冷文统猴亚科相关毛色基因分析及川金丝猴ＳＮＰ位点筛选乂ｎａｌｓｉｓｏｆＣｏｌｏｂｉｎａｅＲｅｌａｔｅｄｔｏＣｏａｔＣｏｌｏｒＧｅｎｅｓａｎｄｙＳｅｌｅｃｔｉｏｎｏｆＳＮＰｓｉｎＲｈｉｎｏｐｉｔｈｅｃｕｓｒｏｘｅｌｌａｎａ学院；生命科学学院专业；动物学研巧方向：动物生理生态年级：２０１２级研究生，

2、：粗丽娜指导教师：周岐海教授完成日期：２０巧年４月巧猴亚科相关毛色基因分析及Ｉ川金丝猴ＳＮＰ位点筛选ＩｍＢ专业違称：动物学１画Ｐ．申请人：征丽娜ＰＩ指导教师：周岐海教授．瞧Ｉ论文答辩委贯会：主席Ｉ＃１：斗Ｉ．，Ｉ巧ｉｉ薄義，‘噓況池占、，Ｉ、‘Ｉ咕‘巧猴亚科相关毛色基因分析及川金丝猴ＳＮＰ位点筛选研究生：杜丽娜年级２０１２：级导师：周岐海教授学科专业：动物学研究方向：动物生理生态学摘要一个十分重要的形态特征毛色作为动物，

3、巧丰富的性状主要是由黑色素决定的。黑色素有真黑素和褐黑素两种类型，。目前国内外己有很多关于动物相关毛色基因的研究。统一猴亚科是灵长类猴科的两个亚科之，主要分布在非洲和东南亚的森林中，巧物种的毛色一均有明显的特征，但是关于疵猴亚科物种毛色差异的研究暂未见有报道。本研究第部分对引起巧猴亚科毛色差异的相关毛色基因进行了初步探讨，期能够对巧适应性进化研究一些帮助基础信息提供。主要研究结果如下：通过ＰＣ民扩増、分子克隆等方法成功获得了东黑白疵猴、黑脊叶猴、川金丝猴、长鼻猴、黑腿白臀叶猴、长尾叶猴和黑叶猴屯个疵猴亚科物种的ＭＣＩ民、

4、ＡＳＩＰ、ＭＩＴＦ、ＭＬＰＨ、ＴＹＲ、ＴＹＲＰ１和化Ｃ４５Ａ２共Ａ个相关毛色基因各个外显子的序歹Ｕ；运用ＤＮＡｓｔａｒ、ＭＥＧＡ等软件对ＭＣＩＲ、ＡＳＩＰ、ＭＩＴＦ、ＭＬＰＨ、ＴＹ民、ＴＹＲＰｌ和化Ｃ４５Ａ２韦个相关毛色基因的测序结果比对拼接，获得它们完整的编码区序列，并对这＾：：个相关毛色基因在巧猴亚科韦个物种中发生的碱基和氨基酸突变进行了分析；采用ＰＡＭＬＸ软件分别对Ａ个相关毛色基，在ＭＬＰＨ基因中发现第２７２个密码子受到正选择作用因进行位点模型计算，我们推测ＭＬＰＨ基因第一２７２个密码子的突变可能是形成巧猴亚科毛色差异

5、的原因之。川金丝猴属于巧猴亚科金丝猴属，是中国特有的珍稀颁危灵长类物种，同时也是中国生物保护的旗舰物种。因为人类活动的影响和捕猎，其种群数量受到了严重的威胁。为了更好的管理和保护川金丝猴，科学家们运用了各种分子标记如线粒体标记、微卫星标记等一对川金丝猴的保护遗传学进行了各种研究。本研究第二部分采用了种新技术（ＨＲＭ），对川金丝猴的ＳＮＰ位点进行基因分型，并将筛选的ＳＮＰ位点用于川金丝猴的个体识别。主要研究结果如下：我们共获得了１２４个候选ＳＮＰ位点，根据候选ＳＮＰ位点的上下游序列设计合成了８５一Ｍ对ＳＮＰ位点

6、引物，共筛选出３７对ＳＮＰ位点引物能够成功进行ＰＣ民扩增且可Ｗ用于ＨＲＲＭ分型；对巧个ＳＮＰ位点的＾：：只川金丝猴个体的血液ＤＮＡ样品的Ｈ分型进行了验证，一３７个ＳＮＰ位点＂ｂ只个体的ＨＲＭ分型结果和测序结果完全致，ＨＲＭ分型准确率为１００％：对１５份粪便样品进行了ＨＲＭ分型和个体识别，筛选出的巧对ＳＮＰ位点引物在１５份粪便样品中有３４个ＳＮＰ位点全部分型成功，成功率为９１．８９％：利用获得的３４个ＳＮＰ位点一Ｉｔ１５的基因型，使用ｃｅｒｖｕｓ３．０进行ｄｅｎｉ巧Ａｎａｌｙｓｉｓ分析，分析结果和取样结果致，份粪便样品来自于７

7、只川金丝猴个体：对３４个ＳＮＰ位点的个体识别能力进行估算，３４个ＳＮＰ？０．０３６４０．４９９３之间，９９ｅａｏｎ位点的个体识别率在累计个体识别率ＣＤＰ为．９９％；根据ＨｔＩ等人的研究构建ＳＮＰ位点个体识别能力估算模型，３４个ＳＮＰ位点最高可识别的个体数为４０，０００只个体。川金丝猴目前的个体数量约为２２，０００只。因此，我们认为送３４个ＳＮＰ位点有足够的能力识别所有川金丝猴种群。关键词：巧猴亚科；川金丝猴；毛色基因；ＳＮＰ：ＨＲＭ：个体识别ＩＩＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＣｏｌｏｂｉｎａｅＲｅｌａ化ｄ１：０Ｃｏ

8、ａｔＣｏｌｏｒＧｅｎｅｓａｎｄＳｅｌｅｃｔｉｏｎｏｆＳＮＰｓｉｎＲｈｉｎｏｐｉｔｈｅｃｕｓｒｏｘｅｌｌ